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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5sc0 | ||||||
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タイトル | CD44 PanDDA analysis group deposition -- The hyaluronan-binding domain of CD44 in complex with Z2856434899 | ||||||
![]() | CD44 antigen | ||||||
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機能・相同性 | ![]() Hyaluronan uptake and degradation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bezerra, G.A. / Koekemoer, L. / von Delft, F. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Gileadi, O. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CD44 PanDDA analysis group deposition 著者: Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bezerra, G.A. / Koekemoer, L. / von Delft, F. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Gileadi, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002221 (24エントリ) |
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タイトル | CD44 PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | None |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2jcpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16970.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-T0Y / | ||||||
#3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.64 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200mM ammonium sulphate, 100mM MES, 24% PEG 5,000 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月14日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.192→41.106 Å / Num. obs: 33758 / % possible obs: 77.1 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 8.62 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 105514 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 2JCP 解像度: 1.192→41.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU R Cruickshank DPI: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.052 / SU Rfree Blow DPI: 0.052 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.048
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原子変位パラメータ | Biso max: 40.72 Å2 / Biso mean: 12.18 Å2 / Biso min: 5.84 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.192→41.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.19→1.24 Å / Total num. of bins used: 51
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