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- PDB-5t5s: A fragment of a human tRNA synthetase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t5s
タイトルA fragment of a human tRNA synthetase
要素Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic
キーワードTRANSLATION / tRNA synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cytoplasmic translational fidelity / Ser-tRNA(Ala) hydrolase activity / alanine-tRNA ligase / alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / cerebellar Purkinje cell layer development / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA modification / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA editing activity ...regulation of cytoplasmic translational fidelity / Ser-tRNA(Ala) hydrolase activity / alanine-tRNA ligase / alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / cerebellar Purkinje cell layer development / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA modification / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA editing activity / tRNA processing / amino acid binding / neuromuscular process controlling balance / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / tRNA binding / mitochondrion / zinc ion binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain ...Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Translation protein, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.202 Å
データ登録者Sun, L. / Schimmel, P.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016
タイトル: Two crystal structures reveal design for repurposing the C-Ala domain of human AlaRS.
著者: Sun, L. / Song, Y. / Blocquel, D. / Yang, X.L. / Schimmel, P.
履歴
登録2016年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4661
ポリマ－23,4661
非ポリマー00
水2,396133
1
A: Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic

A: Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9322
ポリマ－46,9322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)90.829, 136.141, 59.077
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic / Alanyl-tRNA synthetase / AlaRS / Renal carcinoma antigen NY-REN-42


分子量: 23465.920 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 757-965 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AARS
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: P49588, alanine-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.74 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.202→75.557 Å / Num. all: 18960 / Num. obs: 16637 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.202→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.109

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2306: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5T76

5t76


解像度: 2.202→29.491 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2584 841 5.06 %
Rwork0.2083 --
obs0.2108 16634 87.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.202→29.491 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1566 0 0 135 1701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081593
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0232142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7091016
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006279
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2024-2.34040.3012910.28751730X-RAY DIFFRACTION59
2.3404-2.5210.28291310.24062369X-RAY DIFFRACTION80
2.521-2.77450.28441470.23212877X-RAY DIFFRACTION98
2.7745-3.17560.29141670.23562961X-RAY DIFFRACTION100
3.1756-3.99930.28221300.20912860X-RAY DIFFRACTION94
3.9993-29.49380.21161750.1692996X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.1008 Å / Origin y: -2.1386 Å / Origin z: 14.8135 Å
111213212223313233
T0.1601 Å2-0.0464 Å2-0.0055 Å2-0.3697 Å2-0.0118 Å2--0.2885 Å2
L0.1792 °2-0.3799 °2-0.2022 °2-2.1629 °20.3296 °2--2.5112 °2
S-0.0629 Å °0.0547 Å °-0.016 Å °0.0997 Å °0.0011 Å °0.2228 Å °0.1439 Å °-0.671 Å °0.1095 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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