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万見
- PDB-5qh3: PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5qh3
タイトルPanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands) -- Crystal Structure of NUDT7 in complex with NUOOA000191
要素Peroxisomal coenzyme A diphosphatase NUDT7
キーワードHYDROLASE / PanDDA / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / NUDIX domain / XChemExplorer
機能・相同性
機能・相同性情報


butyryl-CoA catabolic process / propionyl-CoA metabolic process / propionyl-CoA catabolic process / medium-chain fatty-acyl-CoA catabolic process / coenzyme A diphosphatase / malonyl-CoA catabolic process / Peroxisomal lipid metabolism / coenzyme A diphosphatase activity / coenzyme A catabolic process / acetyl-CoA catabolic process ...butyryl-CoA catabolic process / propionyl-CoA metabolic process / propionyl-CoA catabolic process / medium-chain fatty-acyl-CoA catabolic process / coenzyme A diphosphatase / malonyl-CoA catabolic process / Peroxisomal lipid metabolism / coenzyme A diphosphatase activity / coenzyme A catabolic process / acetyl-CoA catabolic process / succinyl-CoA catabolic process / nucleoside diphosphate metabolic process / snoRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / peroxisomal matrix / brown fat cell differentiation / Peroxisomal protein import / peroxisome / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NUDIX hydrolase, NudL, conserved site / Nudix CoA signature. / Coenzyme A pyrophosphatase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2-(2,4-difluorophenyl)-N-(pyridin-3-yl)acetamide / Peroxisomal coenzyme A diphosphatase NUDT7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Krojer, T. / Talon, R. / Fairhead, M. / Diaz Saez, L. / Bradley, A.R. / Aimon, A. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Ruda, G.F. ...Krojer, T. / Talon, R. / Fairhead, M. / Diaz Saez, L. / Bradley, A.R. / Aimon, A. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Ruda, G.F. / Szommer, T. / Srikannathasan, V. / Elkins, J. / Spencer, J. / London, N. / Nelson, A. / Brennan, P.E. / Huber, K. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / von Delft, F.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands)
著者: Krojer, T. / Talon, R. / Fairhead, M. / Diaz Saez, L. / Bradley, A.R. / Aimon, A. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Ruda, G.F. / Szommer, T. / Srikannathasan, V. / Elkins, ...著者: Krojer, T. / Talon, R. / Fairhead, M. / Diaz Saez, L. / Bradley, A.R. / Aimon, A. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Ruda, G.F. / Szommer, T. / Srikannathasan, V. / Elkins, J. / Spencer, J. / London, N. / Nelson, A. / Brennan, P.E. / Huber, K. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / von Delft, F.
履歴
登録2018年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal coenzyme A diphosphatase NUDT7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9687
ポリマ－22,1981
非ポリマー7716
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area10140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.965, 123.965, 40.854
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 Peroxisomal coenzyme A diphosphatase NUDT7 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 7 / Nudix motif 7


分子量: 22197.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0C024, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-H4G / 2-(2,4-difluorophenyl)-N-(pyridin-3-yl)acetamide


分子量: 248.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10F2N2O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.87 % / Mosaicity: 0.08 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M bis-tris pH 5.5 -- 0.1M ammonium acetate -- 5%(w/v) PEG10K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→29.78 Å / Num. obs: 43384 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 24.8 / Num. measured all: 486478 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.65-1.6910.80.8163349531140.8620.2560.8562.597.5
7.38-29.7811.10.03659535340.9990.0110.03872.898.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0189精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5T3P

5t3p


解像度: 1.65→107.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.54 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2051 2319 5.3 %RANDOM
Rwork0.1958 ---
obs0.1963 41065 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.38 Å2 / Biso mean: 32.894 Å2 / Biso min: 15.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20.17 Å20 Å2
2--0.35 Å2-0 Å2
3----1.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→107.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1467 0 52 158 1677
Biso mean--45.83 43.62 -
残基数----186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191577
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6071.9842143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9322.9833421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8945190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.37324.17967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.64415255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.49158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211742
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2752.907759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2512.895756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4864.321948
LS精密化 シェル解像度: 1.651→1.694 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 158 -
Rwork0.287 2948 -
all-3106 -
obs--97.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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