[日本語] English
万見
- PDB-5tnv: Crystal Structure of a Xylose isomerase-like TIM barrel Protein f... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tnv
タイトルCrystal Structure of a Xylose isomerase-like TIM barrel Protein from Mycobacterium smegmatis in Complex with Magnesium
要素AP endonuclease, family protein 2
キーワードISOMERASE / Xylose isomerase-like TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AP endonuclease, family protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Cook, W.J. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Huang, H. / Bonanno, J.B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of a Xylose isomerase-like TIM barrel Protein from Mycobacterium smegmatis in Complex with Magnesium
著者: Cook, W.J. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Huang, H. / Bonanno, J.B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2016年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22017年5月3日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AP endonuclease, family protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2742
ポリマ－36,2501
非ポリマー241
水7,782432
1
A: AP endonuclease, family protein 2
ヘテロ分子

A: AP endonuclease, family protein 2
ヘテロ分子

A: AP endonuclease, family protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,8226
ポリマ－108,7493
非ポリマー733
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area6100 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area33000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.869, 82.869, 125.218
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HOH

21A-760-

HOH

31A-894-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 AP endonuclease, family protein 2 / Xylose isomerase-like TIM barrel


分子量: 36249.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_6790, MSMEI_6607 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0R760
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate; 25% PEG-3350, 0.1 M HEPES; 5 mM Mg

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月17日 / 詳細: Diamond
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→29.41 Å / Num. obs: 150741 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/av σ(I): 9.4 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.04-1.13.50.3152.5196.1
1.1-1.175.30.2113.71100
1.17-1.255.40.15551100
1.25-1.355.50.1196.41100
1.35-1.475.60.098.41100
1.47-1.655.60.06511.31100
1.65-1.95.70.0513.6199.9
1.9-2.335.60.03916188.8
2.33-3.35.80.03218.31100
3.3-29.415.50.02722.4198.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL2016/4精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXCD3.3.22位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.04→29.41 Å / Num. parameters: 25767 / Num. restraintsaints: 31527 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS BY SIRAS USING THE SHELXC/D/E SUITE OF PROGRAMS. THE THREE MERCURY SITES WERE LOCATED WITH SHELXD. PHASING, DENSITY MODIFICATION AND INITIAL CHAIN TRACING WERE DONE WITH SHELXE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.137 7456 5 %RANDOM
obs0.116 -98.4 %-
all-143142 --
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 2313 / Occupancy sum non hydrogen: 2828.9
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.04→29.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2399 0 1 432 2832
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.375
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.083
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.092
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.118

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る