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万見
- PDB-5pgz: CRYSTAL STRUCTURE OF MURINE 11BETA- HYDROXYSTEROIDDEHYDROGENASE C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5pgz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MURINE 11BETA- HYDROXYSTEROIDDEHYDROGENASE COMPLEXED WITH 2-[(5R,7S)-6-HYDROXY-2-PHENYLADAMANTAN-2-YL]-1-(3-HYDROXYAZETIDIN-1-YL)ETHAN-1-ONE (BMS-816336)
要素Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / 11B-HSD1 / SDR / DEHYDROGENASE / HYDROXYSTEROID / INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBI complex / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Glucocorticoid biosynthesis / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Prednisone ADME / steroid metabolic process / lung development / NADP binding / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8KG / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Sheriff, S.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery of Clinical Candidate 2-((2S,6S)-2-Phenyl-6-hydroxyadamantan-2-yl)-1-(3'-hydroxyazetidin-1-yl)ethanone [BMS-816336], an Orally Active Novel Selective 11 beta-Hydroxysteroid ...タイトル: Discovery of Clinical Candidate 2-((2S,6S)-2-Phenyl-6-hydroxyadamantan-2-yl)-1-(3'-hydroxyazetidin-1-yl)ethanone [BMS-816336], an Orally Active Novel Selective 11 beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1 Inhibitor.
著者: Ye, X.Y. / Chen, S.Y. / Wu, S. / Yoon, D.S. / Wang, H. / Hong, Z. / O'Connor, S.P. / Li, J. / Li, J.J. / Kennedy, L.J. / Walker, S.J. / Nayeem, A. / Sheriff, S. / Camac, D.M. / Ramamurthy, V. ...著者: Ye, X.Y. / Chen, S.Y. / Wu, S. / Yoon, D.S. / Wang, H. / Hong, Z. / O'Connor, S.P. / Li, J. / Li, J.J. / Kennedy, L.J. / Walker, S.J. / Nayeem, A. / Sheriff, S. / Camac, D.M. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Zebo, R. / Taylor, J.R. / Morgan, N.N. / Ponticiello, R.P. / Harrity, T. / Apedo, A. / Golla, R. / Seethala, R. / Wang, M. / Harper, T.W. / Sleczka, B.G. / He, B. / Kirby, M. / Leahy, D.K. / Li, J. / Hanson, R.L. / Guo, Z. / Li, Y.X. / DiMarco, J.D. / Scaringe, R. / Maxwell, B. / Moulin, F. / Barrish, J.C. / Gordon, D.A. / Robl, J.A.
履歴
登録2017年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,82111
ポリマ－61,1712
非ポリマー2,6509
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8840 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area20400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.600, 96.600, 217.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1 / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1 / 11-beta-HSD1 / 11beta-HSD1A


分子量: 30585.680 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hsd11b1, Hsd11 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P50172, 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-8KG / 2-[(5R,7S)-6-HYDROXY-2-PHENYLADAMANTAN-2-YL]-1-(3-HYDROXYAZETIDIN-1-YL)ETHAN-1-ONE


分子量: 341.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27NO3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 MM HEPES, 1.8 M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月17日 / 詳細: MICROMAX CONFOCAL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 19695 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 71 Å2 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.714 / Rejects: 0 / % possible all: 78.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Y5M

1y5m


解像度: 2.9→28.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU R Cruickshank DPI: 1.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.064 / SU Rfree Blow DPI: 0.369 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.369
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1055 5.45 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.224 19341 81.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 124.66 Å2 / Biso mean: 47.34 Å2 / Biso min: 3.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.1704 Å20 Å20 Å2
2--6.1704 Å20 Å2
3----12.3409 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→28.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4067 0 171 30 4268
Biso mean--69.28 24.75 -
残基数----530
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1582SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes80HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes699HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4425HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion582SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5348SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4425HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6092HARMONIC21.14
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.53
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.89
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3749 137 5.39 %
Rwork0.3408 2403 -
all0.3457 2540 -
obs--75.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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