- PDB-5tkw: 1.35 Angstrom Resolution Crystal Structure of a Pullulanase-speci... -
+
データを開く
IDまたはキーワード:
読み込み中...
-
基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5tkw
タイトル
1.35 Angstrom Resolution Crystal Structure of a Pullulanase-specific Type II Secretion System Integral Cytoplasmic Membrane Protein GspL (N-terminal fragment; residues 1-237) from Klebsiella pneumoniae.
要素
Type II secretion system protein L
キーワード
HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報
Gram-negative-bacterium-type cell wall / protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex 類似検索 - 分子機能
GspL cytoplasmic domain, C-terminal subdomain / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #380 / Type II secretion system protein GspL / GspL, cytoplasmic actin-ATPase-like domain / GspL periplasmic domain / Type II secretion system (T2SS), protein L / GspL periplasmic domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Type II secretion system protein L 類似検索 - 構成要素
モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.35→30 Å / Num. obs: 46935 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 45.9
反射 シェル
解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.733 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / CC1/2: 0.629 / % possible all: 95.4
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0155
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
HKL-3000
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→29.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.887 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.055 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.17629
2324
5 %
RANDOM
Rwork
0.14631
-
-
-
obs
0.1478
44414
99.44 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.25 Å