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- PDB-5tmc: Re-refinement of Thermus thermopiles DNA-directed RNA polymerase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tmc
タイトルRe-refinement of Thermus thermopiles DNA-directed RNA polymerase structure
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • RNA polymerase sigma factor SigA
  • unknown protein
キーワードTRANSFERASE / Symmetry Downshifting / Validation of Symmetry
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega ...Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Beta Complex / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Wang, J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004
タイトル: Structural basis for transcription regulation by alarmone ppGpp.
著者: Artsimovitch, I. / Patlan, V. / Sekine, S. / Vassylyeva, M.N. / Hosaka, T. / Ochi, K. / Yokoyama, S. / Vassylyev, D.G.
履歴
登録2016年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Other
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn
Remark 0THIS ENTRY 5TMC REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN R1SMYSF ORIGINAL DATA ...THIS ENTRY 5TMC REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN R1SMYSF ORIGINAL DATA DETERMINED BY AUTHOR: I.ARTSIMOVITCH,V.PATLAN,S.SEKINE,M.N.VASSYLYEVA,T.HOSAKA, K.OCHI,S.YOKOYAMA,D.G.VASSYLYEV,RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE (RSGI).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor SigA
Z: unknown protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)431,66515
ポリマ－430,7397
非ポリマー9268
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)236.350, 236.350, 249.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
参照: UniProt: Q9Z9H6, UniProt: Q5SHR6*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 11521.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
参照: UniProt: Q72ID6, UniProt: Q8RQE7*PLUS, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 FZ

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor SigA


分子量: 48568.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72L95, UniProt: Q5SKW1*PLUS
#6: タンパク質・ペプチド unknown protein


分子量: 4103.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)

-
非ポリマー , 5種, 155分子

#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#10: 化合物 ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / ppGpp


タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O17P4
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.87 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 1SMY.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.875
11-H-K, K, -L20.125

