PDB-5sez: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sez

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 2-chloro-6-ethyl-N-(2-phenyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)pyridine-4-carboxamide

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor /

PHOSPHODIESTERASE (ホスホジエステラーゼ) /

PDE10 /

HYDROLASE (加水分解酵素) /

SCHIZOPHRENIA (統合失調症) / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity /

3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process /

3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity /

cGMP binding /

3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity /

3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Joseph, C. / Groebke-Zbinden, K. / Benz, J. / Schlatter, D. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2022
タイトル: A high quality, industrial data set for binding affinity prediction: performance comparison in different early drug discovery scenarios.
著者: Tosstorff, A. / Rudolph, M.G. / Cole, J.C. / Reutlinger, M. / Kramer, C. / Schaffhauser, H. / Nilly, A. / Flohr, A. / Kuhn, B.

履歴

登録	2022年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sez.cif.gz	278.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sez.ent.gz	223.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sez.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/5sez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/5sez	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002226 (77エントリ) 5sdu 5sdv 5sdw 5sdx 5sdy 5sdz 5se0 5se1 5se2 5se3
タイトル	Exploiting Structural Data for Improved On-Target Prediction in Lead Optimization
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures for drug development

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.732, 135.732, 235.193
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-IIU / 2-chloro-6-ethyl-N-[(4S)-2-phenyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl]pyridine-4-carboxamide 分子量: 377.827 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₆ClN₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 638 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.99→43.67 Å / Num. obs: 110804 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.22 % / B_iso Wilson estimate: 42.292 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_rim(I) all: 0.079 / R_sym value: 0.073 / Χ²: 0.871 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 574250 / Scaling rejects: 24

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.99-2.04	5.175	1.11	1.45	42605	8236	8233	0.576	1.236	100
2.04-2.1	4.926	0.869	1.86	39233	7967	7965	0.663	0.974	100
2.1-2.16	5.077	0.677	2.39	39384	7762	7757	0.782	0.756	99.9
2.16-2.22	5.389	0.459	3.56	40985	7612	7606	0.889	0.509	99.9
2.22-2.3	5.336	0.388	4.15	38704	7255	7253	0.917	0.431	100
2.3-2.38	5.291	0.298	5.3	37593	7109	7105	0.951	0.331	99.9
2.38-2.47	5.197	0.241	6.38	35786	6890	6886	0.965	0.268	99.9
2.47-2.57	4.979	0.196	7.74	32192	6466	6466	0.974	0.219	100
2.57-2.68	5.225	0.15	10.05	33070	6329	6329	0.985	0.167	100
2.68-2.81	5.388	0.125	12.23	32377	6012	6009	0.99	0.138	100
2.81-2.97	5.346	0.098	15.09	30646	5736	5732	0.993	0.109	99.9
2.97-3.15	5.245	0.078	18.65	28433	5423	5421	0.995	0.087	100
3.15-3.36	4.919	0.062	23.21	25048	5092	5092	0.997	0.07	100
3.36-3.63	5.217	0.047	30.58	24750	4745	4744	0.998	0.052	100
3.63-3.98	5.267	0.04	35.77	22924	4352	4352	0.998	0.045	100
3.98-4.45	5.112	0.035	39.34	20056	3932	3923	0.999	0.04	99.8
4.45-5.14	4.716	0.032	40.37	16437	3487	3485	0.999	0.036	99.9
5.14-6.29	5.416	0.031	41.77	15896	2935	2935	0.999	0.034	100
6.29-8.9	5.117	0.025	44.51	11539	2257	2255	0.999	0.028	99.9
8.9-43.67	5.32	0.021	51.96	6592	1248	1239	0.999	0.024	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.99→43.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 4.591 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2176	5376	5 %	RANDOM
R_work	0.1758	-	-	-
obs	0.1779	101829	96.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.23 Å² / B_iso mean: 36.516 Å² / B_iso min: 18.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.52 Å²	-0.26 Å²	0 Å²
2-	-	-0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.99→43.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	116	638	10906
B_iso mean	-	-	52.47	39.47	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	10551
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9636
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.721	1.657	14288
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.517	1.577	22388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.771	5	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.483	22.464	552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.002	15	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.216	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	11616
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.224	3.651	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.219	3.649	5004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.151	5.456	6252

LS精密化シェル

解像度: 1.99→2.042 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	381	-
R_work	0.334	7052	-
all	-	7433	-
obs	-	-	90.43 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-グループ登録

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)