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- PDB-5tl4: Crystal structure of Sphingomonas paucimobilis aryl O-demethylase LigM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tl4
タイトルCrystal structure of Sphingomonas paucimobilis aryl O-demethylase LigM
要素Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
キーワードTRANSFERASE / demethylase / tetrahydrofolate-dependent / aryl
機能・相同性
機能・相同性情報


vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase / lignin catabolic process / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Aminomethyltransferase-like / Aminomethyltransferase, folate-binding domain / GCVT N-terminal domain / GTP-binding protein TrmE/Aminomethyltransferase GcvT, domain 1
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase / Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.751 Å
データ登録者Kohler, A.C. / Adams, P.D. / Simmons, B.A. / Sale, K.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structure of aryl O-demethylase offers molecular insight into a catalytic tyrosine-dependent mechanism.
著者: Kohler, A.C. / Mills, M.J.L. / Adams, P.D. / Simmons, B.A. / Sale, K.L.
履歴
登録2016年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22017年5月3日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
B: Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
C: Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
D: Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,77318
ポリマ－211,1174
非ポリマー65614
水47,8122654
1
A: Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9485
ポリマ－52,7791
非ポリマー1694
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9073
ポリマ－52,7791
非ポリマー1282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9655
ポリマ－52,7791
非ポリマー1864
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9535
ポリマ－52,7791
非ポリマー1744
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.837, 126.184, 155.646
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Vanillate/3-O-methylgallate O-demethylase


分子量: 52779.348 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
遺伝子: ligM / プラスミド: pCDF-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q60FX1, UniProt: G2IQS7*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 2668分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium tartrate dibasic, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→49.01 Å / Num. obs: 222501 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 14.33
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / CC1/2: 0.67 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11rc2_2531: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.751→49.009 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.32
詳細: TLS parameters were added in the final stages of refinement.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2122 1996 0.9 %
Rwork0.1697 --
obs0.1701 222189 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.751→49.009 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14289 0 34 2654 16977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00614851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78220247
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.238724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532134
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7509-1.79470.35031390.30115350X-RAY DIFFRACTION98
1.7947-1.84330.31411420.260515589X-RAY DIFFRACTION100
1.8433-1.89750.26831410.232515595X-RAY DIFFRACTION100
1.8975-1.95870.2551420.210415644X-RAY DIFFRACTION100
1.9587-2.02880.26221430.195615648X-RAY DIFFRACTION100
2.0288-2.110.24641420.193115726X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.2060.2311420.173715642X-RAY DIFFRACTION100
2.206-2.32230.23341400.171715684X-RAY DIFFRACTION100
2.3223-2.46780.22211430.167315714X-RAY DIFFRACTION100
2.4678-2.65830.24881430.170815729X-RAY DIFFRACTION100
2.6583-2.92580.21461440.167815778X-RAY DIFFRACTION100
2.9258-3.34910.19161430.155115854X-RAY DIFFRACTION100
3.3491-4.21920.16551440.134815966X-RAY DIFFRACTION100
4.2192-49.02860.15111480.137316274X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6512-0.2608-0.18530.6730.34380.44940.0302-0.03740.0552-0.01820.0114-0.0783-0.0420.099-0.04750.1079-0.013-0.00810.11270.00510.09421.945828.560651.7042
22.7342-3.3632-0.7184.31211.83567.30420.1950.15940.116-0.2341-0.1484-0.0561-0.2629-0.0673-0.04170.1809-0.04620.04420.14450.02390.134422.192546.641743.2458
34.1977-3.04710.91433.2483-1.17123.795-0.0566-0.26790.33610.15370.1371-0.1246-0.33760.1217-0.07070.1833-0.08980.03210.1031-0.01040.157719.278447.59655.9484
