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- PDB-5t11: PelC L103M dodecamer from Paraburkholderia phytofirmans, space gr... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t11

タイトル

PelC L103M dodecamer from Paraburkholderia phytofirmans, space group C2

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / periplasmic / lipoprotein

機能・相同性

Penicillin-binding protein activator LpoB / Peptidoglycan-synthase activator LpoB / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Lipoprotein

機能・相同性情報

生物種

Paraburkholderia phytofirmans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.104 Å

データ登録者

Marmont, L.S. / Howell, P.L.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Oligomeric lipoprotein PelC guides Pel polysaccharide export across the outer membrane of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Marmont, L.S. / Rich, J.D. / Whitney, J.C. / Whitfield, G.B. / Almblad, H. / Robinson, H. / Parsek, M.R. / Harrison, J.J. / Howell, P.L.

履歴

登録	2016年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月29日	Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t11.cif.gz	616.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t11.ent.gz	533.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t11.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5t11_validation.pdf.gz	525 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5t11_full_validation.pdf.gz	537.2 KB	表示
XML形式データ	5t11_validation.xml.gz	61 KB	表示
CIF形式データ	5t11_validation.cif.gz	85.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/5t11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/5t11	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5t0zC 5t10C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5t10-2 5t10-1 1ny6-2 1lia-4 6umx-d 3v58-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

G: Uncharacterized protein

H: Uncharacterized protein

I: Uncharacterized protein

J: Uncharacterized protein

K: Uncharacterized protein

L: Uncharacterized protein

203 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.279, 167.197, 94.182
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.15, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

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要素

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 16917.375 Da / 分子数: 12 / 変異: L103M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paraburkholderia phytofirmans (バクテリア) 株: DSM 17436 / LMG 22146 / PsJN / 遺伝子: Bphyt_1493 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2T2U6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.45 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 5.7

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 122137 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 27
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.72 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

解像度: 2.104→49.316 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2341	1862	1.67 %
R_work	0.1933	-	-
obs	0.1939	111829	91.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.104→49.316 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11693	0	0	652	12345

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	11883
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.788	16242
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.656	6940
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1956
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2083

