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- PDB-5tfy: The archaeal flagellum of Methanospirillum hungatei strain JF1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tfy
タイトルThe archaeal flagellum of Methanospirillum hungatei strain JF1.
要素Flagellin
キーワードCELL ADHESION / cell motility and adhesion
機能・相同性archaeal-type flagellum / Flagellin/pilin, N-terminal / Flagellin, archaea / Archaebacterial flagellin / archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / membrane => GO:0016020 / structural molecule activity / Flagellin
機能・相同性情報
生物種Methanospirillum hungatei JF-1 (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Poweleit, N. / Peng, G. / Gunsalus, R.P. / Zhou, Z.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: CryoEM structure of the Methanospirillum hungatei archaellum reveals structural features distinct from the bacterial flagellum and type IV pilus.
著者: Nicole Poweleit / Peng Ge / Hong H Nguyen / Rachel R Ogorzalek Loo / Robert P Gunsalus / Z Hong Zhou /
要旨: Archaea use flagella known as archaella-distinct both in protein composition and structure from bacterial flagella-to drive cell motility, but the structural basis of this function is unknown. Here, ...Archaea use flagella known as archaella-distinct both in protein composition and structure from bacterial flagella-to drive cell motility, but the structural basis of this function is unknown. Here, we report an atomic model of the archaella, based on the cryo electron microscopy (cryoEM) structure of the Methanospirillum hungatei archaellum at 3.4 Å resolution. Each archaellum contains ∼61,500 archaellin subunits organized into a curved helix with a diameter of 10 nm and average length of 10,000 nm. The tadpole-shaped archaellin monomer has two domains, a β-barrel domain and a long, mildly kinked α-helix tail. Our structure reveals multiple post-translational modifications to the archaella, including six O-linked glycans and an unusual N-linked modification. The extensive interactions among neighbouring archaellins explain how the long but thin archaellum maintains the structural integrity required for motility-driving rotation. These extensive inter-subunit interactions and the absence of a central pore in the archaellum distinguish it from both the bacterial flagellum and type IV pili.
履歴
登録2016年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年11月8日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8405
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8405
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8405
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Flagellin
A: Flagellin
B: Flagellin
C: Flagellin
D: Flagellin
E: Flagellin
F: Flagellin
G: Flagellin
H: Flagellin
J: Flagellin
K: Flagellin
L: Flagellin
M: Flagellin
N: Flagellin
O: Flagellin
P: Flagellin
Q: Flagellin
R: Flagellin
S: Flagellin
T: Flagellin
U: Flagellin
V: Flagellin
W: Flagellin
X: Flagellin
Y: Flagellin
Z: Flagellin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)455,62726
ポリマ－455,62726
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area145920 Å2
ΔGint-1116 kcal/mol
Surface area113360 Å2

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要素

#1: タンパク質 ...
Flagellin


分子量: 17524.129 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanospirillum hungatei JF-1 (strain ATCC 27890 / DSM 864 / NBRC 100397 / JF-1) (古細菌)
株: ATCC 27890 / DSM 864 / NBRC 100397 / JF-1 / 参照: UniProt: Q2FUM4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: The flagellum of the archaea Methanospirillum hungatei
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 20.048 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Methanospirillum hungatei JF-1 (古細菌) / 株: JF1
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMsodium chlorideNaCl1
250 mMTrisC4H11NO31
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 0.25 sec. / 電子線照射量: 2.667 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2
画像スキャン動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 3-13

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2RELION1.3画像取得Custom modified to use IHRSR-like helical reconstruction
3EMAN1.8画像取得Helixboxer and pro2d, proc3d
4Leginon画像取得Automated image collection
6CTFFIND3CTF補正
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
らせん対称回転角度/サブユニット: 108 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.2 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / 粒子像の数: 90118 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 200 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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