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- PDB-5scd: Structure of liver pyruvate kinase in complex with anthraquinone ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5scd
タイトルStructure of liver pyruvate kinase in complex with anthraquinone derivative 58
要素Pyruvate kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / Pyruvate kinase / active site / inhibition / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / cellular response to insulin stimulus / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily ...Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / Chem-I8U / : / OXALATE ION / Pyruvate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.041 Å
データ登録者Lulla, A. / Foller, A. / Nain-Perez, A. / Grotli, M. / Brear, P. / Hyvonen, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Not funded 英国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Anthraquinone derivatives as ADP-competitive inhibitors of liver pyruvate kinase.
著者: Nain-Perez, A. / Foller Fuchtbauer, A. / Haversen, L. / Lulla, A. / Gao, C. / Matic, J. / Monjas, L. / Rodriguez, A. / Brear, P. / Kim, W. / Hyvonen, M. / Boren, J. / Mardinoglu, A. / Uhlen, M. / Grotli, M.
履歴
登録2021年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
C: Pyruvate kinase
D: Pyruvate kinase
E: Pyruvate kinase
F: Pyruvate kinase
G: Pyruvate kinase
H: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)391,73745
ポリマ－386,2838
非ポリマー5,45437
水26,7881487
1
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
C: Pyruvate kinase
D: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,71622
ポリマ－193,1424
非ポリマー2,57518
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21750 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area56780 Å2
手法PISA
2
E: Pyruvate kinase
F: Pyruvate kinase
G: Pyruvate kinase
H: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,02023
ポリマ－193,1424
非ポリマー2,87919
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21780 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area56010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.725, 113.012, 188.817
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.630, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 16分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Pyruvate kinase


分子量: 48285.379 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEXP-NHis / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16716, pyruvate kinase
#2: 糖
ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 5種, 1516分子

#3: 化合物
ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物
ChemComp-I8U / 3-hydroxy-9,10-dioxo-9,10-dihydroanthracene-2-sulfonic acid


分子量: 304.275 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H8O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES/MOPS, 10% PEG8000, 20% ethylene glycol, 10 mM phenylalanine, 20 mM sodium oxalate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.041→99.262 Å / Num. obs: 172848 / % possible obs: 89.8 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 1204439
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all
2.041-2.359.16.61.0881.65717186430.6750.449
6.539-99.26299.96.90.03135.95970186410.9990.013

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
PHASER位相決定
BUSTER2.10.4 (16-JUL-2021)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.041→103.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU R Cruickshank DPI: 0.326 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.326 / SU Rfree Blow DPI: 0.215 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.217
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION. REFINEMENT NOTES. NUMBER OF REFINEMENT NOTES : 1 NOTE 1 : IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2264 8722 5.05 %RANDOM
Rwork0.2016 ---
obs0.2028 172849 62.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 141.89 Å2 / Biso mean: 53.88 Å2 / Biso min: 21.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7687 Å20 Å2-0.2989 Å2
2---0.7701 Å20 Å2
3---0.0013 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.041→103.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25823 0 329 1487 27639
Biso mean--60.23 55.31 -
残基数----3403
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9692SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4876HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it27018HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3638SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact23460SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d27058HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg36783HARMONIC20.93
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.69
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.19 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3093 176 5.09 %
Rwork0.2796 3281 -
all0.2811 3457 -
obs--6.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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