PDB-5tgs: Crystal Structure of QueE from Bacillus subtilis with methionine bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tgs

タイトル

Crystal Structure of QueE from Bacillus subtilis with methionine bound

要素

7-carboxy-7-deazaguanine synthase

キーワード

LYASE / S-Adenosylmethionine radical enzyme / 7-Carboxy-7-deazaguanine synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

7-carboxy-7-deazaguanine synthase / carbon-nitrogen lyase activity / queuosine biosynthetic process / S-adenosyl-L-methionine binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.548 Å

データ登録者

Grell, T.A.J. / Dowling, D.P. / Drennan, C.L.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: 7-Carboxy-7-deazaguanine Synthase: A Radical S-Adenosyl-l-methionine Enzyme with Polar Tendencies.
著者: Bruender, N.A. / Grell, T.A. / Dowling, D.P. / McCarty, R.M. / Drennan, C.L. / Bandarian, V.

履歴

登録	2016年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月8日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月15日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tgs.cif.gz	197.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tgs.ent.gz	159.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tgs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tgs_validation.pdf.gz	481.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tgs_full_validation.pdf.gz	484 KB	表示
XML形式データ	5tgs_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	5tgs_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/5tgs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/5tgs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5th5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tsh-d 2pxz-d 6asi-d 1k3c-d 6at4-1 4ynt-d 2q4w-d 4udr-2 4ml8-4 4udq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase

B: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase

ヘテロ分子

59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.182, 79.297, 122.224
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	7-carboxy-7-deazaguanine synthase / CDG synthase / Queuosine biosynthesis protein QueE 分子量: 29323.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: queE, ykvL, BSU13740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31677, 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₅H₁₁NO₂S
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 MTris HCl (pH 8.5), 22% PEG 8000 and 0.1 M Magnesium chloride PH範囲: 7.4-8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9999 , 1.7389

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月29日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9999	1
2	1.7389	1

反射

解像度: 2.548→50 Å / Num. obs: 17745 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.9 % / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 17.7

反射シェル

解像度: 2.548→2.64 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
SHARP		位相決定
autoSHARP		位相決定
AutoSol		位相決定
Coot		モデル構築
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.548→42.011 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.68

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2482	836	4.72 %	Random selection
R_work	0.2158	-	-	-
obs	0.2173	17694	99.16 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.548→42.011 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3627	0	32	85	3744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.076	3753
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.128	5116
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.979	2223
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	576
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	643

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5477-2.7073	0.3477	134	0.2885	2735	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7073-2.9163	0.2899	120	0.265	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9163-3.2097	0.2656	153	0.2606	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2097-3.6739	0.2451	128	0.2262	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6739-4.6278	0.2187	159	0.1885	2818	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6278-42.0163	0.243	142	0.1926	2936	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1941	0.1737	-0.0852	0.1401	-0.0715	0.033	-0.2346	-0.1127	-0.0348	0.0172	0.0918	0.1029	0.3649	-0.0527	-0.0002	0.398	0.0416	0.014	0.4419	0.0011	0.5131	24.1624	44.537	150.1054
2	1.4914	-0.9328	0.1745	2.6425	-0.0233	1.534	-0.0088	-0.0433	-0.0722	0.0699	-0.0715	0.1827	0.1413	-0.112	0	0.3486	-0.0456	0.0034	0.3698	-0.0158	0.3896	22.5048	35.6515	152.4835
3	0.1281	-0.165	-0.2896	0.348	0.0285	1.2934	-0.1309	-0.0738	-0.0061	0.0794	0.0336	-0.1855	0.3441	0.2253	-0.0539	0.2176	-0.0133	-0.0323	0.4195	0.0367	0.4534	43.3736	32.9753	150.5239
4	0.1718	-0.1047	-0.023	0.1193	-0.1507	0.3924	0.1603	-0.0631	0.2788	0.3056	-0.1115	-0.0701	-0.1251	0.1024	-0.0001	0.4632	-0.0364	0.0221	0.5495	0.0784	0.6181	39.3213	37.4189	148.4657
5	0.1005	0.0575	0.0461	0.0421	0.0017	0.0914	0.3042	0.0097	-0.1546	-0.4177	0.1862	-0.3502	-0.5881	0.444	-0.0002	0.7022	0.0141	0.1134	0.6434	0.0718	0.5419	51.1051	35.8706	126.7928
6	0.2615	0.0213	-0.1556	0.0728	-0.0418	0.0888	0.1851	-0.1441	0.5854	-0.0713	-0.1093	-0.0884	-0.0693	0.0684	-0.0008	0.6433	0.0396	0.1858	0.5941	0.1182	0.5754	45.9492	42.7282	127.0193
7	0.4967	-0.0025	-0.0894	0.09	0.015	0.3322	-0.0033	0.1154	-0.0298	-0.4096	-0.1513	-0.4005	0.09	0.6593	0.0001	0.6778	0.1171	0.1898	0.7909	0.0916	0.6328	56.3208	35.0221	121.2638
8	0.7648	0.2083	-0.2305	0.2326	0.1111	0.2744	0.0624	0.2761	-0.2282	-0.5373	-0.0277	-0.1703	0.2278	-0.4071	0.0069	0.743	0.1051	0.1151	0.602	0.0925	0.4577	43.6505	31.572	123.1727
9	1.0301	-0.3939	-0.5969	0.2056	0.2338	0.3816	0.4423	0.3998	-0.1506	-0.4446	-0.5038	-0.1252	0.0678	-0.5751	-0.0005	0.689	0.0388	0.0361	0.6126	0.0057	0.5414	33.5455	42.4087	121.7816
10	0.5172	-0.4975	-0.3558	0.476	0.3589	0.4468	0.3614	0.3735	0.0324	-0.3625	-0.1844	0.2293	-0.5201	-0.2007	0.0192	0.6488	0.0737	0.11	0.5517	0.0985	0.5719	32.4255	51.9117	129.4658
11	0.4336	0.1148	1.1404	0.0551	0.2365	3.1621	-0.2176	-0.1551	0.2506	0.0082	0.0649	-0.8977	-0.4121	-0.0737	-0.1096	0.6202	-0.1213	-0.0154	0.3521	0.0281	0.8399	38.8531	56.1153	141.6741
12	0.5427	-0.615	-0.2535	0.6985	0.313	0.4398	0.1468	0.1674	-0.205	-0.467	-0.1042	0.0623	-0.3488	0.0733	0.0513	0.3999	-0.088	0.0843	0.4986	0.0387	0.5415	37.6384	48.6708	137.8468

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 166 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 167 through 218 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and ((resid 219 through 237 ) or resid 302)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 18 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 19 through 43 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 44 through 70 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 71 through 115 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 116 through 166 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 167 through 201 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 202 through 218 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 219 through 239 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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