PDB-5tia: Crystal structure of human TDO in complex with Trp, Northeast Str...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tia

タイトル

Crystal structure of human TDO in complex with Trp, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR6161

要素

Tryptophan 2,3-dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / human tryptophan 2 / 3-dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

response to nitroglycerin / tryptophan catabolic process to acetyl-CoA / tryptophan 2,3-dioxygenase / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine / Tryptophan catabolism / amino acid binding / oxygen binding / protein homotetramerization / heme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.441 Å

データ登録者

Forouhar, F. / Lewis-Ballester, A. / Lew, S. / Karkashon, S. / Seetharaman, J. / Yeh, S.R. / Tong, L.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P50 GM62413	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	U54 GM074958	米国

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Molecular basis for catalysis and substrate-mediated cellular stabilization of human tryptophan 2,3-dioxygenase.
著者: Lewis-Ballester, A. / Forouhar, F. / Kim, S.M. / Lew, S. / Wang, Y. / Karkashon, S. / Seetharaman, J. / Batabyal, D. / Chiang, B.Y. / Hussain, M. / Correia, M.A. / Yeh, S.R. / Tong, L.

履歴

登録	2016年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月2日	Group: Database references
改定 1.2	2016年11月9日	Group: Structure summary
改定 1.3	2016年11月30日	Group: Structure summary
改定 1.4	2016年12月14日	Group: Structure summary
改定 1.5	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.7	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tia.cif.gz	603.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tia.ent.gz	497.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tia_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tia_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	5tia_validation.xml.gz	54.9 KB	表示
CIF形式データ	5tia_validation.cif.gz	75.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/5tia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/5tia	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ti9SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ti9-d 6pyz-d 6pyy-d 6a4i-d 6vbn-d 4hdh-d 3ssn-d 5rvy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tryptophan 2,3-dioxygenase

B: Tryptophan 2,3-dioxygenase

C: Tryptophan 2,3-dioxygenase

D: Tryptophan 2,3-dioxygenase

ヘテロ分子

185 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.359, 153.561, 88.163
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Tryptophan 2,3-dioxygenase / TDO / Tryptamin 2 / 3-dioxygenase / Tryptophan oxygenase / TRPO / Tryptophan pyrrolase / Tryptophanase 分子量: 45182.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDO2, TDO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: P48775, tryptophan 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6 詳細: 50 mM sodium citrate (pH 5.6), 5% (w/v) PEG 3350, and 2% (w/v) Tacsimate (pH 5) PH範囲: 5.6-7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月13日 / 詳細: vertical focusing mirror
放射	モノクロメーター: Bent single crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 73126 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 35.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.117 / R_sym value: 0.086 / Net I/av σ(I): 31.2 / Net I/σ(I): 32
反射シェル	解像度: 2.44→2.49 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 63.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TI9

5ti9

解像度: 2.441→35.133 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2298	7362	10.1 %
R_work	0.168	-	-
obs	0.1743	72907	99.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.441→35.133 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11295	0	292	474	12061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	11883
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.077	16050
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.102	4429
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1656
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2021

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.441-2.4688	0.3427	209	0.2477	1758	X-RAY DIFFRACTION	82
2.4688-2.4978	0.3449	253	0.2368	2168	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4978-2.5283	0.3041	243	0.2214	2193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5283-2.5603	0.2772	221	0.2001	2187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5603-2.5939	0.2909	242	0.1928	2192	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5939-2.6295	0.2504	235	0.1887	2153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6295-2.667	0.2729	255	0.2046	2174	X-RAY DIFFRACTION	100
2.667-2.7068	0.2703	263	0.2068	2138	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7068-2.7491	0.2678	257	0.1945	2209	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7491-2.7941	0.2784	246	0.1957	2150	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7941-2.8423	0.2938	239	0.2038	2195	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8423-2.894	0.2659	243	0.1874	2202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.894-2.9496	0.254	221	0.1954	2201	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9496-3.0098	0.2663	252	0.198	2180	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0098-3.0752	0.2727	267	0.2017	2165	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0752-3.1467	0.2894	238	0.1961	2184	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1467-3.2253	0.2695	226	0.193	2190	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2253-3.3125	0.2731	264	0.1931	2191	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3125-3.4098	0.2268	254	0.1786	2193	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4098-3.5198	0.2154	228	0.1663	2218	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5198-3.6455	0.2198	245	0.1579	2191	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6455-3.7913	0.2229	249	0.1506	2195	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7913-3.9636	0.1933	244	0.1538	2204	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9636-4.1723	0.2127	245	0.1378	2235	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1723-4.4332	0.1823	228	0.125	2238	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4332-4.7747	0.1693	273	0.1266	2199	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7747-5.2538	0.188	272	0.1329	2207	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2538-6.0107	0.255	246	0.1675	2270	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0107-7.5605	0.2092	256	0.1708	2273	X-RAY DIFFRACTION	100
7.5605-35.1362	0.2093	248	0.1735	2292	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 20.11 Å / Origin y: -45.0447 Å / Origin z: -35.3192 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.202 Å²	-0.0054 Å²	-0.0122 Å²	-	0.1961 Å²	-0.0059 Å²	-	-	0.2003 Å²
L	0.6722 °²	0.2616 °²	-0.3111 °²	-	0.5709 °²	-0.2744 °²	-	-	0.5325 °²
S	-0.0007 Å °	-0.0224 Å °	-0.0404 Å °	0.0162 Å °	-0.0298 Å °	-0.0173 Å °	-0.0249 Å °	0.0328 Å °	-0.0008 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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