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- PDB-5syq: Solution structure of Aquifex aeolicus Aq1974 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5syq
タイトルSolution structure of Aquifex aeolicus Aq1974
要素Uncharacterized protein aq_1974
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / Aromatic Claw protein of unknown function highly aromatic protein / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-biology
機能・相同性Uncharacterised protein aq_1974-like / Uncharacterized protein aq_1974
機能・相同性情報
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法溶液NMR / na
データ登録者Sachleben, J.R. / Gawlak, G. / Hoey, R.J. / Liu, G. / Joachimiak, A. / Montelione, G.T. / Koide, S. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Aromatic claw: A new fold with high aromatic content that evades structural prediction.
著者: Sachleben, J.R. / Adhikari, A.N. / Gawlak, G. / Hoey, R.J. / Liu, G. / Joachimiak, A. / Montelione, G.T. / Sosnick, T.R. / Koide, S.
履歴
登録2016年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年9月28日ID: 2N0P
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22017年2月8日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / Item: _entity.pdbx_number_of_molecules
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein aq_1974


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4161
ポリマ－10,4161
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 18all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy
詳細Monomer according to gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein aq_1974


分子量: 10415.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: aq_1974 / プラスミド: PHFT1-Aq1974 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O67784

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D HN(CA)CO
171isotropic13D C(CO)NH
181isotropic13D HBHA(CO)NH
191isotropic13D H(CCO)NH
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1151isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1161isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
1111isotropic13D 1H-15N TOCSY
1121isotropic13D 1H-15N NOESY
1131isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1141isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 332 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Aq_1974, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O
Label: Sample 1 / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
332 uMAq_1974[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphatenone1
150 mMsodium chloridenone1
試料状態イオン強度: 180 mM / Label: conditions 1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Bax精密化
精密化手法: na / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 18 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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