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- PDB-5t22: WELO5 SMALL MOLECULE HALOGENASE WITH NI(II) AND 2-OXOGLUTARATE P ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t22
タイトルWELO5 SMALL MOLECULE HALOGENASE WITH NI(II) AND 2-OXOGLUTARATE P 21 CRYSTAL FORM
要素WelO5
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-oxoglutarate and Fe(II) dependent halogenase
機能・相同性metal ion binding / 2-OXOGLUTARIC ACID / NICKEL (II) ION / WelO5
機能・相同性情報
生物種Hapalosiphon welwitschii UTEX B 1830 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Gallimore, E.O. / McDonough, M.A. / Clifton, I.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: WELO5 SMALL MOLECULE HALOGENASE WITH NI(II) AND 2-OXOGLUTARATE
著者: Gallimore, E.O. / McDonough, M.A. / Clifton, I.J. / Schofield, C.J.
履歴
登録2016年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WelO5
B: WelO5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5847
ポリマ－65,1152
非ポリマー4685
水7,638424
1
A: WelO5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8214
ポリマ－32,5581
非ポリマー2633
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: WelO5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7633
ポリマ－32,5581
非ポリマー2052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.948, 80.040, 73.498
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 WelO5


分子量: 32557.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hapalosiphon welwitschii UTEX B 1830 (バクテリア)
プラスミド: pNIC28-bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A067YX61
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M CALCIUM CHLORIDE, 20% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350, PROTEIN 27 MG/ML, 5MM NICKEL CHLORIDE, 5 MM 2-OXOGLUTARATE, 20MM HEPES, 5MM (6aS,9S,10aS)-6,6,9-trimethyl-9-vinyl-6a,7,8,10a- ...詳細: 0.2 M CALCIUM CHLORIDE, 20% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350, PROTEIN 27 MG/ML, 5MM NICKEL CHLORIDE, 5 MM 2-OXOGLUTARATE, 20MM HEPES, 5MM (6aS,9S,10aS)-6,6,9-trimethyl-9-vinyl-6a,7,8,10a-tetrahydro-5H-indeno[2,1-b]indol-10-one

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→72.99 Å / Num. obs: 55617 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 19.64 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.203 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 338723 / Scaling rejects: 572
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.75-1.785.81.3250.348199.9
9.09-72.9960.0890.99199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.7 Å40.78 Å
Translation1.7 Å40.78 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.26データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J4R

5j4r


解像度: 1.75→72.987 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 2692 4.85 %
Rwork0.1888 --
obs0.1904 55523 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.49 Å2 / Biso mean: 27.7461 Å2 / Biso min: 10.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→72.987 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4274 0 23 425 4722
Biso mean--16.55 33.2 -
残基数----552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114492
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.076119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062665
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007812
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8882695
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.78180.3361410.326927682909100
1.7818-1.81610.33371280.316927472875100
1.8161-1.85310.3481380.303827862924100
1.8531-1.89340.31310.293427782909100
1.8934-1.93750.34011490.29592750289999
1.9375-1.98590.30611550.249227912946100
1.9859-2.03960.25731330.234527462879100
2.0396-2.09970.25261380.237227762914100
2.0997-2.16740.20891510.200727762927100
2.1674-2.24490.2521270.200627502877100
2.2449-2.33480.2471250.192727852910100
2.3348-2.44110.24471360.184228142950100
2.4411-2.56980.18711600.174227572917100
2.5698-2.73080.22071570.175527722929100
2.7308-2.94160.21591380.170828052943100
2.9416-3.23770.21071270.166927902917100
3.2377-3.70610.18431610.157427972958100
3.7061-4.66920.16891410.133928062947100
4.6692-73.05090.18081560.166328372993100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.85410.4009-0.58411.318-0.71722.19040.1196-0.1145-0.114-0.0125-0.06160.04830.06110.1848-0.05930.16690.0294-0.02240.1035-0.02490.127-18.9658-28.2177-17.7705
21.2234-0.6769-0.36921.3754-0.10232.27080.104-0.01340.1545-0.0325-0.0747-0.0138-0.17440.0958-0.01430.1273-0.03280.00010.11330.00280.1463-21.247-19.204-11.243
31.1322-1.94590.56355.1859-1.68092.0609-0.1917-0.19960.27220.53460.1244-0.256-0.55420.02520.02910.259-0.0207-0.02530.225-0.02260.2479-24.17-14.0321-3.2295
41.73360.19370.52221.48910.3533.2586-0.05370.02240.0337-0.0709-0.03010.0816-0.09650.03180.07930.0936-0.01430.00640.0540.00520.098-22.553-23.0568-12.8035
56.9997-2.25932.03928.054.57824.3414-0.13790.4494-0.8702-0.44650.2632-0.28210.45840.1524-0.05980.21740.0604-0.01430.207-0.08770.3078-4.902-43.981814.6471
62.7275-0.3801-0.15572.8810.76783.0680.09150.1685-0.157-0.0729-0.02450.07930.0436-0.2144-0.05240.1488-0.03-0.0040.06690.05060.0974-14.5322-36.452122.5977
76.8029-0.6563-1.07923.7186-1.45073.8658-0.4332-0.03230.9215-0.01180.1798-0.2733-1.70820.19780.31770.5849-0.0595-0.02680.2563-0.02730.329-14.4111-17.044627.9102
81.9922-0.27960.20990.884-0.06422.92990.0205-0.2404-0.00610.07790.01170.0334-0.0842-0.1202-0.02570.1223-0.0104-0.0130.1081-0.00210.1389-13.7337-31.348930.4446
90.9084-0.18040.34170.86270.38672.9817-0.18620.10370.26790.06690.2358-0.2209-0.52090.6131-0.02050.2756-0.0623-0.04110.2196-0.0140.2588-1.888-27.854529.1005
104.92190.18611.43981.95280.38282.3905-0.05740.11390.45480.13-0.0227-0.3535-0.35760.58760.1010.2285-0.0849-0.03470.27830.03530.1928-2.5707-24.187514.2793
112.96573.61471.11497.89661.16751.20250.00710.8320.4086-0.06060.1219-0.4241-0.54580.869-0.22920.2721-0.13380.04290.44610.04760.3589-0.0108-22.48358.0517
122.1230.06750.72121.8141-0.47153.56170.0007-0.0301-0.00080.15350.0095-0.139-0.02820.1852-0.0010.11150.0043-0.00070.0968-0.01950.1155-7.5932-31.155322.1382
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 150 )A11 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 151 through 211 )A151 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 212 through 252 )A212 - 252
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 253 through 290 )A253 - 290
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 10 through 24 )B10 - 24
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 25 through 70 )B25 - 70
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 71 through 96 )B71 - 96
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 97 through 165 )B97 - 165
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 166 through 195 )B166 - 195
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 196 through 225 )B196 - 225
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 226 through 242 )B226 - 242
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 243 through 290 )B243 - 290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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