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- PDB-5t8k: 1.95 Angstrom Crystal Structure of S-adenosylhomocysteinase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t8k
タイトル1.95 Angstrom Crystal Structure of S-adenosylhomocysteinase from Cryptosporidium parvum in Complex with Adenine and NAD
要素(Adenosylhomocysteinase) x 2
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenosylhomocysteinase-like / Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain ...Adenosylhomocysteinase-like / Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Adenosylhomocysteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Bishop, B. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.95 Angstrom Crystal Structure of S-adenosylhomocysteinase from Cryptosporidium parvum in Complex with Adenine and NAD.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Bishop, B. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylhomocysteinase
B: Adenosylhomocysteinase
C: Adenosylhomocysteinase
D: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,32529
ポリマ－224,8794
非ポリマー5,44725
水34,6791925
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32920 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area68610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.686, 182.785, 96.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質 Adenosylhomocysteinase


分子量: 56200.676 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (strain Iowa II) (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: cgd3_80 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) MAGIC / 参照: UniProt: Q5CPH1, adenosylhomocysteinase
#2: タンパク質 Adenosylhomocysteinase


分子量: 56276.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (strain Iowa II) (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: cgd3_80 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) MAGIC / 参照: UniProt: Q5CPH1, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 9種, 1950分子

#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 化合物
ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#6: 化合物
ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1925 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein: 9.3 mg/ml, 0.1M Tris HCl (pH 8.3), 1mM Adenine, 1mM NAD, 1mM Homocysteine, Screen: Classics II (D9), 0.1M Bis-Tris-HCL (pH 8.5), 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月16日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 166729 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.722 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.65 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB-5HM8

5hm8


解像度: 1.95→29.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 5.705 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17296 8283 5 %RANDOM
Rwork0.14092 ---
obs0.1425 158251 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.031 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å2-0.47 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→29.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15562 0 364 1925 17851
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01916863
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0216366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.99322828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.896337874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.17552113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.29225.233709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.082153158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.1831572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.22563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.0218921
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.023635
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2732.0978255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2732.0978253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1583.13410433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1573.13410434
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5882.4258608
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5882.4258608
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6413.50412396
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.74126.99320262
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.47325.88219578
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 615 -
Rwork0.231 11653 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7321-0.1259-0.63340.68010.31691.74950.0317-0.2407-0.05650.2076-0.0391-0.02050.03090.14180.00730.161-0.03540.00110.21990.02150.008567.514836.7794214.4989
20.54460.26860.08890.60890.09050.4410.0455-0.1466-0.02430.1728-0.05390.08970.0245-0.05060.00840.1144-0.02140.06130.13660.00260.038249.427832.6464199.2099
30.43920.13750.09160.07860.1822.19880.0319-0.02350.11080.0377-0.03470.0379-0.23040.14480.00280.1254-0.04590.01470.1184-0.01350.072571.905849.7214189.2108
41.6718-0.09660.18211.15060.00190.78210.03010.3404-0.0478-0.3228-0.05960.14860.0595-0.05020.02960.15870.0257-0.04230.1811-0.05850.037438.85819.1186139.4652
50.4011-0.1795-0.08550.49430.03420.51420.03050.0725-0.119-0.0569-0.03160.13020.0895-0.08560.00120.0383-0.0064-0.01110.0793-0.04030.100134.288818.9684158.8145
60.8234-0.30030.00550.3963-0.08560.32240.03470.1168-0.1033-0.0655-0.05440.08730.0747-0.04740.01970.0319-0.0076-0.00110.0461-0.03810.037840.495218.3512157.8596
71.21840.1709-0.4270.9692-0.06831.09-0.01430.18590.1465-0.1134-0.01840.2079-0.0969-0.20590.03280.0450.0459-0.03210.0911-0.00340.073240.241460.447161.8714
81.63330.1564-0.65422.615-0.0812.12850.07610.20360.3315-0.2695-0.0638-0.2022-0.4230.1167-0.01240.149-0.00390.01520.06110.06390.11160.655473.645158.7041
90.4138-0.03610.02640.40540.06850.31520.00010.01320.0657-0.0109-0.03070.0368-0.0409-0.01640.03050.03930.00550.01480.0543-0.00360.028256.172848.1688170.7298
101.8603-0.48070.1591.23340.00040.5357-0.046-0.2808-0.11750.25680.07560.13060.0603-0.063-0.02960.1264-0.01150.05250.09640.06380.085547.1078-3.5412198.4729
110.2712-0.29480.30921.3483-0.13020.42060.11840.0271-0.0989-0.0339-0.01980.07830.14070.0641-0.09860.10510.011-0.0010.05030.02080.113657.4181-12.49185.341
120.6430.09270.05170.4925-0.05740.20460.0361-0.0331-0.1450.0681-0.0405-0.01370.05610.0220.00440.04310.00140.01390.02410.01340.057455.88447.5956180.0962
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 204
2X-RAY DIFFRACTION2A205 - 427
3X-RAY DIFFRACTION3A428 - 495
4X-RAY DIFFRACTION4B3 - 174
5X-RAY DIFFRACTION5B175 - 333
6X-RAY DIFFRACTION6B334 - 495
7X-RAY DIFFRACTION7C3 - 119
8X-RAY DIFFRACTION8C120 - 203
9X-RAY DIFFRACTION9C204 - 495
10X-RAY DIFFRACTION10D2 - 119
11X-RAY DIFFRACTION11D120 - 263
12X-RAY DIFFRACTION12D264 - 495

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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