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万見
- PDB-5raq: PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5raq
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM001577a
要素Lysine-specific demethylase 3B
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K9me/H3K9me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / antioxidant activity / histone deacetylase complex / HDMs demethylate histones / transcription coregulator activity / chromatin DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin ...histone H3K9me/H3K9me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / antioxidant activity / histone deacetylase complex / HDMs demethylate histones / transcription coregulator activity / chromatin DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lysine-specific demethylase 3B, PWWP domain / Domain of unknown function (DUF7030) / Histone demethylase JHDM2-like / Lysine-specific demethylase 3B, tudor domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. ...: / : / : / Lysine-specific demethylase 3B, PWWP domain / Domain of unknown function (DUF7030) / Histone demethylase JHDM2-like / Lysine-specific demethylase 3B, tudor domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-S5J / Lysine-specific demethylase 3B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Snee, M. / Nowak, R. / Johansson, C. / Burgess-Brown, N.A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis group deposition of Human JMJD1B screened against the DSPL Fragment Library
著者: Snee, M. / Nowak, R. / Johansson, C. / Burgess-Brown, N.A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Oppermann, U.
履歴
登録2020年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 3B
B: Lysine-specific demethylase 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,90111
ポリマ－86,1512
非ポリマー7509
水12,611700
1
A: Lysine-specific demethylase 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5047
ポリマ－43,0761
非ポリマー4286
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lysine-specific demethylase 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3974
ポリマ－43,0761
非ポリマー3223
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.370, 93.720, 93.474
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 3B / JmjC domain-containing histone demethylation protein 2B / Jumonji domain-containing protein 1B / ...JmjC domain-containing histone demethylation protein 2B / Jumonji domain-containing protein 1B / Nuclear protein 5qNCA


分子量: 43075.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM3B, C5orf7, JHDM2B, JMJD1B, KIAA1082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7LBC6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q7LBC6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物 ChemComp-S5J / 2-[4-(2-methoxyphenyl)piperazin-1-yl]ethanenitrile


分子量: 231.294 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.63 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M bis-tris pH 5.5 21% PEG3350 0.3M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→64.48 Å / Num. obs: 79082 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 271525 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.85-1.93.51.0282043357990.5640.6351.2121.499
8.27-64.483.60.01533699360.9990.0090.01868.199.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
Aimless0.5.17データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6RBJ

6rbj


解像度: 1.85→64.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.241 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2162 3908 4.9 %RANDOM
Rwork0.1809 ---
obs0.1827 75154 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.61 Å2 / Biso mean: 36.692 Å2 / Biso min: 15.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.41 Å20 Å20.18 Å2
2---2.1 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→64.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5506 0 41 700 6247
Biso mean--42.36 48.47 -
残基数----684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0147597
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6041.6539276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2921.60514271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1235837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.13722.614394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.385151165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.041546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027941
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8393.7173675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8493.7133647
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4775.4244137
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 277 -
Rwork0.338 5512 -
all-5789 -
obs--98.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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