PDB-5seb: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5seb

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 2-methyl-3-[2-(2-methyl-5-pyrrolidin-1-yl-1,2,4-triazol-3-yl)ethyl]quinoxaline

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor /

PHOSPHODIESTERASE (ホスホジエステラーゼ) /

PDE10 /

HYDROLASE (加水分解酵素) /

SCHIZOPHRENIA (統合失調症) / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity /

3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process /

cGMP binding /

3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity /

3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity /

3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Joseph, C. / Flohr, A. / Benz, J. / Schlatter, D. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2022
タイトル: A high quality, industrial data set for binding affinity prediction: performance comparison in different early drug discovery scenarios.
著者: Tosstorff, A. / Rudolph, M.G. / Cole, J.C. / Reutlinger, M. / Kramer, C. / Schaffhauser, H. / Nilly, A. / Flohr, A. / Kuhn, B.

履歴

登録	2022年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5seb.cif.gz	271.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5seb.ent.gz	219 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5seb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/5seb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/5seb	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002226 (77エントリ) 5sdu 5sdv 5sdw 5sdx 5sdy 5sdz 5se0 5se1 5se2 5se3
タイトル	Exploiting Structural Data for Improved On-Target Prediction in Lead Optimization
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures for drug development

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.375, 135.375, 235.267
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-IF2 / 2-methyl-3-{2-[1-methyl-3-(pyrrolidin-1-yl)-1H-1,2,4-triazol-5-yl]ethyl}quinoxaline 分子量: 322.407 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂N₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.26 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99998 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.28→43.67 Å / Num. obs: 73296 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.183 % / B_iso Wilson estimate: 56.464 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_rim(I) all: 0.079 / Χ²: 0.863 / Net I/σ(I): 14.33 / Num. measured all: 379875 / Scaling rejects: 57

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.28-2.34	4.757	1.049	1.49	25881	5446	5441	0.541	1.181	99.9
2.34-2.4	5.304	0.844	1.99	28153	5310	5308	0.69	0.937	100
2.4-2.47	5.251	0.71	2.37	26869	5120	5117	0.763	0.79	99.9
2.47-2.55	5.112	0.566	2.93	25410	4972	4971	0.826	0.632	100
2.55-2.63	5.012	0.429	3.74	24340	4857	4856	0.889	0.48	100
2.63-2.73	5.204	0.341	4.74	24205	4652	4651	0.925	0.38	100
2.73-2.83	5.38	0.274	5.93	24559	4567	4565	0.956	0.304	100
2.83-2.94	5.31	0.21	7.48	22891	4315	4311	0.973	0.233	99.9
2.94-3.07	5.176	0.165	9.32	21786	4210	4209	0.982	0.184	100
3.07-3.22	5.015	0.117	12.38	19755	3939	3939	0.99	0.131	100
3.22-3.4	5.209	0.087	16.65	19757	3793	3793	0.994	0.096	100
3.4-3.61	5.383	0.064	22.22	19227	3575	3572	0.997	0.071	99.9
3.61-3.85	5.315	0.05	27.14	17928	3375	3373	0.998	0.056	99.9
3.85-4.16	5.041	0.041	31.76	15844	3143	3143	0.998	0.046	100
4.16-4.56	5.217	0.036	35.81	14932	2862	2862	0.999	0.04	100
4.56-5.1	5.436	0.034	39.65	14265	2624	2624	0.999	0.037	100
5.1-5.89	5.203	0.035	37.44	12034	2314	2313	0.999	0.039	100
5.89-7.21	5.165	0.034	39.13	9952	1927	1927	0.999	0.038	100
7.21-10.2	5.298	0.03	48.63	7995	1511	1509	0.999	0.033	99.9
10.2-43.67	5.039	0.029	51.03	4092	821	812	0.999	0.033	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.28→43.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 7.443 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2234	3546	5 %	RANDOM
R_work	0.1742	-	-	-
obs	0.1766	67614	97.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.5 Å² / B_iso mean: 51.651 Å² / B_iso min: 29.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.51 Å²	-0.26 Å²	0 Å²
2-	-	-0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.28→43.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	104	349	10605
B_iso mean	-	-	53.27	48.48	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	10548
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9672
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.426	1.655	14285
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.279	1.581	22483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.701	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.921	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.088	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.437	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11581
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.498	5.345	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.488	5.344	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.855	8.005	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.28→2.339 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	269	-
R_work	0.323	4721	-
all	-	4990	-
obs	-	-	91.98 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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