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万見
- PDB-5qrd: PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of human AL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5qrd
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of human ALAS2A in complex with Z1328968520
要素5-aminolevulinate synthase, erythroid-specific, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer
機能・相同性
機能・相同性情報


5-aminolevulinate synthase / 5-aminolevulinate synthase activity / hemoglobin biosynthetic process / intracellular oxygen homeostasis / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / erythrocyte development / erythrocyte differentiation / pyridoxal phosphate binding ...5-aminolevulinate synthase / 5-aminolevulinate synthase activity / hemoglobin biosynthetic process / intracellular oxygen homeostasis / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / erythrocyte development / erythrocyte differentiation / pyridoxal phosphate binding / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial inner membrane / response to hypoxia / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
5-aminolevulinate synthase presequence / 5-aminolevulinate synthase presequence / Tetrapyrrole biosynthesis, 5-aminolevulinic acid synthase / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J4Q / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 5-aminolevulinate synthase, erythroid-specific, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Bezerra, G.A. / Foster, W. / Bailey, H. / Shrestha, L. / Krojer, T. / Talon, R. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Nicola, B.B. / von Delft, F. ...Bezerra, G.A. / Foster, W. / Bailey, H. / Shrestha, L. / Krojer, T. / Talon, R. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Nicola, B.B. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Yue, W.W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis group deposition
著者: Bezerra, G.A. / Foster, W. / Bailey, H. / Shrestha, L. / Krojer, T. / Talon, R. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Nicola, B.B. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, ...著者: Bezerra, G.A. / Foster, W. / Bailey, H. / Shrestha, L. / Krojer, T. / Talon, R. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Nicola, B.B. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Brennan, P.E. / Yue, W.W.
履歴
登録2019年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5-aminolevulinate synthase, erythroid-specific, mitochondrial
A: 5-aminolevulinate synthase, erythroid-specific, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2395
ポリマ－104,5012
非ポリマー7383
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11100 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area27900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.972, 108.831, 76.076
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.150, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 5-aminolevulinate synthase, erythroid-specific, mitochondrial / ALAS-E / 5-aminolevulinic acid synthase 2 / Delta-ALA synthase 2 / Delta-aminolevulinate synthase 2


分子量: 52250.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALAS2, ALASE, ASB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P22557, 5-aminolevulinate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-J4Q / 4-[(2-methylsulfonylimidazol-1-yl)methyl]-1,3-thiazole


分子量: 243.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9N3O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M magnesium chloride, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.763→71.867 Å / Num. obs: 80975 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 280349
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.763-1.8613.31350940490.5360.5240.9621.468.7
5.101-71.8673.41378740470.9990.0170.03235.798.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6hrh

6hrh


解像度: 1.76→80.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.8 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2553 3955 4.9 %RANDOM
Rwork0.2254 ---
obs0.2268 77025 82.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.63 Å2 / Biso mean: 31.145 Å2 / Biso min: 10.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20.08 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→80.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6605 0 47 248 6900
Biso mean--35.4 33.8 -
残基数----857
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0137678
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176526
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5591.63510042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3561.56815089
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7765932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.85221.351385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.989151131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.291544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2909
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5793.2173741
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5773.2153740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6424.8014594
LS精密化 シェル解像度: 1.755→1.801 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 29 -
Rwork0.347 648 -
all-677 -
obs--9.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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