40.7707-0.2987-0.25240.4030.20030.2740.0110.0546-0.0406-0.0419-0.01130.00020.00410.00160.00110.13770.0007-0.00850.1012-0.00050.117513.253218.18746.9184
50.8491-0.254-0.37961.2496-0.06662.2727-0.03160.0806-0.1466-0.0342-0.0160.17450.2022-0.1860.04070.0987-0.0134-0.00740.0896-0.01680.1651-2.092718.138649.5971
60.8888-0.2596-0.40.48930.52841.2345-0.0412-0.30530.05960.13750.0876-0.05440.06110.2891-0.04380.13670.00510.00110.2481-0.00780.13115.778939.244787.3289
73.3631-0.4323-1.61422.59911.76211.7351-0.119-0.5329-0.31940.3613-0.09940.05280.52330.30570.17970.39970.1690.01330.51870.11310.18269.771822.605697.129
82.77761.879-0.31034.28490.57612.1686-0.1723-0.263-0.29540.0540.217-0.28760.37840.4472-0.05350.26970.1658-0.01590.36920.05870.1615.703821.981985.7019
90.5246-0.0808-0.31660.57290.51081.29150.0052-0.09970.03380.035-0.02780.0332-0.0402-0.01170.02760.09690.00610.00540.1075-0.00390.1129-9.139740.231579.7323
103.87931.9057-2.49731.651-2.06034.51570.02730.02780.08090.0040.04220.17680.0481-0.2284-0.0780.1050.02350.0050.0764-0.04040.1329-16.141437.197472.5144
110.6585-0.3131-0.40940.70710.28570.6150.02810.05070.0266-0.04230.0025-0.0624-0.03310.0214-0.03410.1033-0.0043-0.00990.12330.00290.106921.846925.4828129.1617
120.8117-0.4193-0.40821.14840.20070.87940.05890.04420.1826-0.08380.028-0.1153-0.14050.0516-0.08550.1096-0.02370.01440.1153-0.00310.135528.433632.5733130.0463
132.0925-1.7745-0.00056.23432.53633.69860.18550.29680.266-0.4981-0.1317-0.0924-0.4091-0.0303-0.04660.2409-0.00540.08130.17760.06590.203724.865346.1392121.0642
143.5616-2.94661.66164.5233-2.13565.0323-0.0955-0.15650.42080.14660.1721-0.113-0.3855-0.0597-0.07160.1731-0.0520.06650.08230.01080.232621.964547.5137133.8396
150.8639-0.2843-0.35230.42040.15530.51090.01260.1946-0.0796-0.0736-0.0387-0.00350.0164-0.07620.02760.1211-0.00960.00980.1296-0.01810.116215.716518.1732124.7509
161.3158-0.4669-0.25141.78590.33091.7494-0.00710.2199-0.177-0.0592-0.05620.13520.1232-0.19210.05470.0828-0.01990.00350.1376-0.03140.12861.804718.1928129.5565
171.27930.5825-0.27772.6639-0.35931.5517-0.06450.4489-0.1391-0.43780.10680.36140.2011-0.5004-0.06070.1505-0.0029-0.00730.3376-0.06240.2275-3.03918.5033122.2917
180.5827-0.2201-0.16610.61150.49610.9601-0.0011-0.05980.09890.02050.0215-0.0113-0.04160.07-0.01730.0909-0.00990.00820.1175-0.00080.12944.982940.6214163.3554
190.8514-0.3706-0.25911.22590.23191.4499-0.0263-0.11730.02950.12330.0449-0.10.04490.1931-0.01980.09520.0162-0.0090.1498-0.01130.111112.963637.4441167.7467
205.4812-0.4503-4.61174.73581.77844.3559-0.0886-0.0874-0.20520.1197-0.02780.09950.43850.15790.09890.22710.055-0.01890.21030.04740.088512.094622.4511174.8335
213.85393.4603-0.22495.75341.14432.3257-0.07950.0963-0.2725-0.02740.219-0.40210.34380.3112-0.13660.19030.1-0.0260.17590.03750.118818.039421.9567163.5991
220.4685-0.0469-0.14230.4430.31050.7430.00450.00560.0484-0.005-0.04180.0636-0.0463-0.10740.04440.12260.01560.00480.129-0.00430.1399-8.106939.7368156.0164
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 179 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 180 through 212 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 213 through 237 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 238 through 354 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 355 through 467 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 3 through 179 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 180 through 212 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 213 through 237 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 238 through 409 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 410 through 454 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 3 through 106 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 107 through 179 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 180 through 212 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 213 through 237 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 238 through 354 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 355 through 433 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 434 through 467 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 3 through 106 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 107 through 179 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 180 through 212 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 213 through 237 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 238 through 454 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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