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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5raz | ||||||
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タイトル | PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM010013a | ||||||
要素 | Lysine-specific demethylase 3B | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [histone H3]-dimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me/H3K9me2 demethylase activity / antioxidant activity / histone H3K9 demethylase activity / histone deacetylase complex / transcription coregulator activity / HDMs demethylate histones / chromatin DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II ...[histone H3]-dimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me/H3K9me2 demethylase activity / antioxidant activity / histone H3K9 demethylase activity / histone deacetylase complex / transcription coregulator activity / HDMs demethylate histones / chromatin DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å | ||||||
データ登録者 | Snee, M. / Nowak, R. / Johansson, C. / Burgess-Brown, N.A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Oppermann, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: PanDDA analysis group deposition of Human JMJD1B screened against the DSPL Fragment Library 著者: Snee, M. / Nowak, R. / Johansson, C. / Burgess-Brown, N.A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Oppermann, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5raz.cif.gz | 171.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5raz.ent.gz | 133.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5raz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5raz_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5raz_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5raz_validation.xml.gz | 34.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5raz_validation.cif.gz | 52.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/5raz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/5raz | HTTPS FTP |
-グループ登録
ID | G_1002146 (33エントリ) |
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タイトル | PanDDA analysis group deposition of Human JMJD1B screened against the DSPL Fragment Library |
タイプ | changed state |
解説 | Jmjc Domain of Human JMJD1B screened against the DSPL Fragment Library by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | 6rbjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43075.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM3B, C5orf7, JHDM2B, JMJD1B, KIAA1082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q7LBC6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q7LBC6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.77 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M bis-tris pH 5.5 21% PEG3350 0.3M magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.92819 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.92819 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.81→54.77 Å / Num. obs: 85215 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 293791 / Scaling rejects: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 6RBJ 解像度: 1.81→54.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.743 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 138.63 Å2 / Biso mean: 35.107 Å2 / Biso min: 14.29 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.81→54.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.81→1.857 Å / Total num. of bins used: 20
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