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万見
- PDB-5sxf: Crystal Structure of PI3Kalpha in complex with fragment 9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sxf
タイトルCrystal Structure of PI3Kalpha in complex with fragment 9
要素
  • Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
  • Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / lipid kinase / phosphoinositide / 3-kinase / signaling / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


perinuclear endoplasmic reticulum membrane / response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / response to L-leucine / phosphatidylinositol kinase activity / regulation of actin filament organization / response to butyrate / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / IRS-mediated signalling ...perinuclear endoplasmic reticulum membrane / response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / response to L-leucine / phosphatidylinositol kinase activity / regulation of actin filament organization / response to butyrate / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / IRS-mediated signalling / cellular response to hydrostatic pressure / autosome genomic imprinting / positive regulation of focal adhesion disassembly / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / interleukin-18-mediated signaling pathway / PI3K events in ERBB4 signaling / myeloid leukocyte migration / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / neurotrophin TRKA receptor binding / Activated NTRK2 signals through PI3K / positive regulation of protein localization to membrane / Activated NTRK3 signals through PI3K / cis-Golgi network / ErbB-3 class receptor binding / negative regulation of fibroblast apoptotic process / kinase activator activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / vasculature development / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / RHOF GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / regulation of cellular respiration / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / cardiac muscle cell contraction / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / enzyme-substrate adaptor activity / anoikis / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Nephrin family interactions / Signaling by LTK in cancer / RND1 GTPase cycle / relaxation of cardiac muscle / Costimulation by the CD28 family / Signaling by LTK / positive regulation of leukocyte migration / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / MET activates PI3K/AKT signaling / RND2 GTPase cycle / PI3K/AKT activation / positive regulation of filopodium assembly / RND3 GTPase cycle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of stress fiber assembly / growth hormone receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase / natural killer cell mediated cytotoxicity / insulin binding / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / RHOV GTPase cycle / negative regulation of macroautophagy / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Signaling by ALK / negative regulation of cell-matrix adhesion / RHOB GTPase cycle / GP1b-IX-V activation signalling / PI-3K cascade:FGFR3 / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / PI-3K cascade:FGFR2 / protein kinase activator activity / response to dexamethasone / PI-3K cascade:FGFR4 / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / PI-3K cascade:FGFR1 / negative regulation of osteoclast differentiation / intracellular glucose homeostasis / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / PI3K events in ERBB2 signaling / negative regulation of anoikis / intercalated disc / RET signaling / T cell differentiation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / insulin receptor substrate binding / RHOG GTPase cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of multicellular organism growth / PI3K Cascade / RHOA GTPase cycle / endothelial cell migration / positive regulation of TOR signaling
類似検索 - 分子機能
PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Rho GTPase-activating protein domain ...PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Rho GTPase activation protein / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROXYPHENYL PROPIONIC ACID / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Gabelli, S.B. / Vogelstein, B. / Miller, M.S. / Amzel, L.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA062924 and CA043460 米国
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Identification of allosteric binding sites for PI3K alpha oncogenic mutant specific inhibitor design.
著者: Miller, M.S. / Maheshwari, S. / McRobb, F.M. / Kinzler, K.W. / Amzel, L.M. / Vogelstein, B. / Gabelli, S.B.
履歴
登録2016年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,7363
ポリマ－161,5702
非ポリマー1661
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6430 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area56290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.346, 115.920, 147.185
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform / PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit alpha / p110alpha / Phosphoinositide-3-kinase catalytic alpha polypeptide / Serine/threonine protein kinase PIK3CA


分子量: 127902.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CA / プラスミド: pFastbac HT-A / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P42336, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit ...PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit p85-alpha


分子量: 33666.961 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 322-600 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R1, GRB1 / プラスミド: pFastbac HT-A / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P27986
#3: 化合物 ChemComp-HPP / HYDROXYPHENYL PROPIONIC ACID / 3-(4-ヒドロキシフェニル)プロピオン酸


分子量: 166.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.55 % / Mosaicity: 0.692 ° / Mosaicity esd: 0.008 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: NaFormate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→91.07 Å / Num. obs: 25565 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/av σ(I): 21.1 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.45-3.517.40.9380.8181100
3.51-3.577.50.8150.8551100
3.57-3.647.50.6040.8941100
3.64-3.727.40.4910.9291100
3.72-3.87.50.4180.9441100
3.8-3.897.40.3410.9611100
3.89-3.987.40.280.9781100
3.98-4.097.40.2450.9861100
4.09-4.217.40.1980.9851100
4.21-4.357.40.1760.9891100
4.35-4.57.40.1380.9911100
4.5-4.687.30.1250.9941100
4.68-4.897.30.1210.9931100
4.89-5.157.30.1150.9931100
5.15-5.477.30.1130.9941100
5.47-5.97.20.120.992199.9
5.9-6.497.10.1040.9941100
6.49-7.4370.0750.9961100
7.43-9.3570.0460.9991100
9.35-506.60.0420.999199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4OVU

4ovu


解像度: 3.46→91.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 29.325 / SU ML: 0.442 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.605
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2668 1314 5.2 %RANDOM
Rwork0.1946 ---
obs0.1983 24200 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 308.9 Å2 / Biso mean: 127.991 Å2 / Biso min: 59.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.56 Å20 Å20 Å2
2--1.13 Å20 Å2
3----5.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.46→91.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9970 0 12 0 9982
Biso mean--178.68 --
残基数----1207
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01910189
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4831.96413727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.971322593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.25751192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.66324.219512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.063151927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0951572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02111289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.1612.4414813
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.14712.444812
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.71818.6235990
LS精密化 シェル解像度: 3.457→3.546 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 102 -
Rwork0.29 1489 -
all-1591 -
obs--85.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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