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- PDB-5suw: Crystal Structure of ToxT from Vibrio Cholerae O395 bound to 3-(8... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5suw
タイトルCrystal Structure of ToxT from Vibrio Cholerae O395 bound to 3-(8-Methyl-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl)propanoic acid
要素TCP pilus virulence regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / transcriptional activator / protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ToxT, HTH1 motif / Jelly Rolls - #810 / ToxT, HTH1 motif superfamily / Bacterial regulatory helix-turn-helix proteins, AraC family / Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / DNA binding HTH domain, AraC-type / Helix-turn-helix domain / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. ...ToxT, HTH1 motif / Jelly Rolls - #810 / ToxT, HTH1 motif superfamily / Bacterial regulatory helix-turn-helix proteins, AraC family / Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / DNA binding HTH domain, AraC-type / Helix-turn-helix domain / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-70G / TCP pilus virulence regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kull, F.J. / Kelley, A.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI072661 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of ToxT from Vibrio Cholerae O395 bound to 3-(8-Methyl-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl)propanoic acid
著者: Kull, F.J. / Kelley, A.R.
履歴
登録2016年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TCP pilus virulence regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7014
ポリマ－32,0921
非ポリマー6093
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.310, 81.110, 83.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TCP pilus virulence regulatory protein


分子量: 32092.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌)
株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: tcpN, toxT, VC0395_A0363, VC395_0854 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5F384
#2: 化合物 ChemComp-70G / 3-[(1R)-8-methyl-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl]propanoic acid


分子量: 218.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18O2
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50% protein buffer: 20 mM Tris, 1 mM EDTA, 320 mM NaCl, pH 7.5 50% reservoir solution: 0.1 M MES pH 6.5 and 15% (w/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月2日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→41.93 Å / Num. obs: 12783 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 11.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GBG

3gbg


解像度: 2.3→41.925 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2301 1181 5 %
Rwork0.1685 --
obs0.1717 23614 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.925 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2204 0 40 67 2311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072286
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8543073
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5361371
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004374
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2999-2.40460.28451390.2412838X-RAY DIFFRACTION100
2.4046-2.53130.28821550.22812818X-RAY DIFFRACTION100
2.5313-2.68990.31311400.21442792X-RAY DIFFRACTION100
2.6899-2.89760.28461520.20162802X-RAY DIFFRACTION100
2.8976-3.18910.23121410.18752769X-RAY DIFFRACTION100
3.1891-3.65030.20761500.16352834X-RAY DIFFRACTION100
3.6503-4.59810.24691560.13152777X-RAY DIFFRACTION100
4.5981-41.93190.16981480.14552803X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.9046 Å / Origin y: -14.2444 Å / Origin z: -21.037 Å
111213212223313233
T0.2308 Å2-0.0104 Å20.0016 Å2-0.2618 Å2-0.0017 Å2--0.2978 Å2
L0.8405 °20.0789 °2-0.0063 °2-1.2317 °2-0.1654 °2--3.0111 °2
S0.0121 Å °0.0578 Å °-0.0556 Å °-0.1245 Å °-0.0299 Å °0.0927 Å °0.084 Å °-0.0805 Å °0.0234 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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