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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5qgr | ||||||
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タイトル | PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands) -- Crystal Structure of NUDT7 in complex with FMOPL000022a | ||||||
要素 | Peroxisomal coenzyme A diphosphatase NUDT7 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / PanDDA / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / NUDIX domain / XChemExplorer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 butyryl-CoA catabolic process / propionyl-CoA metabolic process / propionyl-CoA catabolic process / malonyl-CoA catabolic process / Peroxisomal lipid metabolism / coenzyme A diphosphatase activity / medium-chain fatty-acyl-CoA catabolic process / coenzyme A catabolic process / acetyl-CoA catabolic process / succinyl-CoA catabolic process ...butyryl-CoA catabolic process / propionyl-CoA metabolic process / propionyl-CoA catabolic process / malonyl-CoA catabolic process / Peroxisomal lipid metabolism / coenzyme A diphosphatase activity / medium-chain fatty-acyl-CoA catabolic process / coenzyme A catabolic process / acetyl-CoA catabolic process / succinyl-CoA catabolic process / nucleoside diphosphate metabolic process / snoRNA binding / peroxisomal matrix / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / brown fat cell differentiation / Peroxisomal protein import / ペルオキシソーム / manganese ion binding / magnesium ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å | ||||||
データ登録者 | Krojer, T. / Talon, R. / Fairhead, M. / Diaz Saez, L. / Bradley, A.R. / Aimon, A. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Ruda, G.F. ...Krojer, T. / Talon, R. / Fairhead, M. / Diaz Saez, L. / Bradley, A.R. / Aimon, A. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Ruda, G.F. / Szommer, T. / Srikannathasan, V. / Elkins, J. / Spencer, J. / London, N. / Nelson, A. / Brennan, P.E. / Huber, K. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / von Delft, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands) 著者: Krojer, T. / Talon, R. / Fairhead, M. / Diaz Saez, L. / Bradley, A.R. / Aimon, A. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Ruda, G.F. / Szommer, T. / Srikannathasan, V. / Elkins, ...著者: Krojer, T. / Talon, R. / Fairhead, M. / Diaz Saez, L. / Bradley, A.R. / Aimon, A. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Ruda, G.F. / Szommer, T. / Srikannathasan, V. / Elkins, J. / Spencer, J. / London, N. / Nelson, A. / Brennan, P.E. / Huber, K. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / von Delft, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5qgr.cif.gz | 57.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5qgr.ent.gz | 40.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5qgr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/5qgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/5qgr | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002045 (37エントリ) |
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タイトル | PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands) |
タイプ | changed state |
解説 | human NUDT7 screened against the 3D-Fragment Consortium Library by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | 5t3pS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.5281/zenodo.1244111 / データの種類: other data / 詳細: Complete PanDDA analysis / Metadata reference: 10.5281/zenodo.1244111 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22197.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0C024, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.54 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M bis-tris pH 5.5 -- 0.1M ammonium acetate -- 5%(w/v) PEG10K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.92819 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.96→31.59 Å / Num. obs: 26973 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 19.8 / Num. measured all: 262983 / Scaling rejects: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 5T3P 解像度: 1.96→109.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.261 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.97 Å2 / Biso mean: 42.554 Å2 / Biso min: 23.05 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.96→109.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.96→2.011 Å / Total num. of bins used: 20
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