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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5rkg | ||||||
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タイトル | PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of PHIP in complex with Z1124201124 | ||||||
要素 | PH-interacting protein | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / Fragment-based drug design / SAMPL7 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of cell morphogenesis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / RHOBTB2 GTPase cycle / cytoskeleton organization / positive regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of protein phosphorylation / lysine-acetylated histone binding / insulin receptor binding / insulin receptor signaling pathway ...regulation of cell morphogenesis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / RHOBTB2 GTPase cycle / cytoskeleton organization / positive regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of protein phosphorylation / lysine-acetylated histone binding / insulin receptor binding / insulin receptor signaling pathway / regulation of cell shape / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.282 Å | ||||||
データ登録者 | Grosjean, H. / Aimon, A. / Krojer, T. / Talon, R. / Douangamath, A. / Koekemoer, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Biggin, P.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: PanDDA analysis group deposition of ground-state model 著者: Grosjean, H. / Aimon, A. / Krojer, T. / Talon, R. / Douangamath, A. / Koekemoer, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Biggin, P.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5rkg.cif.gz | 68.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5rkg.ent.gz | 49.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5rkg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/5rkg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/5rkg | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002162 (52エントリ) |
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タイトル | PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | The second bromodomain of Pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) screened against the DSI and FragLite fragment libraries by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | 3mb3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17627.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHIP, DCAF14, WDR11 / 発現宿主: escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WWQ0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOJ / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.86 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 20% PEG 8000, 0.04M potassium phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97622 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月21日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97622 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.288→40.416 Å / Num. obs: 25489 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 13.81 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 28 / Num. measured all: 146580 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Num. unique all: 1274 / Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 3MB3 解像度: 1.282→40.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU R Cruickshank DPI: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.071 / SU Rfree Blow DPI: 0.07 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.064
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原子変位パラメータ | Biso max: 66.52 Å2 / Biso mean: 17.4 Å2 / Biso min: 7.25 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.17 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.282→40.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.28→1.32 Å / Total num. of bins used: 51
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -14.2899 Å / Origin y: 12.5023 Å / Origin z: 12.5839 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |