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- PDB-5sya: Atomic resolution structure of D24N mutant human DJ-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sya
タイトルAtomic resolution structure of D24N mutant human DJ-1
要素Protein deglycase DJ-1
キーワードPROTEIN BINDING / DJ-1/PfpI superfamily oxidative stress nucleophile elbow
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / : / : / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization ...positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / : / : / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization / negative regulation of death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / : / glyoxalase (glycolic acid-forming) activity / negative regulation of protein K48-linked deubiquitination / detection of oxidative stress / negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / glycolate biosynthetic process / glyoxal metabolic process / guanine deglycation / detoxification of mercury ion / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / protein deglycase / hydrogen peroxide metabolic process / mercury ion binding / methylglyoxal metabolic process / protein deglycase activity / positive regulation of autophagy of mitochondrion / superoxide dismutase copper chaperone activity / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / positive regulation of dopamine biosynthetic process / positive regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / lactate biosynthetic process / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / protein repair / peptidase inhibitor activity / peroxiredoxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / cellular detoxification of aldehyde / small protein activating enzyme binding / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / detoxification of copper ion / negative regulation of protein sumoylation / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein export from nucleus / cupric ion binding / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of androgen receptor signaling pathway / membrane hyperpolarization / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / oxygen sensor activity / insulin secretion / androgen receptor signaling pathway / nuclear androgen receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / ubiquitin-specific protease binding / cytokine binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / dopamine uptake involved in synaptic transmission / cuprous ion binding / signaling receptor activator activity / membrane depolarization / regulation of synaptic vesicle endocytosis / single fertilization / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / removal of superoxide radicals / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of protein ubiquitination / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of interleukin-8 production / adult locomotory behavior / adherens junction / mitochondrion organization / centriole / positive regulation of protein-containing complex assembly / Late endosomal microautophagy / PML body / mitochondrial intermembrane space / positive regulation of protein localization to nucleus / autophagy / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / enzyme activator activity / kinase binding / cellular response to hydrogen peroxide / Chaperone Mediated Autophagy / Aggrephagy / synaptic vesicle / peptidase activity / glucose homeostasis / cell body / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / response to oxidative stress / scaffold protein binding
類似検索 - 分子機能
Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / : / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Parkinson disease protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Wilson, M.A. / Lin, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM092999 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Short Carboxylic Acid-Carboxylate Hydrogen Bonds Can Have Fully Localized Protons.
著者: Lin, J. / Pozharski, E. / Wilson, M.A.
履歴
登録2016年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22017年2月1日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein deglycase DJ-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3543
ポリマ－20,2301
非ポリマー1242
水4,143230
1
A: Protein deglycase DJ-1
ヘテロ分子

A: Protein deglycase DJ-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7096
ポリマ－40,4612
非ポリマー2484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_677x-y+1,-y+2,-z+8/31
Buried area3190 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.969, 74.969, 75.336
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称))

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要素

#1: タンパク質 Protein deglycase DJ-1 / DJ-1 / Oncogene DJ1 / Parkinson disease protein 7


分子量: 20230.342 Da / 分子数: 1 / 変異: D24N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 23-27% polyethylene glycol (PEG) 4000, 0.2 M Sodium Citrate, and 0.1 M Tris HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.88 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月24日 / 詳細: Rh coated collimating mirror, K-B focusing mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.88 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→38 Å / Num. obs: 98874 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.919 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.738 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1p5f

1p5f


解像度: 1.1→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 0.675 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.02 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12765 4940 5 %RANDOM
Rwork0.11317 ---
obs0.11387 93885 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.762 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20.07 Å20 Å2
2--0.13 Å2-0 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.1→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1372 0 8 230 1610
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0191651
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6992.012260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02933978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9925240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.08725.71463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.37215321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.112159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02321
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7251.303849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.681.3848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0751.9631079
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0831.9661080
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5841.674802
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5761.674802
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1272.351162
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.34418.8061960
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.56516.5291819
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.94233355
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free44.178552
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.38453490
LS精密化 シェル解像度: 1.101→1.13 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 335 -
Rwork0.242 6781 -
obs--98.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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