PDB-5t6m: Structure of the tryptophan synthase b-subunit from Pyroccus furi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t6m

タイトル

Structure of the tryptophan synthase b-subunit from Pyroccus furiosus with b-methyltryptophan non-covalently bound

要素

Tryptophan synthase beta chain 1

キーワード

LYASE / Tryptophan synthase / PLP / non-canonical amino acid

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Buller, A.R. / van Roye, P. / Arnold, F.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Tryptophan Synthase Uses an Atypical Mechanism To Achieve Substrate Specificity.
著者: Buller, A.R. / van Roye, P. / Murciano-Calles, J. / Arnold, F.H.

履歴

登録	2016年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t6m.cif.gz	591.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t6m.ent.gz	488.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t6m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5t6m_validation.pdf.gz	493.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5t6m_full_validation.pdf.gz	502.7 KB	表示
XML形式データ	5t6m_validation.xml.gz	54.8 KB	表示
CIF形式データ	5t6m_validation.cif.gz	74.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/5t6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/5t6m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5dw3S 5dvz S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dw0-1 6cuv-1 6ami-1 5vm5-1 6amh-2 6cuv-2 6am7-1 5dvz-1 6am9-1 5dw3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Tryptophan synthase beta chain 1

B: Tryptophan synthase beta chain 1

C: Tryptophan synthase beta chain 1

D: Tryptophan synthase beta chain 1

ヘテロ分子

176 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tryptophan synthase beta chain 1

B: Tryptophan synthase beta chain 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Tryptophan synthase beta chain 1

D: Tryptophan synthase beta chain 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.819, 107.705, 160.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tryptophan synthase beta chain 1 分子量: 43885.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: trpB1, PF1706 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U093, tryptophan synthase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-78U / (betaS)-beta-methyl-L-tryptophan / (βS)-β-メチル-L-トリプトファン分子量: 218.252 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄N₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.85 / 詳細: 15-25% PEG3350, 0.1M HEPES / PH範囲: 7.5-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月1日
放射	モノクロメーター: Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 125283 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 13.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / CC_1/2: 0.452 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DW3

5dw3

解像度: 1.8→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 10.741 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23768	6510	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20408	-	-	-
obs	0.20571	125283	99.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.879 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11723	0	62	226	12011