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1041-2.161	0.3041	114	0.2377	6823	X-RAY DIFFRACTION	74
2.161-2.2246	0.2873	122	0.2363	7565	X-RAY DIFFRACTION	82
2.2246-2.2964	0.2752	137	0.221	7759	X-RAY DIFFRACTION	84
2.2964-2.3785	0.2751	141	0.2115	8023	X-RAY DIFFRACTION	86
2.3785-2.4737	0.2587	143	0.1969	8188	X-RAY DIFFRACTION	89
2.4737-2.5863	0.2528	136	0.2015	8325	X-RAY DIFFRACTION	90
2.5863-2.7227	0.262	149	0.2032	8652	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7227-2.8932	0.2748	148	0.1952	8788	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8932-3.1166	0.2358	152	0.1955	8951	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1166-3.4301	0.2212	154	0.1941	9098	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4301-3.9263	0.2055	154	0.1795	9224	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9263-4.946	0.2052	155	0.1659	9232	X-RAY DIFFRACTION	100
4.946-49.3299	0.2336	157	0.2038	9339	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1781	-3.4083	-4.342	2.3439	2.786	3.6881	0.7844	1.3446	0.206	-2.3051	-1.3587	1.4581	-0.154	0.3038	0.5381	1.1645	0.1599	-0.0862	0.5077	-0.0413	0.683	67.9961	83.1211	9.8916
2	2.7995	1.7357	2.8705	4.2526	3.6889	4.0703	-0.4253	-0.1971	0.5601	0.7743	0.1544	-0.1676	-0.9414	-0.312	0.3469	0.7067	0.0585	-0.0621	0.3255	-0.1731	0.5014	71.6397	89.1077	26.2352
3	6.5628	-4.4954	-3.9686	4.294	2.9073	2.4383	-0.0433	-0.5075	-0.7335	0.6839	-0.5181	0.2817	0.1057	0.2111	0.6128	0.4692	-0.0242	-0.0247	0.324	-0.0059	0.2648	65.5785	67.7418	24.3772
4	9.4732	6.1176	2.7997	4.0755	2.0003	1.1159	0.1583	-0.4792	0.3233	0.3356	-0.2419	-0.0205	-0.0847	-0.0897	0.0921	0.5964	0.02	-0.0574	0.3439	-0.0728	0.314	76.2003	79.4595	25.9111
5	8.5851	-1.2991	-4.1334	6.2567	-2.6158	3.7965	-0.5204	-0.9629	1.1235	0.6292	-0.6781	-0.5506	-0.5454	-0.2255	0.0626	0.6954	-0.0767	-0.0539	0.4711	-0.2884	0.1676	75.7644	86.48	32.2719
6	3.9181	0.7914	1.2982	3.5119	0.5412	3.1562	-0.0659	-0.4165	0.2652	0.3832	-0.0109	0.1711	-0.2301	0.1397	-0.0376	0.4716	0.0106	-0.012	0.3298	-0.0412	0.1624	69.5753	77.0992	23.4968
7	6.1038	-2.1753	-2.056	3.9277	4.7746	5.6042	-0.2663	-0.0343	0.2568	-0.2387	-0.323	0.9781	-0.4446	-0.2412	0.5065	0.5542	0.0348	-0.0923	0.2518	-0.0601	0.358	67.0554	81.8202	20.8811
8	2.8258	1.9016	3.3532	8.0508	2.7165	4.0306	-0.3699	-0.1596	0.8221	0.0006	-0.3422	0.7201	-0.3979	-0.6128	0.5979	0.5219	0.0862	-0.0633	0.3704	-0.084	0.401	65.7183	87.296	20.8138
9	5.7553	0.4115	2.4748	5.9414	4.2084	5.8381	0.1357	0.5757	0.0577	-0.6614	0.1064	-0.2358	-0.2942	0.6447	-0.2836	0.5483	-0.0227	0.0076	0.3567	0.0208	0.2182	76.3749	78.5469	14.2297
10	8.9681	4.5477	-5.4152	9.0979	2.0946	6.7766	-0.6437	2.3329	1.1509	0.3373	-0.4664	1.7489	1.3669	0.9462	1.1736	0.9028	0.2695	-0.1398	0.6919	-0.0465	0.6111	47.1876	77.9194	2.8407
11	2.2165	0.4827	0.4463	7.9661	3.4146	1.4619	-0.1562	-0.2157	0.914	0.2181	-0.2177	0.4825	-0.8768	-0.5039	0.3605	0.6587	0.1441	-0.0501	0.3716	-0.1525	0.6424	48.0282	88.1703	17.991
12	6.1502	-5.07	3.0927	4.5784	-4.1047	7.4995	-0.5376	-0.2558	-0.4946	0.7741	0.1276	0.8645	0.0449	0.0426	0.5078	0.4169	0.0605	-0.034	0.3077	-0.0452	0.4457	52.8528	66.1806	19.6979
13	5.233	-1.3469	1.4285	7.7604	-2.7438	2.1529	-0.1518	-0.4691	0.6637	0.0907	-0.1074	-0.6041	-0.3518	0.0962	0.2221	0.6017	0.0805	-0.0405	0.3677	-0.1192	0.4172	56.6806	81.6157	18.7467
14	8.0797	-0.2331	-2.5979	5.1351	-1.3149	6.3607	-0.116	-0.8205	0.691	1.1522	-0.1359	0.0716	-1.0425	-0.0059	-0.0612	0.5492	0.1818	-0.0799	0.3506	-0.1525	0.4791	51.9336	86.2076	24.9935
15	5.0624	-1.4843	1.8278	8.5726	-4.4746	2.6504	-0.3948	-1.4478	0.5577	0.9103	0.664	0.8527	-0.8731	-1.4818	-0.1002	0.7325	0.2744	0.0293	0.8463	-0.2266	0.6459	45.4162	87.9618	29.6705
16	3.771	-0.9645	-0.4472	3.4907	0.1507	1.9993	-0.0145	0.0914	0.1647	0.366	-0.0477	0.3262	-0.2005	0.0145	0.0646	0.4587	0.0667	-0.0717	0.2559	-0.0478	0.2669	51.0157	74.1673	15.4106
17	9.3045	-6.878	-2.998	7.8918	2.3321	3.2345	-0.0082	0.1709	0.095	-0.2699	0.0093	0.173	-0.2508	-0.0791	0.0019	0.4979	0.0573	-0.1138	0.3176	-0.0775	0.3281	52.8289	71.609	10.8428
18	8.1168	-5.4698	-3.1871	4.5107	4.5896	7.9964	0.2727	0.4417	0.299	-0.406	-0.6677	0.1338	-0.7344	-0.8214	0.376	0.6073	0.0233	-0.0457	0.2661	-0.0298	0.4329	43.9124	82.5011	13.122
19	5.3007	-2.0897	0.1705	7.3772	1.9436	4.1112	0.0671	0.5507	0.4263	-0.622	-0.0935	-0.0755	-0.2752	0.2331	-0.0312	0.4809	0.0319	-0.0259	0.3323	0.013	0.2582	57.7218	78.6258	7.4743
20	8.1694	-0.0134	4.4508	1.6366	-0.7839	3.4122	-0.137	0.0774	0.3362	0.5927	-0.0944	-0.5775	-0.4553	0.4538	0.2561	0.8098	-0.1267	-0.2908	0.544	-0.043	0.5076	104.2293	58.1074	35.5076
21	6.4056	4.5064	4.4873	5.2457	4.9032	4.5912	-0.5633	-0.7375	0.1207	0.6218	0.1707	0.3631	-0.2015	-0.1474	0.3837	0.5236	-0.0251	-0.0055	0.3451	-0.004	0.2065	85.1682	51.2626	31.5854
22	5.9789	1.369	3.0569	3.5907	-0.711	4.3122	0.3234	-0.459	-0.6458	0.7672	-0.1248	-0.6364	0.0747	-0.0326	-0.1854	0.6233	-0.0161	-0.2423	0.3859	0.03	0.4336	100.4208	48.0821	34.7881
23	4.4383	-1.5664	-4.396	6.9686	0.6825	6.9739	-0.5395	-0.2682	0.7895	1.2911	0.5591	-1.0572	0.5973	0.442	-0.0069	0.8605	0.0106	-0.3798	0.5582	0.0497	0.5699	104.1309	49.3715	42.8428
24	8.7012	-3.2813	-0.8078	7.8107	-6.0307	8.756	0.4619	-1.3982	-0.0378	1.2707	0.748	0.4275	0.5433	-0.3264	-0.8317	1.2953	-0.1509	-0.4472	1.0382	0.1589	0.6023	104.4795	54.9679	50.6351
25	4.9132	1.0464	4.0126	1.6117	1.9024	6.246	-0.1605	-0.5227	0.2171	0.5479	0.0152	-0.3696	-0.3601	-0.167	0.1956	0.6609	-0.0103	-0.1807	0.3227	-0.0117	0.3005	93.8677	54.5875	31.0864
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精密化 TLSグループ

