PDB-5tdg: Crystal structure of prefusion-stabilized bovine RSV F (DS-Cav1 v...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tdg

タイトル

Crystal structure of prefusion-stabilized bovine RSV F (DS-Cav1 variant: strain ATue51908)

要素

Fusion glycoprotein F0,Fibritin

キーワード

VIRAL PROTEIN / Bovine RSV F / prefusion stabilized

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bovine respiratory syncytial virus (ウイルス)

Enterobacteria phage T2 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Chen, L. / Zhang, B. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2017
タイトル: Protection of calves by a prefusion-stabilized bovine RSV F vaccine.
著者: Zhang, B. / Chen, L. / Silacci, C. / Thom, M. / Boyington, J.C. / Druz, A. / Joyce, M.G. / Guzman, E. / Kong, W.P. / Lai, Y.T. / Stewart-Jones, G.B.E. / Tsybovsky, Y. / Yang, Y. / Zhou, T. / ...

履歴

登録	2016年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tdg.cif.gz	290.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tdg.ent.gz	232.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tdg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tdg_validation.pdf.gz	468.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tdg_full_validation.pdf.gz	478.2 KB	表示
XML形式データ	5tdg_validation.xml.gz	55.1 KB	表示
CIF形式データ	5tdg_validation.cif.gz	70 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/5tdg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/5tdg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tdlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mmv-1 4wsg-d 2b9b-d 10701 3v7e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (4) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Fusion glycoprotein F0,Fibritin

B: Fusion glycoprotein F0,Fibritin

C: Fusion glycoprotein F0,Fibritin

ヘテロ分子

175 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.069, 127.033, 92.427
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.910, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Fusion glycoprotein F0,Fibritin

分子量: 57984.219 Da / 分子数: 3 / 変異: S155C, S190F, V207L and S290C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bovine respiratory syncytial virus (ウイルス), (組換発現)

Enterobacteria phage T2 (ファージ)
株: ATue51908 / 遺伝子: wac / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9YS24, UniProt: Q76VI8

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% (w/v) PEG 3350, and 0.1M sodium acetate pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→92.21 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.65→92.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 0.01 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	2358	5 %	RANDOM
R_work	0.2051	-	-	-
obs	0.2073	45018	96.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 223.28 Å² / B_iso mean: 81.405 Å² / B_iso min: 38.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.22 Å²	0 Å²	-1.54 Å²
2-	-	4.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.65→92.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11196	0	42	30	11268
B_iso mean	-	-	133.5	73.01	-
残基数	-	-	-	-	1440

LS精密化シェル

解像度: 2.647→2.716 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	159	-
R_work	0.277	3192	-
all	-	3351	-
obs	-	-	92.31 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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