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万見
- PDB-5sa3: PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Trypanos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sa3
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Trypanosoma brucei Trypanothione reductase in complex with Z2856434874
要素N(1),N(8)-bis(glutathionyl)spermidine reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trypanothione-disulfide reductase / trypanothione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Trypanothione reductase / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 1-{[4-(propan-2-yl)phenyl]methyl}piperidin-4-ol / Trypanothione reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Fiorillo, A. / Ilari, A.
資金援助European Union, イタリア, 2件
組織認可番号国
iNEXT-DiscoveryLB25167European Union
CNCCSB56G1500114000 イタリア
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Innovative Approach for a Classic Target: Fragment Screening on Trypanothione Reductase Reveals New Opportunities for Drug Design.
著者: Fiorillo, A. / Colotti, G. / Exertier, C. / Liuzzi, A. / Seghetti, F. / Salerno, A. / Caciolla, J. / Ilari, A.
履歴
登録2021年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N(1),N(8)-bis(glutathionyl)spermidine reductase
B: N(1),N(8)-bis(glutathionyl)spermidine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,78819
ポリマ－106,9962
非ポリマー2,79217
水9,620534
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12200 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area36090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.570, 108.620, 112.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 N(1),N(8)-bis(glutathionyl)spermidine reductase / Trypanothione reductase


分子量: 53497.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A3L6KZJ1, trypanothione-disulfide reductase

-
非ポリマー , 6種, 551分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-O0M / 1-{[4-(propan-2-yl)phenyl]methyl}piperidin-4-ol


分子量: 233.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: MPD 22%, PEG 3350 14%, imidazole 40 mM pH 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91266 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→80.57 Å / Num. obs: 100864 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 680647 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.74-1.7972.2165133273440.3240.8942.3920.999
7.78-80.576.40.048818312780.9980.020.05236.899.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6RB5

6rb5


解像度: 1.74→77.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 3.406 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2172 4900 4.9 %RANDOM
Rwork0.1855 ---
obs0.187 95896 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.82 Å2 / Biso mean: 33.662 Å2 / Biso min: 15.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å2-0 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→77.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7360 0 170 534 8064
Biso mean--40.72 39.63 -
残基数----969
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0138538
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5441.6411170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3791.57817925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.99851053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.94222.764369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.948151340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.261540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4783.3194251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4743.3184247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2084.9555193
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 335 -
Rwork0.329 6994 -
all-7329 -
obs--98.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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