PDB-5sv2: Toxin VapC21 from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sv2

タイトル

Toxin VapC21 from Mycobacterium tuberculosis

要素

Ribonuclease VapC21

キーワード

HYDROLASE / toxin-antitoxin / VapC / VapBC / RNAse / VapC21

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of growth / RNA nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

Model details

VapC21, the toxin part of a Mycobacterium tuberculosis' toxin-antitoxin system

データ登録者

Valadares, N.F.

資金援助

ブラジル, 2件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of VapC21 from Mycobacterium tuberculosis at 1.31 angstrom resolution.
著者: Jardim, P. / Santos, I.C. / Barbosa, J.A.R.G. / de Freitas, S.M. / Valadares, N.F.

履歴

登録	2016年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月28日	Group: Database references
改定 1.2	2017年6月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _citation_author.name ..._citation.journal_id_CSD / _citation_author.name / _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sv2.cif.gz	104.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sv2.ent.gz	80.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sv2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5sv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5sv2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h87S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4wfs-d 3od9-1 5wim-d 3qzs-d 5ut0-d 7jtm-d 3r9h-d 5zim-d 3we4-d 5nti-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease VapC21

16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease VapC21

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.339, 44.351, 56.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.720, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-312- HOH
2	1	A-338- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease VapC21 / RNase VapC21 / Toxin VapC21 分子量: 16825.158 Da / 分子数: 1 / 変異: D8A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: vapC21, Rv2757c / プラスミド: pET24a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P9WF91, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Ribonuclease VapC21 / RNase VapC21 / Toxin VapC21

分子量: 16825.158 Da / 分子数: 1 / 変異: D8A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: vapC21, Rv2757c / プラスミド: pET24a(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P9WF91, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 8% v/v ethylene glycol, 10% w/v polyethylene glycol 8,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.2398 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.2398 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.31→35.678 Å / Num. obs: 67560 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 14.95 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 22.4

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.31-1.39	0.384	2.5	0.824	1	84
1.39-1.48	0.195	5.67	0.955	1	95.3
1.48-1.6	0.107	11.41	0.986	1	98.3
1.6-1.76	0.071	18.83	0.996	1	99.2
1.76-1.96	0.046	27.67	0.998	1	99.7
1.96-2.27	0.036	36.86	0.998	1	99.6
2.27-2.77	0.033	44.99	0.998	1	99.2
2.77-3.91	0.031	49.81	0.999	1	99.7
3.91-35.678	0.029	53.3	0.999	1	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3H87

3h87

解像度: 1.31→30.03 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.97 / 位相誤差: 16.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1597	3388	5.02 %
R_work	0.1419	-	-
obs	0.1428	67555	96.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.91 Å² / B_iso mean: 25.8742 Å² / B_iso min: 8.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.31→30.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1080	0	0	151	1231
B_iso mean	-	-	-	37.98	-
残基数	-	-	-	-	135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1186
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.961	1623
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	177
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	214
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.702	456

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3095-1.3282	0.4598	102	0.4014	1957	2059	71
1.3282-1.3481	0.3219	130	0.3386	2451	2581	86
1.3481-1.3691	0.3156	125	0.2883	2347	2472	88
1.3691-1.3916	0.2569	137	0.2498	2601	2738	91
1.3916-1.4156	0.2547	138	0.22	2579	2717	94
1.4156-1.4413	0.2241	141	0.1935	2686	2827	97
1.4413-1.469	0.2106	142	0.1754	2701	2843	97
1.469-1.499	0.1783	142	0.1613	2665	2807	95
1.499-1.5316	0.1566	144	0.1474	2731	2875	98
1.5316-1.5672	0.1724	146	0.1502	2762	2908	98
1.5672-1.6064	0.1858	143	0.1454	2692	2835	99
1.6064-1.6499	0.1595	145	0.1415	2804	2949	99
1.6499-1.6984	0.1622	143	0.1338	2749	2892	99
1.6984-1.7532	0.1763	147	0.1367	2740	2887	99
1.7532-1.8159	0.1726	146	0.1344	2776	2922	100
1.8159-1.8886	0.1487	147	0.1286	2802	2949	100
1.8886-1.9745	0.1562	143	0.1296	2736	2879	100
1.9745-2.0786	0.1361	146	0.1259	2758	2904	100
2.0786-2.2088	0.14	147	0.1265	2820	2967	100
2.2088-2.3792	0.1622	145	0.123	2733	2878	99
2.3792-2.6186	0.1308	147	0.1166	2782	2929	99
2.6186-2.9972	0.1644	143	0.1259	2740	2883	99
2.9972-3.7749	0.1396	149	0.1306	2791	2940	100
3.7749-30.038	0.1448	150	0.1506	2764	2914	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.339	0.1312	-1.7893	3.0897	-0.5251	3.7975	0.0872	-0.3436	-0.0352	-0.003	-0.1122	0.1563	0.4947	-0.3352	0.1437	0.2263	-0.0205	-0.0119	0.2498	0.0003	0.1301	-3.4199	-13.5273	-8.4268
2	2.4359	0.0762	-0.5015	0.7764	0.1103	0.5313	-0.0482	-0.0797	0.0387	0.044	0.0288	0.1064	0.0406	-0.0364	0.0385	0.081	0.002	0.0028	0.0803	0.0094	0.1028	-2.1854	-7.691	-20.9187
3	6.0751	-1.2929	-1.01	3.9968	0.3443	3.987	-0.3089	-0.3368	-0.3531	0.3253	0.1879	-0.0207	0.1401	0.095	0.0498	0.1417	0.0428	0.0241	0.11	0.0375	0.1859	18.9333	-18.6517	-22.5782
4	2.4401	0.5681	-0.6287	1.2018	-0.0741	1.668	-0.1287	-0.5467	-0.1559	0.2533	0.0637	-0.0862	0.3502	0.4058	0.0482	0.1857	0.0774	0.0048	0.2322	0.0177	0.1429	9.6396	-11.6988	-13.1046

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 29 )	A	2 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 83 )	A	30 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 94 )	A	84 - 94
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 95 through 136 )	A	95 - 136

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