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万見
- PDB-5phf: PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD2D i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5phf
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD2D in complex with N09688a
要素Lysine-specific demethylase 4D
キーワードOXIDOREDUCTASE / PanDDA / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / Jmj domain / epigenetics
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of chromatin binding / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / cellular response to ionizing radiation / double-strand break repair via homologous recombination / regulation of protein phosphorylation ...positive regulation of chromatin binding / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / cellular response to ionizing radiation / double-strand break repair via homologous recombination / regulation of protein phosphorylation / HDMs demethylate histones / chromatin DNA binding / site of double-strand break / regulation of gene expression / blood microparticle / damaged DNA binding / inflammatory response / chromatin remodeling / chromatin / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls ...JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / N-OXALYLGLYCINE / N-PHENYLTHIOUREA / Lysine-specific demethylase 4D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.389 Å
データ登録者Pearce, N.M. / Krojer, T. / Talon, R. / Bradley, A.R. / Fairhead, M. / Sethi, R. / Wright, N. / MacLean, E. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. ...Pearce, N.M. / Krojer, T. / Talon, R. / Bradley, A.R. / Fairhead, M. / Sethi, R. / Wright, N. / MacLean, E. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Renjie, Z. / Dias, A. / Vollmar, M. / Ng, J. / Szykowska, A. / Burgess-Brown, N. / Brennan, P.E. / Cox, O. / Oppermann, U. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / von Delft, F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: A multi-crystal method for extracting obscured crystallographic states from conventionally uninterpretable electron density.
著者: Pearce, N.M. / Krojer, T. / Bradley, A.R. / Collins, P. / Nowak, R.P. / Talon, R. / Marsden, B.D. / Kelm, S. / Shi, J. / Deane, C.M. / von Delft, F.
履歴
登録2017年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_deposit_group
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_deposit_group.group_title / _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.22017年10月4日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_title
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,72120
ポリマ－42,0511
非ポリマー1,67119
水7,566420
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.629, 71.629, 150.584
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-801-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 4D / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3D / Jumonji domain-containing protein 2D


分子量: 42050.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4D, JHDM3D, JMJD2D / 発現宿主: escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6B0I6

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非ポリマー , 7種, 439分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-URS / N-PHENYLTHIOUREA / フェニルチオ尿素


分子量: 152.217 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2S
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細 yes c1ccc(cc1)NC(N)=S None -8.89 -3.66 -3.66 c1ccc(cc1)NC(N)=S 4 - High Confidence None 0.41 38. ... yes c1ccc(cc1)NC(N)=S -8.89 -3.66 -3.66 c1ccc(cc1)NC(N)=S 4 - High Confidence None 0.41 38.591 2.0732801461304966 0.81599999999999995 0.23799999999999999 1.5 0.35219284490176683 -3.83 7.28 7.28 c1ccc(cc1)NC(N)=S 4 - High Confidence None 0.61 29.012000000000004 1.7173816867620026 0.97099999999999997 0.090999999999999998 1.3999999999999999 0.3216142098850734 16.2 -0.77 -0.77 c1ccc(cc1)NC(N)=S 4 - High Confidence None 0.23 33.32299999999999 2.0292403747228698 0.86799999999999999 0.19700000000000001 0.20000000000000001 0.3509078226543265

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.44 % / Mosaicity: 0.07 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 28% PEG3350 -- 0.1M HEPES pH 7.0 -- 0.25M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→29.477 Å / Num. obs: 79748 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 14.28 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 25.4 / Num. measured all: 1020572 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.39-1.4111.10.8874221238090.8340.2720.9292.998
7.61-29.4811.70.03769715940.9980.0110.03978.798.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.9_1682精密化
Aimless0.1.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4D6R

4d6r


解像度: 1.389→29.477 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1654 3933 4.94 %
Rwork0.1291 75717 -
obs0.1309 79650 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.42 Å2 / Biso mean: 21.3398 Å2 / Biso min: 8.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.389→29.477 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2671 0 98 424 3193
Biso mean--35.19 39.43 -
残基数----331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1154312
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006574
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.81212
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3888-1.40580.21611450.17422609275497
1.4058-1.42360.20871550.161626192774100
1.4236-1.44230.1991320.155626732805100
1.4423-1.46210.19921490.145926702819100
1.4621-1.48290.18231480.136926282776100
1.4829-1.50510.18891470.130326662813100
1.5051-1.52860.15591450.121926832828100
1.5286-1.55370.16891380.119226612799100
1.5537-1.58040.16121280.111926742802100
1.5804-1.60920.14481360.110726722808100
1.6092-1.64010.15621370.10526942831100
1.6401-1.67360.17621280.114326692797100
1.6736-1.710.14071630.10726682831100
1.71-1.74980.14311210.108927092830100
1.7498-1.79350.13941530.108726732826100
1.7935-1.8420.13771300.108626952825100
1.842-1.89620.15121450.108926752820100
1.8962-1.95740.1481570.10826872844100
1.9574-2.02730.15011470.114126782825100
2.0273-2.10850.14121190.114527622881100
2.1085-2.20440.15641170.116726992816100
2.2044-2.32060.16741350.126427432878100
2.3206-2.46590.15741380.133227382876100
2.4659-2.65620.18621440.134227282872100
2.6562-2.92330.17721470.139427502897100
2.9233-3.34580.17281540.134727652919100
3.3458-4.21340.16391370.130328412978100
4.2134-29.48320.17791380.155529883126100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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