PDB-5sbi: The crystal structure of METP in complex with Co at a resolution ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sbi

タイトル

The crystal structure of METP in complex with Co at a resolution of 1.80A.

要素

METP, miniaturized rubredoxin

キーワード

DE NOVO PROTEIN

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.799 Å

データ登録者

Di Costanzo, L. / La Gatta, S. / Leone, L. / Chino, M.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Miniaturization process reloaded - structural and functional insights from a miniaturized rubredoxin
著者: Chino, M. / Di Costanzo, L.

履歴

登録	2021年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sbi.cif.gz	20.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sbi.ent.gz	12.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sbi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sbi_validation.pdf.gz	780.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sbi_full_validation.pdf.gz	780.5 KB	表示
XML形式データ	5sbi_validation.xml.gz	3.6 KB	表示
CIF形式データ	5sbi_validation.cif.gz	4.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/5sbi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/5sbi	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002191 (3エントリ) 5sbg 5sbi 5sbj
タイトル	Structural insights from a miniaturized rubredoxin
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of METP in complex with different metals

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

C: METP, miniaturized rubredoxin

ヘテロ分子

3.01 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.264, 56.180, 19.225
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-201- HOH
2	1	C-214- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	METP, miniaturized rubredoxin 分子量: 2955.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.75 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 1.4 M sodium citrate tribasic dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月24日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.799→31.054 Å / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.75 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.125 / R_rim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 12.02
反射シェル	解像度: 1.799→1.91 Å / 冗長度: 6.75 % / R_merge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 4.17 / Num. unique obs: 593 / CC_1/2: 0.932 / R_rim(I) all: 0.486 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Rosetta, computational model

解像度: 1.799→31.054 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 10.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1813	115	5.63 %
R_work	0.1438	1926	-
obs	0.1459	2041	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 52.98 Å² / B_iso mean: 16.2183 Å² / B_iso min: 6.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.799→31.054 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	204	0	1	21	226
B_iso mean	-	-	10.35	24.89	-
残基数	-	-	-	-	30

LS精密化シェル

解像度: 1.7995→31.0583 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 1

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1813	115	-
R_work	0.1438	1926	-
all	-	2041	-
obs	-	-	100 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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