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	12045
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11516
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.18	1.974	16313
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.801	3.001	26420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.066	5	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.61	24.049	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.971	15	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.753	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	13694
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.702	1.992	6178
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.702	1.992	6178
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.213	2.979	7709
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.213	2.98	7710
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.775	2.113	5867
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.775	2.114	5868
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.311	3.129	8604
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.03	16.231	13411
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.03	16.233	13412
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.391	480	-
R_work	0.372	8990	-
obs	-	-	97.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6222	0.8098	0.8406	1.6867	0.9961	5.0056	-0.1576	0.2576	0.0334	-0.6137	0.1742	-0.1939	-0.4688	0.3616	-0.0167	0.354	0.0107	0.1197	0.2554	0.0807	0.1543	89.125	26.821	179.117
2	0.0114	0.1056	-0.0204	1.2211	0.0616	1.0583	-0.0016	-0.0065	0.0141	-0.038	-0.0112	-0.0593	0.0823	0.1587	0.0129	0.0823	0.0099	0.0446	0.2469	0.0216	0.2524	91.318	17.477	201.013
3	1.4399	1.3532	1.8876	2.9367	0.7848	3.1329	0.0092	-0.1102	-0.0458	-0.1027	0.0198	-0.0609	0.0066	-0.1639	-0.0289	0.1169	0.0034	0.0313	0.2307	0.0207	0.22	75.357	25.243	197.209
4	2.9789	0.9589	1.8828	1.7505	0.6421	2.3184	-0.0251	-0.1026	0.0577	-0.0095	-0.0578	0.1609	0.1866	-0.143	0.0829	0.0979	0.0281	0.0275	0.2455	0.018	0.1802	68.711	23.214	196.024
5	0.4899	-0.3775	-0.1185	0.3831	-0.0154	0.7204	0.0695	0.0582	0.088	-0.167	-0.0415	-0.0942	-0.0801	0.153	-0.028	0.2256	-0.0186	0.0378	0.244	0.0168	0.2108	87.336	23.004	189.018
6	0.049	0.061	0.123	0.4747	-0.3569	1.0284	-0.0538	0.0199	0.0106	-0.3107	0.0397	-0.0458	0.1882	0.0236	0.0142	0.2314	0.0313	0.0198	0.2364	-0.0083	0.1886	87.478	5.292	188.304
7	0.1215	0.7834	-0.7559	5.6852	-4.0153	6.7074	-0.1083	0.0629	0.0922	-0.7917	0.4818	0.7278	0.4962	-0.7867	-0.3735	0.2716	-0.0717	-0.187	0.3561	0.0385	0.2169	72.127	9.679	182.539
8	0.4605	0.257	-0.0604	1.3511	-0.3104	1.6564	0.05	-0.003	-0.0568	-0.1781	-0.0143	0.0772	0.315	-0.0842	-0.0357	0.1654	0.0137	0.0009	0.1949	-0.0049	0.1949	82.774	2.768	193.849
9	1.8117	-0.999	-0.8096	1.1465	-0.1244	1.4681	0.0133	0.0105	-0.0076	-0.0515	-0.0066	-0.0295	0.322	-0.2008	-0.0068	0.1956	-0.0242	0.0028	0.2321	-0.0229	0.1636	83.566	0.357	201.469
10	0.0582	-0.1572	0.0801	1.0074	0.3579	1.3209	-0.0089	-0.0121	0.0532	0.0517	0.0389	-0.0747	0.157	0.1931	-0.03	0.0508	0.0441	-0.0013	0.2909	0.0061	0.2242	92.455	13.42	225.683
11	1.1025	-0.7243	0.0452	0.741	0.6322	2.5676	-0.0646	0.0691	0.0813	0.0871	-0.0613	0.0303	0.5361	-0.0503	0.1259	0.2356	0.0148	0.0271	0.192	0.0236	0.1927	86.133	1.575	224.183
12	2.9446	0.2394	-0.3577	0.0258	0.1146	3.554	-0.3287	0.0804	0.0081	0.0045	-0.0234	0.0123	0.7362	-0.915	0.3521	0.1895	-0.1477	0.0562	0.403	-0.0536	0.1462	72.19	4.834	224.733
13	1.4213	0.6434	-0.7088	1.3108	0.2857	6.3653	-0.1361	-0.0753	0.0275	-0.1016	-0.0708	0.0322	0.2684	-0.644	0.207	0.1132	-0.0439	0.0065	0.3316	-0.0161	0.154	71.795	4.837	225.237
14	0.0146	-0.0058	-0.0478	0.9111	-0.4698	2.017	-0.0122	-0.0266	0.0403	0.2084	0.0474	-0.0867	0.485	0.303	-0.0352	0.262	0.0761	-0.0236	0.2979	0.0049	0.1794	89.111	7.97	231.255
15	0.096	0.005	-0.1928	0.127	-0.45	2.3562	-0.1082	-0.0814	0.0337	0.094	0.0388	-0.0977	-0.1831	-0.0941	0.0694	0.2371	0.0622	-0.0764	0.2986	-0.0472	0.1937	86.305	24.96	233.145
16	0.7397	-0.1159	1.3645	0.8769	-1.0373	6.6307	0.131	-0.4158	0.0135	-0.0448	0.1804	-0.0258	0.3081	-1.004	-0.3115	0.0661	0.012	0.0246	0.5204	0.0341	0.1525	71.813	19.091	236.643
17	0.5645	0.0353	0.1778	0.1396	-0.3484	2.0721	-0.027	-0.0243	0.0727	0.1231	0.014	-0.0361	-0.3159	-0.073	0.0129	0.1377	0.0331	0.0077	0.2341	-0.0153	0.2165	84.335	30.144	224.69
18	12.5209	-5.0776	1.1268	5.7407	-1.0155	0.9103	-0.1031	-0.2041	-0.0117	0.0569	0.1924	0.158	0.0568	-0.5628	-0.0893	0.1533	-0.0023	-0.016	0.4127	0.0146	0.171	69.573	21.842	215.104
19	1.8526	-0.9329	0.9847	0.478	-0.6251	4.7681	-0.1067	-0.5363	-0.1601	0.0781	0.27	0.1039	-0.1254	-0.7241	-0.1633	0.2024	0.0281	0.1061	0.3328	0.0137	0.1466	110.341	43.183	219.798
20	0.6118	-0.2968	-0.0991	0.6607	-0.2183	0.4385	-0.0337	0.0489	-0.0018	0.0083	0.0508	0.0023	0.1066	-0.1568	-0.0171	0.1673	-0.0246	0.0151	0.2457	0.0187	0.1869	116.835	34.601	198.58
21	1.5449	0.391	0.6188	0.3941	-0.6498	3.7634	0.0792	-0.0781	-0.2452	-0.0353	-0.1033	-0.0923	-0.2272	0.1279	0.0241	0.1725	-0.0134	0.0344	0.1769	0.0186	0.2348	127.515	48.894	202.048
