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- PDB-5t0n: Pseudo-apo structure of Sestrin2 at 3.0 angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t0n
タイトルPseudo-apo structure of Sestrin2 at 3.0 angstrom resolution
要素Sestrin-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / mTOR / signaling / leucine / sestrin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of response to reactive oxygen species / negative regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / sulfiredoxin activity / L-leucine binding / Atg1/ULK1 kinase complex / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / TORC2 complex / cellular response to leucine starvation / regulation of TORC1 signaling / PH domain binding ...regulation of response to reactive oxygen species / negative regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / sulfiredoxin activity / L-leucine binding / Atg1/ULK1 kinase complex / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / TORC2 complex / cellular response to leucine starvation / regulation of TORC1 signaling / PH domain binding / mitochondrial DNA metabolic process / nucleotide-activated protein kinase complex / cellular response to L-leucine / Amino acids regulate mTORC1 / triglyceride homeostasis / GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of lipophagy / cellular oxidant detoxification / regulation of gluconeogenesis / fatty acid beta-oxidation / D-glucose import / positive regulation of macroautophagy / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to glucose / cellular response to glucose starvation / negative regulation of TORC1 signaling / protein sequestering activity / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / reactive oxygen species metabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to amino acid stimulus / peroxidase activity / response to insulin / regulation of protein phosphorylation / negative regulation of cell growth / positive regulation of protein localization to nucleus / KEAP1-NFE2L2 pathway / glucose homeostasis / cellular response to oxidative stress / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / lysosomal membrane / protein-containing complex binding / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sestrin / PA26 p53-induced protein (sestrin) / AhpD-like
類似検索 - ドメイン・相同性
LEUCINE / Sestrin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.004 Å
データ登録者Saxton, R.A. / Knockenhauer, K.E. / Schwartz, T.U.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA10386 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI47389 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-07- 0448 米国
引用
ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2016
タイトル: The apo-structure of the leucine sensor Sestrin2 is still elusive.
著者: Saxton, R.A. / Knockenhauer, K.E. / Schwartz, T.U. / Sabatini, D.M.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Structural basis for leucine sensing by the Sestrin2-mTORC1 pathway.
著者: Saxton, R.A. / Knockenhauer, K.E. / Wolfson, R.L. / Chantranupong, L. / Pacold, M.E. / Wang, T. / Schwartz, T.U. / Sabatini, D.M.
履歴
登録2016年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Structure summary
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sestrin-2
B: Sestrin-2
C: Sestrin-2
D: Sestrin-2
E: Sestrin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,45910
ポリマ－272,8035
非ポリマー6565
水00
1
A: Sestrin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6922
ポリマ－54,5611
非ポリマー1311
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sestrin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6922
ポリマ－54,5611
非ポリマー1311
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Sestrin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6922
ポリマ－54,5611
非ポリマー1311
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Sestrin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6922
ポリマ－54,5611
非ポリマー1311
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Sestrin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6922
ポリマ－54,5611
非ポリマー1311
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)292.263, 292.263, 292.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

-
要素

#1: タンパク質
Sestrin-2 / Hypoxia-induced gene


分子量: 54560.566 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SESN2, Hi95, SEST2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): LoBSTr / 参照: UniProt: P58004
#2: 化合物
ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.75 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 1.2 M sodium malonate, 1% (w/v) Jeffamine ED 2001

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→999 Å / Num. obs: 82209 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 40.7 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 41.9 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4045

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DJ4

5dj4


解像度: 3.004→103.331 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 1637 1.99 %
Rwork0.1888 --
obs0.1895 82205 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.004→103.331 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14603 0 45 0 14648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115026
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03720363
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4618847
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062566
LS精密化 シェル解像度: 3.004→3.092 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3207 136
Rwork0.2729 -
obs-6665

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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