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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5s9m | ||||||
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タイトル | AUTOTAXIN, (3,5-dichlorophenyl)methyl (3aS,8aR)-2-(1H-benzotriazole-5-carbonyl)-1,3,3a,4,5,7,8,8a-octahydropyrrolo[3,4-d]azepine-6-carboxylate, 1.80A, P212121, Rfree=21.1% | ||||||
要素 | Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / LYSOPHOSPHATIDIC ACID (リゾホスファチジン酸) / LPA / LYSOPHOSPHATIDYLCHOLINE / LPC / SOMATOMEDIN (ソマトメジン) / METASTASIS / NEUROPATHIC PAIN (神経因性疼痛) / VASCULAR DEVELOPMENT / NEURAL DEVELOPMENT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity ...response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / polysaccharide binding / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of focal adhesion assembly / estrous cycle / phospholipid metabolic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / cellular response to cadmium ion / cell chemotaxis / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / nucleic acid binding / 免疫応答 / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Stihle, M. / Hunziker, D. / Benz, J. / Mattei, P. / Rudolph, M.G. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Structure of a rat Autotaxin complex 著者: Hunziker, D. / Joachim, S.C. / Ullmer, C. / Rudolph, M.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5s9m.cif.gz | 200 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5s9m.ent.gz | 152.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5s9m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/5s9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/5s9m | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002194 (3エントリ) |
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タイプ | undefined |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 97343.305 Da / 分子数: 1 / 変異: N53A, N410A, R591T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / プラスミド: pcDNA3.1(-)_neo_rAtx(1-862_N53A:N410A) / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK 293-F 参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase |
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#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
-非ポリマー , 8種, 514分子
#3: 化合物 | ChemComp-YV1 / ( | ||||||||||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-CL / | #9: 化合物 | ChemComp-NA / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 15.3 mg/mL protein in 20mM BICINE/NaOH pH8.5, 150mM NaCl, 0.02% NaN3 mixed 50-70% with 50-30% reservoir consisting of 11-17% PEG3350, 0.1M Na-acetate pH4.5, 0.2M Ca-acetate, total volume 200nL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99985 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99985 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→48.37 Å / Num. obs: 82778 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.57 % / Biso Wilson estimate: 32.209 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rrim(I) all: 0.123 / Rsym value: 0.1 / Χ2: 0.843 / Net I/σ(I): 10.75 / Num. measured all: 553317 / Scaling rejects: 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / 冗長度: 6.52 % / Rmerge(I) obs: 0.729 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. measured obs: 6146 / Num. possible: 1083 / Num. unique obs: 1074 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.032 / Rsym value: 0.729 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: in-house model 解像度: 1.8→48.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.755 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80 Å2 / Biso mean: 31.636 Å2 / Biso min: 14.03 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→48.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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