PDB-5sf7: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sf7

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 1-(2-chlorophenyl)-8-methoxy-3,4-dimethylimidazo[1,5-a]quinazolin-5-one

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor /

PHOSPHODIESTERASE (ホスホジエステラーゼ) /

PDE10 /

HYDROLASE (加水分解酵素) /

SCHIZOPHRENIA (統合失調症) / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity /

3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process /

cGMP binding /

3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity /

3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity /

3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Joseph, C. / Flohr, A. / Benz, J. / Schlatter, D. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2022
タイトル: A high quality, industrial data set for binding affinity prediction: performance comparison in different early drug discovery scenarios.
著者: Tosstorff, A. / Rudolph, M.G. / Cole, J.C. / Reutlinger, M. / Kramer, C. / Schaffhauser, H. / Nilly, A. / Flohr, A. / Kuhn, B.

履歴

登録	2022年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sf7.cif.gz	276.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sf7.ent.gz	222.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sf7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/5sf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/5sf7	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002226 (77エントリ) 5sdu 5sdv 5sdw 5sdx 5sdy 5sdz 5se0 5se1 5se2 5se3
タイトル	Exploiting Structural Data for Improved On-Target Prediction in Lead Optimization
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures for drug development

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.284, 135.284, 235.352
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-IJN / (10S)-1-(2-chlorophenyl)-8-methoxy-3,4-dimethylimidazo[1,5-a]quinazolin-5(4H)-one 分子量: 353.802 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₆ClN₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.08→43.52 Å / Num. obs: 96412 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.198 % / B_iso Wilson estimate: 42.599 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.102 / R_rim(I) all: 0.114 / Χ²: 0.871 / Net I/σ(I): 11.35 / Num. measured all: 501140 / Scaling rejects: 118

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.08-2.13	4.993	1.427	1.17	35698	7154	7149	0.445	1.597	99.9
2.13-2.19	5.357	0.912	1.84	37185	6943	6942	0.63	1.011	100
2.19-2.26	5.23	0.86	2.19	35461	6801	6780	0.685	0.958	99.7
2.26-2.33	5.301	0.689	2.65	34615	6547	6530	0.756	0.766	99.7
2.33-2.4	5.287	0.473	3.54	33939	6421	6419	0.867	0.526	100
2.4-2.49	5.166	0.393	4.14	31388	6077	6076	0.904	0.438	100
2.49-2.58	4.979	0.304	5.23	29817	5990	5989	0.931	0.34	100
2.58-2.69	5.29	0.241	6.84	30071	5687	5684	0.956	0.268	99.9
2.69-2.8	5.431	0.197	8.28	29878	5501	5501	0.971	0.218	100
2.8-2.94	5.398	0.152	10.18	28296	5242	5242	0.984	0.168	100
2.94-3.1	5.328	0.121	12.72	26507	4975	4975	0.989	0.134	100
3.1-3.29	4.988	0.094	15.88	23667	4747	4745	0.992	0.106	100
3.29-3.52	5.119	0.072	20.55	22551	4405	4405	0.995	0.08	100
3.52-3.8	5.318	0.061	24.75	22085	4154	4153	0.996	0.067	100
3.8-4.16	5.148	0.052	28.12	19404	3775	3769	0.997	0.058	99.8
4.16-4.65	4.939	0.047	30.18	16912	3427	3424	0.997	0.052	99.9
4.65-5.37	4.848	0.043	31.02	14645	3023	3021	0.997	0.048	99.9
5.37-6.58	5.368	0.045	31.03	13727	2558	2557	0.998	0.05	100
6.58-9.3	4.938	0.035	34.32	9752	1977	1975	0.998	0.04	99.9
9.3-43.52	5.151	0.03	39.02	5542	1087	1076	0.999	0.033	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.08→43.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 6.184 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Pr3+ ions not modeled

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2287	4553	5 %	RANDOM
R_work	0.1815	-	-	-
obs	0.1838	86158	94.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.66 Å² / B_iso mean: 38.602 Å² / B_iso min: 18.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0.02 Å²	-0 Å²
2-	-	0.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.08→43.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	108	565	10825
B_iso mean	-	-	32.69	40.45	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	10552
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.633	1.657	14301
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.392	1.569	22283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.035	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.163	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.981	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.568	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	11669
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.229	3.905	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.22	3.903	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.425	5.846	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.08→2.134 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	305	-
R_work	0.347	5948	-
all	-	6253	-
obs	-	-	87.53 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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