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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5rkf | ||||||
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タイトル | PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of PHIP in complex with Z1674937530 | ||||||
![]() | PH-interacting protein | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of cell morphogenesis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / RHOBTB2 GTPase cycle / cytoskeleton organization / positive regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grosjean, H. / Aimon, A. / Krojer, T. / Talon, R. / Douangamath, A. / Koekemoer, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Biggin, P.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: PanDDA analysis group deposition of ground-state model 著者: Grosjean, H. / Aimon, A. / Krojer, T. / Talon, R. / Douangamath, A. / Koekemoer, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Biggin, P.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002162 (52エントリ) |
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タイトル | PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | The second bromodomain of Pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) screened against the DSI and FragLite fragment libraries by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3mb3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17627.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-UVY / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.37 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 20% PEG 8000, 0.04M potassium phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月20日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.281→40.399 Å / Num. obs: 23361 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 13.82 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 21.2 / Num. measured all: 141779 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 3MB3 解像度: 1.264→40.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU R Cruickshank DPI: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.079 / SU Rfree Blow DPI: 0.077 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.07
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原子変位パラメータ | Biso max: 57.43 Å2 / Biso mean: 18.02 Å2 / Biso min: 7.59 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.264→40.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.26→1.34 Å / Total num. of bins used: 51
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -14.2908 Å / Origin y: 12.4909 Å / Origin z: 12.7224 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |