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- PDB-5thq: Comprehensive Analysis of a Novel Ketoreductase for Pentangular P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5thq
タイトルComprehensive Analysis of a Novel Ketoreductase for Pentangular Polyphenol Biosynthesis
要素3-oxoacyl-ACP reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Arixanthomycin / Pentangular polyphenol Polyketide / Ketoreduction
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / 3-oxoacyl-ACP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Valentic, T.R. / Tsai, S.C. / Brady, S.F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM100305 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM076330 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2016
タイトル: Comprehensive Analysis of a Novel Ketoreductase for Pentangular Polyphenol Biosynthesis.
著者: Valentic, T.R. / Jackson, D.R. / Brady, S.F. / Tsai, S.C.
履歴
登録2016年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: 3-oxoacyl-ACP reductase
B: 3-oxoacyl-ACP reductase
C: 3-oxoacyl-ACP reductase
F: 3-oxoacyl-ACP reductase
A: 3-oxoacyl-ACP reductase
E: 3-oxoacyl-ACP reductase
H: 3-oxoacyl-ACP reductase
D: 3-oxoacyl-ACP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,44316
ポリマ－232,4808
非ポリマー5,9638
水8,989499
1
G: 3-oxoacyl-ACP reductase
B: 3-oxoacyl-ACP reductase
C: 3-oxoacyl-ACP reductase
F: 3-oxoacyl-ACP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,2228
ポリマ－116,2404
非ポリマー2,9824
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18400 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area33750 Å2
手法PISA
2
A: 3-oxoacyl-ACP reductase
E: 3-oxoacyl-ACP reductase
H: 3-oxoacyl-ACP reductase
D: 3-oxoacyl-ACP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,2228
ポリマ－116,2404
非ポリマー2,9824
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18550 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area33950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.340, 86.540, 106.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-ACP reductase


分子量: 29059.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: arx21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023PKG5
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium Acetate and 30-32% PEG 4,000 / Temp details: (Room temperature in Irvine CA)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→86.54 Å / Num. obs: 79685 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.663 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / CC1/2: 0.932 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Apo ARX 21

解像度: 2.3→86.305 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2166 1990 2.5 %
Rwork0.1687 --
obs0.1699 79632 98.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→86.305 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14966 0 384 499 15849
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115622
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2521242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.5775586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0752474
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082690
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35750.25441330.18595343X-RAY DIFFRACTION96
2.3575-2.42130.28411420.19545391X-RAY DIFFRACTION96
2.4213-2.49250.26441360.20115384X-RAY DIFFRACTION96
2.4925-2.5730.23441420.18725454X-RAY DIFFRACTION97
2.573-2.6650.27461390.19065415X-RAY DIFFRACTION97
2.665-2.77170.24641430.19215467X-RAY DIFFRACTION97
2.7717-2.89780.25171440.18835564X-RAY DIFFRACTION98
2.8978-3.05060.24761430.19145574X-RAY DIFFRACTION99
3.0506-3.24180.21671400.18315627X-RAY DIFFRACTION100
3.2418-3.49210.23151450.17745653X-RAY DIFFRACTION100
3.4921-3.84350.19421440.15675651X-RAY DIFFRACTION100
3.8435-4.39960.17741450.14565653X-RAY DIFFRACTION100
4.3996-5.54290.18881430.14135689X-RAY DIFFRACTION100
5.5429-86.36540.18961510.15395777X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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