- PDB-5sfd: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 5... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5sfd
タイトル
Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 5,8-dimethyl-2-[2-(2-methyl-5-piperidin-1-yl-1,2,4-triazol-3-yl)ethyl]-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrazine
要素
cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.05→43.7 Å / Num. obs: 100361 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.169 % / Biso Wilson estimate: 43.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.25
反射 シェル
解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 5.15 % / Rmerge(I) obs: 1.374 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99.6
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
REFMAC
5.8.0258
精密化
XSCALE
データスケーリング
PDB_EXTRACT
3.27
データ抽出
XDS
データ削減
XSCALE
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: INHOUSE MODEL 解像度: 2.05→43.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 4.968 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: ORIENTATION OF PSEUDO-SYMMETRIC PIPERIDYLPYRAZOLE DICTATED BY WATER MOLECULE THAT HYDROGEN BONDS TO PYRIDINE N-ATOM
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.231
4722
5 %
RANDOM
Rwork
0.182
-
-
-
obs
0.184
90254
94.5 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK