PDB-5say: DDR1, N-[2-[3-(2-aminopyrimidin-5-yl)oxyphenyl]ethyl]-3-(trifluor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5say

タイトル

DDR1, N-[2-[3-(2-aminopyrimidin-5-yl)oxyphenyl]ethyl]-3-(trifluoromethoxy)benzamide, 2.190A, P1211, Rfree=27.7%

要素

Epithelial discoidin domain-containing receptor 1

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / RTK / RECEPTOR TYROSINE KINASE / COLLAGEN / DISCOIDIN DOMAIN / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

protein tyrosine kinase collagen receptor activity / smooth muscle cell-matrix adhesion / regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / wound healing, spreading of cells / smooth muscle cell migration / neuron projection extension ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Stihle, M. / Richter, H. / Benz, J. / Hochstrasser, R. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a DDR1 complex
著者: Richter, H. / Prunotto, M. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2021年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5say.cif.gz	249.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5say.ent.gz	201.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5say.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5say_validation.pdf.gz	858 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5say_full_validation.pdf.gz	863.7 KB	表示
XML形式データ	5say_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	5say_validation.cif.gz	34.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/5say ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/5say	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002213 (9エントリ) 5sau 5sav 5saw 5sax 5say 5saz 5sb0 5sb1 5sb2
タイトル	Novel Potent and Highly Selective DDR1 Inhibitors from Structure-guided Drug Design
タイプ	undefined
解説	A set of DDR1 crystal structures for drug development

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (2) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (3) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (2) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#4 - 2000年4月
コラーゲン (Collagen)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (2)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (3)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (2)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1

B: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1

ヘテロ分子

75.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
37.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.690, 119.590, 61.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.920, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and segid A
2	1	chain B and segid B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A and segid A	A	0
2	1	1	chain B and segid B	B	0

#1: タンパク質	Epithelial discoidin domain-containing receptor 1 / Epithelial discoidin domain receptor 1 / CD167 antigen-like family member A / Cell adhesion kinase ...Epithelial discoidin domain receptor 1 / CD167 antigen-like family member A / Cell adhesion kinase / Discoidin receptor tyrosine kinase / HGK2 / Mammary carcinoma kinase 10 / MCK-10 / Protein-tyrosine kinase 3A / Protein-tyrosine kinase RTK-6 / TRK E / Tyrosine kinase DDR / Tyrosine-protein kinase CAK 分子量: 36502.855 Da / 分子数: 2 / 断片: tyrosine kinase domain, residues 593-913 / 変異: Deletion of residues 730-735 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDR1, CAK, EDDR1, NEP, NTRK4, PTK3A, RTK6, TRKE / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q08345, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-1IJ / N-(2-{3-[(2-aminopyrimidin-5-yl)oxy]phenyl}ethyl)-3-(trifluoromethoxy)benzamide 分子量: 418.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₇F₃N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 9.2 mg/mL protein in 20mM HEPES/NaOH pH7.5, 5mM DTT, 5% glycerol, 0.1M NaCl mixed with reservoir consisting of 0.1M MES/NaOH pH 6.5, 0.2M KI, 25% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.19→45.52 Å / Num. obs: 34031 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.45 % / B_iso Wilson estimate: 27.75 Å² / CC_1/2: 0.979 / R_merge(I) obs: 0.213 / R_rim(I) all: 0.261 / R_sym value: 0.213 / Χ²: 0.883 / Net I/σ(I): 4.68 / Num. measured all: 116317 / Scaling rejects: 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.19-2.25	3.291	1.46	0.81	8320	2544	2528	0.342	1.746	99.4
2.25-2.31	3.385	1.331	0.95	8185	2424	2418	0.317	1.583	99.8
2.31-2.38	3.559	1.054	1.21	8502	2399	2389	0.499	1.244	99.6
2.38-2.45	3.522	0.907	1.38	7984	2275	2267	0.586	1.073	99.6
2.45-2.53	3.463	0.739	1.72	7820	2262	2258	0.668	0.877	99.8
2.53-2.62	3.369	0.598	2.08	7243	2164	2150	0.747	0.713	99.4
2.62-2.72	3.248	0.465	2.54	6825	2112	2101	0.83	0.556	99.5
2.72-2.83	3.324	0.413	2.95	6677	2013	2009	0.859	0.493	99.8
2.83-2.95	3.497	0.359	3.59	6717	1928	1921	0.89	0.426	99.6
2.95-3.1	3.51	0.291	4.51	6476	1852	1845	0.923	0.344	99.6
3.1-3.26	3.491	0.24	5.5	6161	1772	1765	0.941	0.284	99.6
3.26-3.46	3.356	0.184	6.84	5527	1652	1647	0.958	0.22	99.7
3.46-3.7	3.338	0.152	7.78	5201	1565	1558	0.967	0.182	99.6
3.7-4	3.622	0.117	10.17	5292	1461	1461	0.981	0.137	100
4-4.38	3.565	0.089	12.18	4770	1341	1338	0.99	0.104	99.8
4.38-4.9	3.421	0.08	12.75	4133	1212	1208	0.99	0.095	99.7
4.9-5.65	3.267	0.088	11.4	3581	1101	1096	0.986	0.106	99.5
5.65-6.93	3.577	0.086	11.98	3209	899	897	0.989	0.101	99.8
6.93-9.79	3.309	0.059	14.93	2346	710	709	0.994	0.07	99.9
9.79-45.522	3.353	0.049	19.89	1348	409	402	0.993	0.058	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_1589	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.19→45.522 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.277	1718	5.07 %	RANDOM
R_work	0.2019	32192	-	-
obs	0.2057	33910	99.55 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 177.4 Å² / B_iso mean: 38.2046 Å² / B_iso min: 9.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.19→45.522 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4640	0	75	180	4895
B_iso mean	-	-	45.65	33.95	-
残基数	-	-	-	-	578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4809
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.257	6508
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	698
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	846
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.613	1830

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2540	X-RAY DIFFRACTION	7.911	TORSIONAL
1	2	B	2540	X-RAY DIFFRACTION	7.911	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1901-2.2545	0.3988	141	0.3308	2668	2809	99
2.2545-2.3273	0.37	138	0.3164	2655	2793	99
2.3273-2.4105	0.3609	161	0.2945	2678	2839	100
2.4105-2.507	0.3612	138	0.2741	2674	2812	100
2.507-2.6211	0.3168	153	0.2532	2647	2800	100
2.6211-2.7593	0.3257	131	0.2495	2696	2827	100
2.7593-2.9321	0.3629	128	0.2399	2699	2827	100
2.9321-3.1584	0.3306	147	0.2261	2648	2795	100
3.1584-3.4762	0.2603	113	0.1892	2749	2862	100
3.4762-3.9789	0.2356	157	0.1542	2664	2821	100
3.9789-5.012	0.2081	158	0.1316	2706	2864	100
5.012-45.5315	0.202	153	0.1535	2708	2861	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1357	0.9973	2.1755	5.5205	2.8116	4.5055	0.1134	0.0286	-0.3885	-0.0288	0.1803	-0.3028	0.2664	0.0369	-0.2031	0.4278	0.0256	-0.0202	0.2733	0.0133	0.2798	23.954	-6.2603	31.7337
2	1.9255	-0.2767	0.8994	2.3495	-1.0113	4.3087	0.227	0.0133	-0.1413	-0.3233	0.0168	-0.0116	0.79	-0.0284	-0.2089	0.32	0.0063	-0.0437	0.1556	-0.0465	0.2318	16.3468	1.6575	17.9648
3	1.8248	0.6433	0.2817	2.5294	-0.0948	2.6544	0.0148	0.0026	-0.007	0.0402	-0.0268	0.0011	-0.0699	0.099	0.0152	0.1386	0.0178	0.0029	0.1463	-0.0008	0.1393	18.5316	20.0097	20.586
4	3.1908	1.6168	-0.3425	4.3526	-0.6771	3.4987	-0.1104	0.0645	0.2867	-0.1703	0.0584	0.1046	-0.2179	-0.1377	0.0324	0.4339	0.0433	0.0179	0.2629	0.0329	0.3158	22.739	47.9088	59.1918
5	1.4202	-0.4685	-1.0969	1.779	0.4402	3.1159	0.1358	0.0106	0.209	-0.0275	-0.0191	0.025	-0.4029	0.1042	-0.1263	0.2012	-0.0444	-0.0013	0.1851	-0.0001	0.2328	30.8945	32.8547	56.6354
6	2.6254	0.1657	-0.031	2.6145	0.1006	3.6194	-0.0515	-0.1342	-0.0873	0.1964	0.015	0.0545	0.1847	-0.2095	0.0297	0.1584	-0.0193	-0.0152	0.1912	-0.0024	0.1549	24.7626	14.7007	51.2189
7	3.3544	1.0908	2.7606	5.2874	3.034	3.5945	-0.0114	0.0774	-0.31	0.2449	0.1245	-0.7382	0.1883	0.3916	-0.0139	0.1599	0.0572	-0.0461	0.2886	0.0156	0.3075	41.4918	13.8247	53.1761

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 602 through 678 )	A	602 - 678
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 679 through 733 )	A	679 - 733
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 734 through 901 )	A	734 - 901
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 602 through 662 )	B	602 - 662
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 663 through 776 )	B	663 - 776
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 777 through 871 )	B	777 - 871
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 872 through 905 )	B	872 - 905

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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