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23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 50 through 81 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 82 through 89 )
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29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resid 141 through 158 )
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32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 35 through 89 )
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34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 102 through 119 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 120 through 134 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 135 through 159 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 4 through 9 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 10 through 28 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 29 through 49 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 50 through 79 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 80 through 89 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 90 through 108 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 109 through 119 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'E' and (resid 120 through 140 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'E' and (resid 141 through 159 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 4 through 9 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 10 through 20 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 21 through 28 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 29 through 34 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 35 through 49 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resid 50 through 81 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'F' and (resid 82 through 89 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'F' and (resid 90 through 101 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'F' and (resid 102 through 108 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'F' and (resid 109 through 119 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'F' and (resid 120 through 140 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'F' and (resid 141 through 158 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'G' and (resid 4 through 9 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'G' and (resid 10 through 28 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'G' and (resid 29 through 34 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'G' and (resid 35 through 49 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'G' and (resid 50 through 80 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'G' and (resid 81 through 89 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'G' and (resid 90 through 108 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'G' and (resid 109 through 140 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'G' and (resid 141 through 159 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'H' and (resid 5 through 28 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'H' and (resid 29 through 49 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'H' and (resid 50 through 80 )
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'H' and (resid 81 through 89 )
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'H' and (resid 90 through 108 )
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'H' and (resid 109 through 159 )
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'I' and (resid 5 through 28 )
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'I' and (resid 29 through 34 )
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'I' and (resid 35 through 79 )
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'I' and (resid 80 through 89 )
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'I' and (resid 90 through 119 )
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'I' and (resid 120 through 158 )
79	X-RAY DIFFRACTION	79	chain 'J' and (resid 4 through 9 )
80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'J' and (resid 10 through 20 )
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'J' and (resid 21 through 34 )
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'J' and (resid 35 through 49 )
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'J' and (resid 50 through 79 )
84	X-RAY DIFFRACTION	84	chain 'J' and (resid 80 through 89 )
85	X-RAY DIFFRACTION	85	chain 'J' and (resid 90 through 101 )
86	X-RAY DIFFRACTION	86	chain 'J' and (resid 102 through 119 )
87	X-RAY DIFFRACTION	87	chain 'J' and (resid 120 through 134 )
88	X-RAY DIFFRACTION	88	chain 'J' and (resid 135 through 159 )
89	X-RAY DIFFRACTION	89	chain 'K' and (resid 4 through 28 )
90	X-RAY DIFFRACTION	90	chain 'K' and (resid 29 through 34 )
91	X-RAY DIFFRACTION	91	chain 'K' and (resid 35 through 49 )
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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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