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万見
- PDB-5pzm: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HEPATITIS C VIRUS NS5B RNA-DEPENDENT RNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5pzm
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HEPATITIS C VIRUS NS5B RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE IN COMPLEX WITH 3-[2-(4-FLUOROPHENYL)-3-(METHYLCARBAMOYL)-1-BENZOFURAN-5-YL]BENZOIC ACID
要素RNA-directed RNA polymerase
キーワードTRANSFERASE / NS5B / POLYMERASE / HCV / FINGERS / PALM / THUMB
機能・相同性
機能・相同性情報


positive stranded viral RNA replication / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral genome replication ...positive stranded viral RNA replication / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral genome replication / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / ribonucleoprotein complex / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : ...Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / : / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Hepatitis C virus NS3 protease / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-23E / Chem-8XS / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus genotype 1b
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Sheriff, S.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery of a Hepatitis C Virus NS5B Replicase Palm Site Allosteric Inhibitor (BMS-929075) Advanced to Phase 1 Clinical Studies.
著者: Yeung, K.S. / Beno, B.R. / Parcella, K. / Bender, J.A. / Grant-Young, K.A. / Nickel, A. / Gunaga, P. / Anjanappa, P. / Bora, R.O. / Selvakumar, K. / Rigat, K. / Wang, Y.K. / Liu, M. / Lemm, J. ...著者: Yeung, K.S. / Beno, B.R. / Parcella, K. / Bender, J.A. / Grant-Young, K.A. / Nickel, A. / Gunaga, P. / Anjanappa, P. / Bora, R.O. / Selvakumar, K. / Rigat, K. / Wang, Y.K. / Liu, M. / Lemm, J. / Mosure, K. / Sheriff, S. / Wan, C. / Witmer, M. / Kish, K. / Hanumegowda, U. / Zhuo, X. / Shu, Y.Z. / Parker, D. / Haskell, R. / Ng, A. / Gao, Q. / Colston, E. / Raybon, J. / Grasela, D.M. / Santone, K. / Gao, M. / Meanwell, N.A. / Sinz, M. / Soars, M.G. / Knipe, J.O. / Roberts, S.B. / Kadow, J.F.
履歴
登録2017年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年2月21日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase
B: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,62716
ポリマ－127,9232
非ポリマー2,70414
水4,756264
1
A: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0737
ポリマ－63,9621
非ポリマー1,1116
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5549
ポリマ－63,9621
非ポリマー1,5938
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.500, 91.600, 232.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase


分子量: 63961.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis C virus genotype 1b (isolate Con1) (C型肝炎ウイルス)
株: isolate Con1 / プラスミド: PET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WMX2, RNA-directed RNA polymerase

-
非ポリマー , 5種, 278分子

#2: 化合物 ChemComp-23E / (2E)-3-(4-{[(1-{[(13-cyclohexyl-6-oxo-6,7-dihydro-5H-indolo[1,2-d][1,4]benzodiazepin-10-yl)carbonyl]amino}cyclopentyl)carbonyl]amino}phenyl)prop-2-enoic acid


分子量: 630.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H38N4O5
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-8XS / 3-[2-(4-fluorophenyl)-3-(methylcarbamoyl)-1-benzofuran-5-yl]benzoic acid


分子量: 389.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H16FNO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 100 mM sodium citrate, pH 5.6, 1.75 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→50 Å / Num. obs: 43881 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 44.87 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.53→2.62 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Rsym value: 0.254 / Rejects: 0 / % possible all: 51.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q0Z

3q0z


解像度: 2.54→38.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.535 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.556 / SU Rfree Blow DPI: 0.269 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.27
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1069 2.44 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.193 43832 91.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 132.54 Å2 / Biso mean: 32.46 Å2 / Biso min: 3.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.0024 Å20 Å20 Å2
2--0.2218 Å20 Å2
3---3.7806 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.54→38.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8462 0 179 264 8905
Biso mean--43.08 28.34 -
残基数----1096
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3030SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes161HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1450HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8941HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1154SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10455SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8941HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12239HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.41
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.61 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 42 2.22 %
Rwork0.215 1854 -
all0.215 1896 -
obs--54.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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