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.71→48.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. L-test and other twinning statistical tests have shown that the 1SMY data were partially twinned, but not perfectly twinned. With partial ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. L-test and other twinning statistical tests have shown that the 1SMY data were partially twinned, but not perfectly twinned. With partial twinning, the symmetry is partially upshifted to P6(5)22 from P6(5), which is consistent with the observed systematic absences and intensity merging R-factors reported for them. If the correct space group were P3(2), an up-shifted symmetry by a different twinning operation along the 3-fold axis could only generate P6(4), but not P6(5) because P3(2) is not a subgroup of P6(5). Moreover, the conversion of P3(2) to P6(5) using a perfect twinning method is not consistent with the L-test results, either, which suggests only a partial twinning, not perfect twinning. Given the problem of partial twinning in the data, model refinement was indeed very challenging. Six independent attempts of model refinement were made after proper crystallographic origin shift, starting with six different partial models according to the notes in author's notebook. All appear to have converged to similar crystallographic R-factor and free R-factor, even though the number of atoms in the final coordinates varied slightly among them. At the time of submission of this entry, the files for two of the six attempts have been located, but the remaining four files have not. It appears that there might be a mix-up in number of atoms among these files when reporting the number of atoms and R-factors.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2864 7528 3.7 %RANDOM
Rwork0.2651 ---
obs0.26588 198576 96.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 121.351 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.66 Å20 Å20 Å2
2--22.66 Å20 Å2
3----45.32 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.71→48.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28225 0 47 147 28419
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02228777
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2841.98938925
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.51453579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.78423.4381332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.512155176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.40115292
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.24386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02121712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3547.517858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5591028825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3121010919
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.2371510100
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.712→2.782 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 517 -
Rwork0.385 13602 -
obs--90.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24280.38490.32321.0702-0.31982.29120.03990.10390.049-0.05230.01380.04650.56510.1813-0.05370.76530.07560.0060.4972-0.0920.7208-7.333135.609-31.148
21.0523-0.74640.22750.9206-0.14850.8376-0.00740.09680.0551-0.16-0.04760.00130.1506-0.06690.0550.6348-0.0479-0.04790.5348-0.04580.6866-30.42159.402-43.38
31.17430.34141.24030.4270.77422.4740.10470.23160.13110.1045-0.04230.05690.42060.4692-0.06230.60590.1991-0.02310.6103-0.02390.6484.031145.3-26.383
42.71721.24571.23360.7714-0.49986.6268-0.0611-0.0521-0.1436-0.3977-0.2558-0.13581.90961.04280.31691.44261.0297-0.09860.8012-0.0210.518823.16122.106-7.435
50.2714-0.0563-0.11040.17060.06950.5314-0.04410.0070.08130.02090.01840.03120.14-0.00520.02580.6553-0.023-0.01030.50780.00310.8008-23.892146.939-11.987
60.2445-0.12950.03011.8691-0.43670.6819-0.042-0.11470.00240.10710.0318-0.0121-0.015-0.23630.01020.5227-0.0819-0.00940.59090.02740.7169-48.95162.4157.973
70.6089-0.4962-0.28960.72490.68510.85590.2380.04680.1054-0.173-0.1231-0.0891-0.2781-0.341-0.1150.76530.24690.08420.66860.09010.7111-61.054191.459-4.983
81.7397-0.43170.4844.1234-0.25210.61920.0746-0.0178-0.02910.6268-0.37170.4819-0.3653-0.04820.29711.02570.10480.14750.548-0.14450.4583-60.586189.40828.758
90.4088-0.1989-0.10420.193-0.2561.18880.06880.07180.0470.0161-0.0321-0.05540.1-0.1824-0.03670.593-0.0467-0.0390.5347-0.00570.7948-46.15161.582-19.056
101.64650.6386-0.25742.42151.04751.5133-0.17040.1260.2102-0.51390.02780.0698-0.49830.0650.14260.8446-0.0359-0.1170.43710.05260.6812-26.665194.957-32.878
110.11850.0206-0.13970.22180.08790.2588-0.03010.03090.0779-0.0950.01960.0433-0.0330.09110.01040.6755-0.0689-0.11680.50620.06770.8449-6.375199.14-4.963
120.15220.10560.08330.227-0.08710.5615-0.03570.01070.04380.0867-0.02790.0114-0.06110.030.06370.6084-0.0085-0.06180.5140.020.7893-3.612182.26527.973
130.2562-0.4237-0.34670.75520.45731.12640.07930.02540.0598-0.0304-0.0069-0.0191-0.0292-0.0132-0.07230.7352-0.0277-0.06470.45380.06360.7763-22.757218.68-2.142
141.3416-1.32240.76181.8502-0.10711.4251-0.0535-0.27060.04330.41550.192-0.1622-0.0164-0.1591-0.13851.0334-0.0406-0.09410.50550.05890.5365-20.953225.17430.73
151.967-1.71841.6332.3622-1.70331.47370.0424-0.29660.16440.5901-0.00150.4895-0.0056-0.0599-0.04091.46210.36260.5550.6764-0.04390.558-58.005258.1126.619
160.0315-0.04210.02810.0834-0.05380.0609-0.0553-0.0476-0.10080.2150.12810.1813-0.2056-0.0464-0.07281.02280.22080.34331.0483-0.01330.6127-78.003291.02932.515
176.59283.78931.10156.277-2.08853.72610.48640.3546-0.03741.4851-0.0482-0.197-0.6405-0.6088-0.43821.54050.2504-0.00010.73120.09060.3487-35.532257.87329.694
180.0635-0.15890.17811.0906-0.77871.022-0.0342-0.0050.0098-0.1032-0.07240.0699-0.01920.10070.10650.5825-0.0231-0.04140.53630.02440.8129-4.602178.005-13.064
190.066-0.18510.15560.8684-0.28751.26850.09710.03370.0774-0.04260.02410.03810.38620.187-0.12120.70150.1373-0.08150.5178-0.01240.77864.078141.792.794
200.7956-0.1361-0.27960.05350.0770.94060.1648-0.0770.00930.0229-0.0463-0.12740.1101-0.0892-0.11840.6257-0.06140.00210.50680.02770.7809-28.864149.82818.358
211.75050.9535-0.19640.62830.02480.1869-0.102-0.0716-0.007-0.26980.1335-0.0558-0.24360.2549-0.03150.588-0.1676-0.03980.70230.11170.78721.161187.454-9.924
220.37110.236-0.0332.03050.43430.7193-0.0861-0.0542-0.12010.26430.1008-0.0269-0.118-0.1359-0.01460.72820.0708-0.01460.54690.06860.6026-40.558241.7149.682
237.85152.67523.88663.5390.73772.08320.2673-0.14940.12480.2066-0.23460.20250.2444-0.0736-0.03260.8596-0.0285-0.07010.42630.06310.6794-49.283214.209-18.561
240.46940.1404-1.41450.3731-1.14188.84330.0831-0.0479-0.55540.0163-0.42680.0485-0.47470.29780.34370.7846-0.0087-0.21240.6490.01011.0617-25.832199.758-7.409
250.16010.05030.46010.04880.21481.4767-0.1089-0.0429-0.1067-0.01670.08220.1139-0.2680.03630.02661.07280.08270.06940.70180.26950.8185-2.083215.023-39.324
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 49
2X-RAY DIFFRACTION1A172 - 231
3X-RAY DIFFRACTION2A50 - 171
4X-RAY DIFFRACTION3B1 - 49
5X-RAY DIFFRACTION3B172 - 238
6X-RAY DIFFRACTION4B50 - 171
7X-RAY DIFFRACTION5C1 - 8
8X-RAY DIFFRACTION5C669 - 704
9X-RAY DIFFRACTION5C829 - 1004
10X-RAY DIFFRACTION6C9 - 16
11X-RAY DIFFRACTION6C390 - 540
12X-RAY DIFFRACTION7C17 - 142
13X-RAY DIFFRACTION7C324 - 389
14X-RAY DIFFRACTION8C143 - 323
15X-RAY DIFFRACTION9C541 - 668
16X-RAY DIFFRACTION10C705 - 828
17X-RAY DIFFRACTION11C1005 - 1119
18X-RAY DIFFRACTION12D2 - 11
19X-RAY DIFFRACTION12D1089 - 1481
20X-RAY DIFFRACTION13D12 - 100
21X-RAY DIFFRACTION13D514 - 617
22X-RAY DIFFRACTION14D111 - 164
23X-RAY DIFFRACTION14D449 - 513
24X-RAY DIFFRACTION15D165 - 216
25X-RAY DIFFRACTION15D340 - 396
26X-RAY DIFFRACTION16D217 - 339
27X-RAY DIFFRACTION17D397 - 448
28X-RAY DIFFRACTION18D618 - 776
29X-RAY DIFFRACTION19D777 - 946
30X-RAY DIFFRACTION20D947 - 1088
31X-RAY DIFFRACTION21E2 - 96
32X-RAY DIFFRACTION21D1482 - 1505
33X-RAY DIFFRACTION22F74 - 256
34X-RAY DIFFRACTION23F257 - 313
35X-RAY DIFFRACTION24F314 - 339
36X-RAY DIFFRACTION25F340 - 422

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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