PDB-5teu: Brucella periplasmic binding protein YehZ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5teu

タイトル

Brucella periplasmic binding protein YehZ

要素

Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Brucella / periplasmic binding protein / general stress response / ABC transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella abortus (ウシ流産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Herrou, J. / Crosson, S.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	U19AI107792	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI107159	米国

引用

ジャーナル: J. Bacteriol. / 年: 2017
タイトル: Conserved ABC Transport System Regulated by the General Stress Response Pathways of Alpha- and Gammaproteobacteria.
著者: Herrou, J. / Willett, J.W. / Czyz, D.M. / Babnigg, G. / Kim, Y. / Crosson, S.

履歴

登録	2016年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5teu.cif.gz	145.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5teu.ent.gz	112.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5teu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5teu_validation.pdf.gz	469 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5teu_full_validation.pdf.gz	471.9 KB	表示
XML形式データ	5teu_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	5teu_validation.cif.gz	47.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5teu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5teu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ne4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6tqu-d 6bdx-d 5e6b-d 1qts-d 3o65-3 2yb5-2 3g6p-d 1nzj-d 3x3b-d 1uyy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system

B: Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system

ヘテロ分子

65 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.370, 111.370, 122.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-641- HOH
2	1	B-816- HOH

#1: タンパク質	Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system 分子量: 32051.260 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-304 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 株: 2308 / 遺伝子: BAB1_0226 / プラスミド: pET28 / 詳細 (発現宿主): Kan resistant, N-ter His tag 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q2YP76
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 710 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.1 % / 解説: hexagonal rods
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM K/Na tartrate, 2.2 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月2日
放射	モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→41.12 Å / Num. obs: 97517 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 12.2 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 26.6
反射シェル	解像度: 1.62→1.66 Å / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.857 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. measured obs: 7128 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PHENIX	1.9_1692	モデル構築
PHENIX	1.9_1692	位相決定
xia2	-3da	データ削減
xia2	-3da	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NE4

4ne4

解像度: 1.62→41.12 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.68

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1849	4874	5 %	random
R_work	0.1585	-	-	-
obs	0.1599	97517	99.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→41.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4383	0	54	710	5147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4768
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.085	6554
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.607	1778
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	766
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	856

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.62-1.6384	0.2667	175	0.2219	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6384-1.6577	0.2305	153	0.2116	3018	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6577-1.6779	0.2529	157	0.2067	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6779-1.6992	0.2466	141	0.2037	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6992-1.7215	0.2391	165	0.1962	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7215-1.7451	0.2081	155	0.1884	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7451-1.77	0.2037	186	0.186	3047	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.7965	0.216	154	0.1821	3065	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7965-1.8245	0.2217	164	0.1783	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8245-1.8544	0.2063	171	0.173	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8544-1.8864	0.1941	150	0.1676	3067	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8864-1.9207	0.2028	146	0.1688	3059	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9207-1.9577	0.2001	161	0.1662	3065	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9577-1.9976	0.1933	170	0.1622	3046	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9976-2.0411	0.1962	163	0.1662	3071	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0411-2.0885	0.198	128	0.1647	3093	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0885-2.1408	0.1864	156	0.1563	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1408-2.1986	0.1734	164	0.1576	3081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1986-2.2633	0.176	174	0.1592	3076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2633-2.3364	0.1716	178	0.1622	3030	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3364-2.4199	0.2006	165	0.1628	3114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4199-2.5168	0.1945	178	0.1625	3062	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5168-2.6313	0.1975	173	0.1695	3072	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6313-2.77	0.1814	143	0.1677	3143	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.9435	0.1952	186	0.1597	3071	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9435-3.1707	0.1957	156	0.1611	3154	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1707-3.4896	0.1924	156	0.1482	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4896-3.9942	0.1478	177	0.1286	3151	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9942-5.0308	0.1393	170	0.1275	3199	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0308-41.1394	0.1915	159	0.1635	3368	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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