22	3.084	-0.4546	-0.9891	1.6217	-0.6376	3.1929	-0.0185	-0.4652	0.1051	0.1354	0.0418	0.0137	-0.4812	0.366	-0.0234	0.238	-0.0111	0.045	0.1892	-0.0157	0.1536	124.538	53.349	211.502
23	0.8057	-0.417	-0.3774	0.7086	0.7321	0.7669	-0.0429	-0.0908	-0.0911	0.2336	-0.0279	0.0959	0.2348	-0.0585	0.0709	0.2946	-0.0355	0.0374	0.2255	0.0509	0.1839	117.397	27.146	208.164
24	9.3293	-4.2577	-2.585	2.3888	1.34	4.9966	0.1108	-0.2138	0.057	-0.0066	-0.0814	0.0977	0.4234	0.469	-0.0293	0.2707	0.0503	0.0063	0.2632	0.009	0.0774	132.579	33.65	220.673
25	2.9257	1.9412	-1.2795	1.3343	-0.3785	6.1673	0.6111	-0.5419	0.5218	0.406	-0.2791	0.3499	0.1178	1.3664	-0.3321	0.307	0.0157	0.0646	0.489	-0.1444	0.1795	136.232	38.355	216.769
26	0.7076	-0.0112	-0.4567	0.6818	0.6381	0.8911	0.0064	0.035	-0.0772	0.1575	0.0552	-0.0934	0.1007	0.0322	-0.0616	0.2775	0.0395	-0.0281	0.1954	0.0225	0.1593	130.523	25.046	204.458
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28	0.7852	0.7914	0.1767	0.8671	0.5072	3.096	-0.1491	0.2586	-0.1224	-0.2305	0.1741	-0.1125	0.3542	0.0145	-0.025	0.5307	0.2055	-0.0075	0.3618	-0.0814	0.0256	128.546	25.293	157.402
29	0.2971	-0.6878	0.1701	2.325	-0.0205	0.6318	0.06	0.0542	-0.0628	0.0417	-0.0366	0.1266	0.1433	-0.2443	-0.0234	0.1396	-0.0195	-0.0046	0.3432	-0.0052	0.1642	117.396	32.977	181.076
30	1.2565	0.6445	0.5355	1.321	0.2454	1.1177	-0.1167	0.0968	-0.0237	-0.2545	0.0001	-0.0455	-0.1804	0.0249	0.1165	0.2202	0.0409	-0.0016	0.2476	-0.0086	0.1714	139.071	29.604	177.608
31	1.9085	2.3018	0.3702	32.0813	-0.8866	1.1531	-0.1509	0.0837	0.3769	-0.569	0.0997	-0.3408	-0.1241	0.3804	0.0511	0.2731	0.016	0.0652	0.4495	0.0112	0.1514	143.599	32.429	165.634
32	0.595	-0.6071	-0.3473	0.7697	0.3427	1.013	0.1251	0.2378	-0.0129	-0.2107	-0.0988	0.0118	0.2116	-0.291	-0.0263	0.2167	-0.0047	-0.0194	0.3674	-0.0019	0.0991	119.557	34.039	170.072
33	0.6221	1.2878	1.125	7.2345	3.1939	3.6328	0.0926	0.2873	0.0736	-0.3457	0.0086	-0.1512	-0.3442	0.2107	-0.1012	0.3298	0.0665	0.1364	0.3339	0.0921	0.0884	130.643	47.593	161.199
34	1.5819	-1.4617	3.3949	10.7267	-4.5599	7.5322	0.1508	0.4734	0.1222	-0.6738	-0.5052	-1.1603	0.2865	1.0538	0.3544	0.5312	0.0715	0.3633	0.725	0.1272	0.31	137.566	47.165	158.698
35	0.6789	-0.1851	-0.2549	0.8998	0.107	2.8733	0.1507	0.131	0.1953	-0.1521	-0.0916	-0.1887	-0.2704	-0.1369	-0.059	0.1	0.0665	0.0659	0.2606	0.0686	0.1999	122.921	48.729	173.74
36	2.6753	-0.5155	-0.2144	0.4699	0.8206	2.6071	0.3186	0.2787	0.0203	0.0077	-0.1268	-0.0835	-0.1121	-0.147	-0.1918	0.1417	0.0143	0.0517	0.2588	0.1046	0.1504	119.624	49.671	181.208

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	32 - 102
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	103 - 135
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	136 - 167
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	168 - 212
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	213 - 277
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	278 - 300
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	301 - 352
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	353 - 385
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	1 - 85
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	86 - 122
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	123 - 138
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	139 - 165
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	166 - 212
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	213 - 282
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	283 - 303
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	304 - 374
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	375 - 386
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	1 - 32
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	33 - 104
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	105 - 144
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	145 - 181
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	182 - 254
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	255 - 282
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	283 - 301
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	302 - 382
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	383 - 390
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	1 - 27
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	28 - 89
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	90 - 161
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	162 - 169
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	170 - 253
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	254 - 280
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	281 - 292
35	X-RAY DIFFRACTION	35	D	293 - 355
36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	356 - 385

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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