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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5s9n | ||||||
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タイトル | AUTOTAXIN, [4-(trifluoromethoxy)phenyl]methyl (3aS,6aS)-2-(1H-benzotriazole-5-carbonyl)-1,3,3a,4,6,6a-hexahydropyrrolo[3,4-c]pyrrole-5-carboxylate, 1.80A, P212121, Rfree=23.3% | ||||||
![]() | Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to polycyclic arene / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stihle, M. / Hunziker, D. / Benz, J. / Mattei, P. / Rudolph, M.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a rat Autotaxin complex 著者: Hunziker, D. / Joachim, S.C. / Ullmer, C. / Rudolph, M.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 149.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002194 (3エントリ) |
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タイプ | undefined |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 97343.305 Da / 分子数: 1 / 変異: N53A, N410A, R591T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q64610, ![]() |
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#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharide ![]() |
-非ポリマー , 6種, 438分子 ![](data/chem/img/YVS.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-YVS / [ | ||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / ![]() #7: 化合物 | ChemComp-NA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 15.3 mg/mL protein in 20mM BICINE/NaOH pH8.5, 150mM NaCl, 0.02% NaN3 mixed 50-70% with 50-30% reservoir consisting of 11-17% PEG3350, 0.1M Na-acetate pH4.5, 0.2M Ca-acetate, total volume 200nL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.8→48.9 Å / Num. obs: 86767 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.62 % / Biso Wilson estimate: 35.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.104 / Rsym value: 0.089 / Χ2: 0.847 / Net I/σ(I): 11.26 / Num. measured all: 570404 / Scaling rejects: 45 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / 冗長度: 6.43 % / Rmerge(I) obs: 0.737 / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. measured obs: 7001 / Num. possible: 1119 / Num. unique obs: 1110 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.029 / Rsym value: 0.737 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: in-house model 解像度: 1.8→48.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.182 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80 Å2 / Biso mean: 33.72 Å2 / Biso min: 13.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→48.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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