PDB-5te0: Crystal Structure of Adaptor Protein 2 Associated Kinase (AAK1) i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5te0

タイトル

Crystal Structure of Adaptor Protein 2 Associated Kinase (AAK1) in complex with BIBF 1120

要素

AP2-associated protein kinase 1

キーワード

Transferase/Transferase Inhibitor / transferase / protein kinase domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Transferase-Transferase Inhibitor Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

presynaptic endocytosis / regulation of clathrin-dependent endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / membrane organization / Notch binding / clathrin-coated vesicle / positive regulation of Notch signaling pathway / cell leading edge / clathrin-coated pit / terminal bouton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Counago, R.M. / Elkins, J.M. / Bountra, C. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Gileadi, O. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Adaptor Protein 2 Associated Kinase (AAK1) in complex with BIBF 1120
著者: Counago, R.M. / Elkins, J.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Gileadi, O.

履歴

登録	2016年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5te0.cif.gz	259.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5te0.ent.gz	208.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5te0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5te0_validation.pdf.gz	715.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5te0_full_validation.pdf.gz	718.2 KB	表示
XML形式データ	5te0_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	5te0_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5te0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5te0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wsqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tq8-d 6z56-d 5de2-1 4gv1-d 2g1n-2 4cdd-1 2g1s-2 3zh8-3 4wsq-1 5j9l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AP2-associated protein kinase 1

ヘテロ分子

40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.465, 119.474, 125.035
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-770- HOH

#1: タンパク質	AP2-associated protein kinase 1 / Adaptor-associated kinase 1 分子量: 39082.836 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-365 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AAK1, KIAA1048 / プラスミド: pNIC-CTH0 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 参照: UniProt: Q2M2I8, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-XIN / methyl (3Z)-3-{[(4-{methyl[(4-methylpiperazin-1-yl)acetyl]amino}phenyl)amino](phenyl)methylidene}-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indole-6-carboxylate / ニンテダニブ分子量: 539.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₃₃N₅O₄ / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25 % PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS, 0.2M Lithium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45872 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.45872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→43.55 Å / Num. obs: 41475 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.5 % / B_iso Wilson estimate: 26.73 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.202 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 1.584 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC_1/2: 0.429 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS	VERSION Oct 15, 2015	データ削減
Aimless	0.5.27	データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4wsq

4wsq

解像度: 1.9→19.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.112 / SU R_free Blow DPI: 0.103 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.099

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.199	2182	5.27 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.182	41423	98.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.777 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.6279 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.1491 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→19.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2441	0	95	294	2830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	5003	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.04	8999	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1105	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		64	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		773	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		5003	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.88
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	15.04
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		333	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		5690	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	123	4.62 %
R_work	0.301	2538	-
all	0.305	2661	-
obs	-	-	87.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4852	0.7204	3.8797	2.126	0.2626	6.0358	-0.1122	-1.0888	0.1496	0.0277	0.2576	0.2598	-0.0854	-0.9558	-0.1454	-0.0947	0.0003	0.0371	0.1574	0.0911	-0.236	-8.9155	-30.8423	2.3144
2	6.4837	-5.82	1.0885	1.8172	5.0751	11.9848	0.0791	-0.8336	-0.2418	0.062	-0.0389	0.2445	0.1398	-0.7258	-0.0402	-0.1197	-0.0759	0.0406	0.1711	0.0982	-0.1949	-12.577	-33.0175	-2.8782
3	3.1516	0.8146	0.9176	4.8004	5.0317	2.7373	-0.0617	-0.4394	0.6438	0.088	0.0166	0.0053	-0.7011	0.1906	0.0452	0.2232	-0.0817	-0.0126	0.0118	-0.1016	-0.0628	-18.4257	-18.4334	-9.9986
4	4.4415	0.4786	-0.1837	0.688	-0.1514	0.8991	0.1298	-0.839	0.0181	0.1538	-0.044	0.1274	0.0059	-0.0563	-0.0858	-0.0113	-0.0205	0.0228	-0.0059	0.0065	-0.1433	-12.4121	-29.8306	-10.9505
5	5.4934	-1.2016	-0.078	0.5499	0.1351	0.5394	-0.0042	-0.1252	0.027	-0.025	-0.0327	-0.0608	0.0559	0.0393	0.0369	-0.0115	-0.0114	0.0121	-0.1713	0.0086	-0.0796	-1.4141	-30.3267	-24.8187
6	2.543	-0.6002	0.2755	2.4459	-0.0756	1.2299	0.0035	-0.244	0.1192	0.2032	-0.0459	0.0771	0.0227	-0.0244	0.0425	0.0022	-0.0248	0.0304	-0.1117	-0.0191	-0.0964	-7.3712	-24.2796	-19.0737
7	1.048	0.6026	1.256	8.3271	-1.9823	2.1142	-0.0921	-0.204	0.6812	0.5065	-0.3548	0.6178	-0.3262	-0.1934	0.4469	0.095	0.004	0.0171	-0.0462	-0.1169	0.2388	-8.7264	-3.8314	-18.4757
8	1.6055	0.0922	-0.0873	1.1727	0.25	0.4801	0.0036	0.0601	0.2781	0.0085	-0.0193	-0.038	0.0109	0.0171	0.0157	0.0265	-0.0088	-0.0001	-0.1305	0.0118	-0.0096	2.6382	-17.1834	-28.4911
9	3.9032	-0.0196	0.1872	0.8308	-0.7002	0.8346	-0.0135	0.5412	-0.2455	-0.1674	0.0063	0.0657	0.0519	-0.0062	0.0073	0.0843	-0.0137	0.0085	-0.0267	-0.0349	-0.006	-5.0402	-28.5765	-38.9288
10	2.3451	-1.0139	-2.4835	3.0531	-0.2594	0.0025	0.0161	0.2643	0.4081	-0.2711	0.026	-0.4681	-0.0761	-0.2225	-0.0421	0.0321	-0.0056	0.0644	-0.1335	0.0233	0.0843	16.6079	-16.8468	-36.1675

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|26 - 63}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|64 - 77}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|78 - 95}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|96 - 137}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|138 - 172}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|173 - 204}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|205 - 219}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|220 - 307}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|308 - 333}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|334 - 345}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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