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- PDB-5tos: Botrytis-induced kinase 1 (BIK1) from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tos
タイトルBotrytis-induced kinase 1 (BIK1) from Arabidopsis thaliana
要素Serine/threonine-protein kinase BIK1
キーワードTRANSFERASE / serine/threonine-protein kinase / BIK1 / PAMP-triggered immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of salicylic acid biosynthetic process / regulation of defense response to bacterium / regulation of jasmonic acid biosynthetic process / protein serine/threonine kinase activity => GO:0004674 / regulation of stomatal movement / response to fungus / pattern recognition receptor signaling pathway / endomembrane system / defense response to fungus / response to molecule of bacterial origin ...regulation of salicylic acid biosynthetic process / regulation of defense response to bacterium / regulation of jasmonic acid biosynthetic process / protein serine/threonine kinase activity => GO:0004674 / regulation of stomatal movement / response to fungus / pattern recognition receptor signaling pathway / endomembrane system / defense response to fungus / response to molecule of bacterial origin / kinase activity / protein autophosphorylation / endosome membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome / defense response to bacterium / protein phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / Golgi apparatus / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase BIK1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Hurlburt, N.K. / Lal, N.K. / Fisher, A.J.
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2018
タイトル: The Receptor-like Cytoplasmic Kinase BIK1 Localizes to the Nucleus and Regulates Defense Hormone Expression during Plant Innate Immunity.
著者: Lal, N.K. / Nagalakshmi, U. / Hurlburt, N.K. / Flores, R. / Bak, A. / Sone, P. / Ma, X. / Song, G. / Walley, J. / Shan, L. / He, P. / Casteel, C. / Fisher, A.J. / Dinesh-Kumar, S.P.
履歴
登録2016年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase BIK1
B: Serine/threonine-protein kinase BIK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4792
ポリマ－88,4792
非ポリマー00
水2,828157
1
A: Serine/threonine-protein kinase BIK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2391
ポリマ－44,2391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase BIK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2391
ポリマ－44,2391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.190, 72.090, 93.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase BIK1 / Protein BOTRYTIS-INDUCED KINASE 1


分子量: 44239.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: BIK1, At2g39660, F12L6.32, F17A14.3 / プラスミド: pET His6 TEV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: O48814, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 245 mM ammonium tartrate, 12.5% PEG 3350 pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 29382 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.92 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 9.73
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / CC1/2: 0.883 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OH4, 3UIM

4oh4

3uim


解像度: 2.35→33.543 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 1448 4.93 %
Rwork0.238 --
obs0.2395 29352 96.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→33.543 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4514 0 0 157 4671
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024616
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5896248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.982776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003798
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3483-2.43220.34271600.28722727X-RAY DIFFRACTION96
2.4322-2.52960.30611520.27242799X-RAY DIFFRACTION98
2.5296-2.64460.33531380.26752817X-RAY DIFFRACTION98
2.6446-2.7840.30741560.26182747X-RAY DIFFRACTION96
2.784-2.95830.30591570.26032758X-RAY DIFFRACTION96
2.9583-3.18660.281130.24332858X-RAY DIFFRACTION98
3.1866-3.5070.27181500.23132798X-RAY DIFFRACTION97
3.507-4.01370.22621510.22392778X-RAY DIFFRACTION96
4.0137-5.05410.24661400.20672810X-RAY DIFFRACTION97
5.0541-33.54610.2621310.24942812X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1874-1.4825-1.5873.54750.01835.0356-0.4832-0.4503-0.30080.26530.11030.11290.92260.48650.17930.56190.08940.02320.54340.10970.461134.6027-6.31826.4242
23.091-1.4924-0.392.839-0.26973.1368-0.03110.1353-0.57320.121-0.00420.04140.41820.36510.02170.3010.0103-0.01070.2928-0.00830.293529.35134.070316.0275
34.1268-0.4251-0.69562.28390.13925.26670.16960.7456-0.2905-0.2937-0.209-0.09920.30470.20820.02760.36470.02520.00960.4094-0.0260.256820.044211.70822.5096
41.9756-0.64880.48852.4687-0.29897.15760.0989-0.31620.14110.16230.1857-0.0217-0.81150.6442-0.35820.5009-0.180.02120.6238-0.00950.433234.682937.648230.6163
54.4992.06760.13762.52481.0452.5945-0.0268-0.39790.47570.0185-0.1020.0246-0.30120.12970.15140.3255-0.0197-0.00690.313-0.02340.301221.162426.711231.263
64.09360.41170.08962.66580.35556.19960.1258-0.63880.31470.2962-0.3490.1526-0.0366-0.53870.19050.3506-0.06620.0460.4866-0.05020.27935.756419.998137.8079
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 52 through 114 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 115 through 192 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 193 through 360 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 52 through 127 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 128 through 218 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 219 through 360 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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