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- PDB-5sy4: Atomic resolution structure of reduced E. coli YajL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sy4
タイトルAtomic resolution structure of reduced E. coli YajL
要素Chaperone YajL
キーワードCHAPERONE / DJ-1/PfpI superfamily nucleophile elbow
機能・相同性
機能・相同性情報


protein repair / protein deglycase / protein deglycase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / ribosome biogenesis / cellular response to oxidative stress / response to heat / protein refolding / DNA repair ...protein repair / protein deglycase / protein deglycase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / ribosome biogenesis / cellular response to oxidative stress / response to heat / protein refolding / DNA repair / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / : / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein/nucleic acid deglycase 3 / DJ-1 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.98 Å
データ登録者Wilson, M.A. / Lin, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM092999 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Short Carboxylic Acid-Carboxylate Hydrogen Bonds Can Have Fully Localized Protons.
著者: Lin, J. / Pozharski, E. / Wilson, M.A.
履歴
登録2016年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22017年2月1日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone YajL
B: Chaperone YajL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2094
ポリマ－42,1612
非ポリマー492
水7,674426
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.875, 78.313, 99.434
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 196 / Label seq-ID: 5 - 199

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Chaperone YajL / DJ-1 family protein / Oxidative-stress-resistance chaperone


分子量: 21080.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: thiJ, ACU57_11870, AM266_04520, ERS085365_02411, ERS085416_01937, ERS139211_01908, ERS150873_01827, PU15_11320, PU38_04800, SK85_00449
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W8T6D9, UniProt: Q46948*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: polyethylene glycol 4000, Tris HCl, magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.73 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月24日 / 詳細: Rh coated collimating mirrors, K-B focusing mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.73 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.98→38 Å / Num. obs: 191363 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 0.98→1 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 2.393 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.479 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AB0

2ab0


解像度: 0.98→61.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.984 / SU B: 0.663 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.018 / ESU R Free: 0.018 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1266 3842 2 %RANDOM
Rwork0.11403 ---
obs0.11427 187313 97.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.354 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.98→61.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2902 0 2 426 3330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0193635
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9371.985001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.18338232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2545504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.29824.593135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.83415616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3521519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1640.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02760
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0590.9531911
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0490.9531910
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4481.4352447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4491.4362448
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7971.2391724
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7451.2361721
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1191.7662554
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.17113.1144106
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.48712.4454005
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.44937188
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free38.4775274
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.70657249
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 14130 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 0.98→1.005 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 287 -
Rwork0.294 13412 -
obs--95.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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