+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5sv2 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Toxin VapC21 from Mycobacterium tuberculosis | |||||||||
![]() | Ribonuclease VapC21 | |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of growth / RNA nuclease activity / ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Model details | VapC21, the toxin part of a Mycobacterium tuberculosis' toxin-antitoxin system | |||||||||
![]() | Valadares, N.F. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of VapC21 from Mycobacterium tuberculosis at 1.31 angstrom resolution. 著者: Jardim, P. / Santos, I.C. / Barbosa, J.A.R.G. / de Freitas, S.M. / Valadares, N.F. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 80.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3h87S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16825.158 Da / 分子数: 1 / 変異: D8A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: vapC21, Rv2757c / プラスミド: pET24a(+) / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P9WF91, ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 % |
---|---|
結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 8% v/v ethylene glycol, 10% w/v polyethylene glycol 8,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月22日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.31→35.678 Å / Num. obs: 67560 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 14.95 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 22.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
---|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 3H87 解像度: 1.31→30.03 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.97 / 位相誤差: 16.3
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.91 Å2 / Biso mean: 25.8742 Å2 / Biso min: 8.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.31→30.03 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|