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- PDB-5seg: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5seg
タイトルCrystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 6-[(5-bromo-1-methyl-2-oxopyridine-3-carbonyl)amino]-N-(oxetan-3-yl)-2-phenyl-3H-benzimidazole-5-carboxamide
要素cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE (ホスホジエステラーゼ) / PDE10 / HYDROLASE (加水分解酵素) / SCHIZOPHRENIA (統合失調症) / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / cGMP binding / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / cGMP binding / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP binding / cAMP-mediated signaling / G alpha (s) signalling events / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain ...3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IFN / cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Joseph, C. / Bleicher, K. / Benz, J. / Schlatter, D. / Rudolph, M.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche スイス
引用ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2022
タイトル: A high quality, industrial data set for binding affinity prediction: performance comparison in different early drug discovery scenarios.
著者: Tosstorff, A. / Rudolph, M.G. / Cole, J.C. / Reutlinger, M. / Kramer, C. / Schaffhauser, H. / Nilly, A. / Flohr, A. / Kuhn, B.
履歴
登録2022年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,10116
ポリマ－157,6534
非ポリマー2,44812
水4,936274
1
A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0254
ポリマ－39,4131
非ポリマー6123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0254
ポリマ－39,4131
非ポリマー6123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0254
ポリマ－39,4131
非ポリマー6123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0254
ポリマ－39,4131
非ポリマー6123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.290, 135.290, 235.561
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A


分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-IFN / 5-[(5-bromo-1-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridine-3-carbonyl)amino]-N-(oxetan-3-yl)-2-phenyl-1H-benzimidazole-6-carboxamide


分子量: 522.351 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20BrN5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.26 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→43.71 Å / Num. obs: 72374 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.23 % / Biso Wilson estimate: 57.18 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.829 / Net I/σ(I): 12.17 / Num. measured all: 378505 / Scaling rejects: 44
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.29-2.355.311.4371.1728523537553720.4331.59499.9
2.35-2.415.2521.2311.3627467523352300.5221.36799.9
2.41-2.485.1491.0611.626002505150500.5981.182100
2.48-2.564.9590.8441.9824461493449330.680.945100
2.56-2.645.1610.6372.6724814480848080.7820.71100
2.64-2.745.4340.5053.4524924458745870.860.559100
2.74-2.845.4010.4074.2424206448344820.9130.451100
2.84-2.965.3730.3055.5322971427542750.950.339100
2.96-3.095.3350.2327.2722104414441430.9670.258100
3.09-3.245.0740.179.5619892392039200.9820.19100
3.24-3.414.9980.11813.3218564371437140.9910.132100
3.41-3.625.4670.08119.0119370354335430.9950.09100
3.62-3.875.430.06423.6518179334833480.9970.07100
3.87-4.185.3120.0528.6316408309030890.9970.056100
4.18-4.585.070.04531.4514349283428300.9980.0599.9
4.58-5.124.7220.0433.3512145257325720.9980.045100
5.12-5.915.4620.04134.112376226622660.9990.045100
5.91-7.245.3530.03835.6610272191919190.9980.042100
7.24-10.244.8270.02643.897197149114910.9990.029100
10.24-43.715.3380.02550.1542818118020.9990.02898.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.29→43.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 8.375 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: oxetan moiety not defined by electron density partial radiolysis of bromine
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2312 3498 5 %RANDOM
Rwork0.1743 ---
obs0.1772 66057 96.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 150.64 Å2 / Biso mean: 51.273 Å2 / Biso min: 25.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å2-0.12 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---0.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→43.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10152 0 144 274 10570
Biso mean--68.44 46.53 -
残基数----1251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01310592
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8811.66214353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.41.56922283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.40551255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.28622.419554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.767151856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.21560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211657
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9045.2185008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.8935.2175006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3157.8156255
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.349 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 230 -
Rwork0.334 4568 -
all-4798 -
obs--89.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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