PDB-5teb: Crystal Structure of the TIR domain from the Arabidopsis Thaliana...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5teb

タイトル

Crystal Structure of the TIR domain from the Arabidopsis Thaliana disease resistance protein RPP1

要素

Recognition of Peronospora parasitica 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / TIR domain / flavodoxin-like / resistance protein / signaling domain

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / defense response / ADP binding / signal transduction / ATP hydrolysis activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.796 Å

データ登録者

Bentham, A.R. / Zhang, X. / Croll, T. / Williams, S. / Kobe, B.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Multiple functional self-association interfaces in plant TIR domains.
著者: Zhang, X. / Bernoux, M. / Bentham, A.R. / Newman, T.E. / Ve, T. / Casey, L.W. / Raaymakers, T.M. / Hu, J. / Croll, T.I. / Schreiber, K.J. / Staskawicz, B.J. / Anderson, P.A. / Sohn, K.H. / ...

履歴

登録	2016年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5teb.cif.gz	535.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5teb.ent.gz	447.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5teb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5teb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5teb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tecC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4c6r-1 1ye8-d 2kl2-d 4c6r-4 3tqb-d 6a31-d 1xts-d 7kr0-d 1pz7-2 6nnc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (3) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Recognition of Peronospora parasitica 1

B: Recognition of Peronospora parasitica 1

C: Recognition of Peronospora parasitica 1

D: Recognition of Peronospora parasitica 1

E: Recognition of Peronospora parasitica 1

F: Recognition of Peronospora parasitica 1

G: Recognition of Peronospora parasitica 1

H: Recognition of Peronospora parasitica 1

154 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Recognition of Peronospora parasitica 1

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Recognition of Peronospora parasitica 1

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Recognition of Peronospora parasitica 1

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Recognition of Peronospora parasitica 1

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Recognition of Peronospora parasitica 1

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Recognition of Peronospora parasitica 1

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: Recognition of Peronospora parasitica 1

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: Recognition of Peronospora parasitica 1

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.890, 84.330, 122.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Recognition of Peronospora parasitica 1 分子量: 19201.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: RPP1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D9IW02
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.42 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 15% PEG 6000, 0.2 M citrate pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→40.945 Å / Num. obs: 41428 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.6 % / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 2.58→2.66 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC_1/2: 0.59 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11rc2_2531	位相決定
PHENIX	1.11rc2_2531	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.796→40.945 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.68 / 位相誤差: 29.25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2685	1979	4.78 %
R_work	0.2179	-	-
obs	0.2203	41414	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.796→40.945 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10533	0	0	0	10533

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10733
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.988	14413
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.889	6555
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1589
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1819

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7964-2.8663	0.398	126	0.3337	2689	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8663-2.9438	0.3656	134	0.2984	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9438-3.0304	0.3216	171	0.2999	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0304-3.1282	0.3333	138	0.2848	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1282-3.2399	0.3276	178	0.2687	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2399-3.3696	0.2852	136	0.257	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3696-3.5229	0.2825	108	0.2292	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5229-3.7085	0.2694	125	0.2227	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7085-3.9407	0.2394	99	0.216	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9407-4.2446	0.2393	97	0.1946	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2446-4.6712	0.2141	167	0.1761	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6712-5.3459	0.2966	188	0.1813	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3459-6.7304	0.262	159	0.2086	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7304-40.9493	0.2258	153	0.1995	2883	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6655	0.3897	-3.239	2.1368	0.2967	7.3792	0.206	-0.0701	0.3826	0.2075	-0.0589	0.1639	-0.2614	-0.3969	-0.0677	0.4914	0.0791	0.1126	0.3198	0.0708	0.3461	4.8099	1.0483	0.4644
2	5.3227	-0.3696	-1.4489	3.8693	-0.1602	6.7579	-0.0764	0.2574	0.1016	-0.1243	-0.0892	-0.4389	0.3879	0.0426	0.1267	0.2431	0.0115	-0.0144	0.2513	0.0349	0.2964	11.7196	0.1069	-33.8756
3	4.1954	-0.413	1.2427	2.7387	-0.883	7.0598	0.0243	-0.2588	-0.1269	0.2933	-0.1369	-0.3837	0.4758	0.197	0.1336	0.3062	0.0165	-0.0429	0.2333	-0.015	0.4042	-29.5275	-2.3649	-61.0941
4	4.4855	-0.9687	1.9337	2.7271	-0.2046	5.3344	0.3959	1.0615	-0.3621	-0.424	-0.4346	0.4345	0.4506	-0.2867	0.1538	0.3458	0.0526	-0.0796	0.6499	-0.157	0.4166	-35.8861	-2.013	-95.304
5	6.9519	0.6532	-0.6867	6.7723	-0.3231	7.7093	-0.4218	0.4829	0.0903	-0.0284	0.4394	-0.2021	0.2147	-0.327	-0.0835	0.3527	-0.0423	-0.0007	0.3537	-0.1645	0.4015	-61.3969	-2.6149	-68.2546
6	5.3181	-0.0468	-1.1012	4.5392	-1.1614	5.7564	0.2012	-0.0687	0.3492	0.0381	0.0049	-0.096	-0.4384	0.4397	-0.1797	0.2797	-0.0748	-0.1093	0.2889	-0.0154	0.2947	-4.2045	-1.2569	-87.8266
7	8.2032	0.4666	1.2768	4.4556	-0.6399	7.3403	-0.2465	0.2427	-0.137	-0.2043	0.1969	-0.4428	-0.2331	0.694	0.0343	0.3494	0.1012	0.0578	0.467	0.0545	0.3323	36.8717	0.4296	-6.5038
8	5.2716	-0.4317	0.494	7.4373	0.5365	6.1846	-0.0573	-0.5538	-0.1056	-0.0717	0.1515	0.0131	-0.241	-0.3471	-0.0176	0.332	-0.1128	0.0265	0.6863	0.003	0.3584	-20.5403	0.7247	-27.1821

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'D' and resid 89 through 254)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'E' and resid 89 through 254)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'A' and resid 89 through 254)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'B' and resid 89 through 254)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'C' and resid 89 through 254)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 89 through 254)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 90 through 254)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'H' and resid 89 through 254)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)