PDB-5qbq: Crystal structure of Endothiapepsin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qbq

タイトル

Crystal structure of Endothiapepsin

要素

Endothiapepsin

エンドチアペプシン

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

エンドチアペプシン / aspartic-type endopeptidase activity /

タンパク質分解
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (クリ胴枯病)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.697 Å

データ登録者

Huschmann, F.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Endothiapepsin
著者: Huschmann, F.U. / Weiss, M.S. / Mueller, U. / Haustedt, L.O. / Klebe, G.

履歴

登録	2017年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / pdbx_deposit_group Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_deposit_group.group_description / _pdbx_deposit_group.group_title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5qbq.cif.gz	137.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5qbq.ent.gz	112.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5qbq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/5qbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/5qbq	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002039 (25エントリ) 5qb5 5qb6 5qb7 5qb8 5qb9 5qba 5qbb 5qbc 5qbd 5qbe
タイトル	Crystal structures of Endothiapepsin complexes
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Endothiapepsin complexes

-
関連構造データ

類似構造データ	5p8f-d 5p2s-d 5p42-d 4y4a-d 5rcv-d 4lhh-d 5p4n-d 5p7n-d 4y5b-d 5j25-d 5r40-d 5oyy-d 5is4-d 4y4j-d 5dr4-d 5p81-d 5p3u-d 5dr3-d 5p75-d 5p2h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.515, 74.314, 53.739
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.550, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endothiapepsin / エンドチアペプシン / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (クリ胴枯病) / 参照: UniProt: P11838, エンドチアペプシン
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-DC7 / 4-[2-({methyl[(pyridin-3-yl)methyl]amino}methyl)-1,3-thiazol-4-yl]piperidin-4-ol 分子量: 318.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₂N₄OS
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→42.619 Å / Num. obs: 36384 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 15.17 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_rim(I) all: 0.134 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 9.35 / Num. measured all: 137161

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.8	0.713	1.7	22088	5968	5791	0.526	0.829	97
1.8-1.92	0.523	2.27	19933	5602	5459	0.843	0.614	97.4
1.92-2.08	0.359	3.49	19571	5259	5168	0.893	0.418	98.3
2.08-2.28	0.231	5.55	17232	4823	4530	0.955	0.27	93.9
2.28-2.54	0.162	7.24	16027	4355	4341	0.971	0.19	99.7
2.54-2.93	0.095	12.36	15206	3866	3855	0.99	0.11	99.7
2.93-3.59	0.054	20.72	12171	3282	3274	0.996	0.064	99.8
3.59-5.06	0.037	30.82	9635	2561	2530	0.998	0.043	98.8
5.06-42.619	0.029	34.85	5297	1448	1435	0.999	0.034	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

解像度: 1.697→42.618 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2369	1803	5.01 %
R_work	0.1963	34212	-
obs	0.1984	36015	97.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.57 Å² / B_iso mean: 20.7789 Å² / B_iso min: 6.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.697→42.618 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2389	0	60	264	2713
B_iso mean	-	-	31.41	27.03	-
残基数	-	-	-	-	330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2585
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.05	3552
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	417
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	474
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.555	892

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6968-1.7426	0.3258	135	0.2693	2558	2693	94
1.7426-1.7939	0.2877	139	0.2582	2649	2788	99
1.7939-1.8518	0.2912	143	0.2562	2707	2850	100
1.8518-1.918	0.3943	126	0.3257	2379	2505	88
1.918-1.9948	0.3294	133	0.2618	2517	2650	93
1.9948-2.0856	0.2129	141	0.1992	2678	2819	100
2.0856-2.1955	0.2239	141	0.1841	2689	2830	100
2.1955-2.3331	0.3572	128	0.2954	2427	2555	90
2.3331-2.5132	0.2396	143	0.1961	2713	2856	100
2.5132-2.7661	0.2361	142	0.1832	2703	2845	100
2.7661-3.1662	0.2415	144	0.1763	2722	2866	100
3.1662-3.9886	0.1818	142	0.1711	2709	2851	99
3.9886-42.6316	0.1678	146	0.1284	2761	2907	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4627	-0.0597	0.0307	0.5133	-0.1193	0.0989	-0.0603	0.0445	0.0527	0.2739	0.0696	0.0344	-0.0589	-0.0303	-0.0014	0.1627	0.0161	0.0256	0.0929	0.0058	0.0953	0.2001	-8.4934	14.3965
2	0.1188	0.0214	-0.0951	0.0132	0.0074	0.0965	0.0731	0.0284	0.0298	-0.1161	-0.0507	0.0277	-0.0431	-0.0024	0.1166	0.507	0.0703	-0.0211	0.1501	-0.0023	0.0916	2.9603	-1.9647	25.0208
3	0.3744	-0.0827	-0.1603	0.3979	-0.1353	0.2129	-0.0995	-0.0335	0.0283	0.5059	0.0283	-0.1114	-0.2532	0.0108	-0.0977	0.3151	0.0206	-0.0692	0.1163	-0.0004	0.1065	5.7808	-2.392	18.8618
4	0.0631	0.1253	-0.1126	0.26	-0.2506	0.186	-0.0275	0.0886	-0.0332	0.0027	-0.0123	-0.1219	-0.0149	0.0573	-0.0006	0.082	0.0038	-0.0205	0.1244	0.0064	0.169	14.6952	-3.9116	-0.4456
5	0.0573	-0.1125	0.0223	0.3272	-0.0844	0.0239	0.0114	0.0733	0.1395	0.1333	-0.0323	-0.2439	-0.0663	-0.1879	0.0142	0.1077	-0.008	-0.0078	0.1379	0.01	0.1699	10.2108	12.1595	0.0898
6	0.1027	-0.03	0.0179	0.1088	0.0458	0.0286	-0.0101	0.0071	0.0494	0.0011	-0.0032	-0.0194	0.0023	-0.0083	0	0.0957	-0.0033	0.0117	0.1007	0.0189	0.0762	0.7487	12.2539	-7.5124
7	0.0095	-0.0129	0.0127	0.0896	-0.0333	0.0348	-0.1192	0.1007	0.09	0.035	0.1306	0.2613	-0.0107	-0.037	-0.0112	0.0784	-0.025	0.0445	0.1619	-0.0105	0.1522	-13.6963	9.5344	-8.1826
8	0.1144	-0.1318	0.0171	0.5191	-0.1557	0.2882	0.0096	0.0029	0.0245	0.0358	-0.0567	-0.0633	-0.0448	0.0213	-0.0355	0.0591	-0.0129	0.0104	0.0987	0.0001	0.0936	2.9871	4.9734	-4.3951

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:62)	A	1 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 63:81)	A	63 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 82:151)	A	82 - 151
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 152:190)	A	152 - 190
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 191:204)	A	191 - 204
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 205:242)	A	205 - 242
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 243:258)	A	243 - 258
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 259:330)	A	259 - 330

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