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- PDB-5pgy: CRYSTAL STRUCTURE OF 11BETA-HSD1 DOUBLE MUTANT (L262R, F278E) COM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5pgy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF 11BETA-HSD1 DOUBLE MUTANT (L262R, F278E) COMPLEXED WITH 2-[(5R,7S)-6-HYDROXY-2-PHENYLADAMANTAN-2-YL]-1-(3-HYDROXYAZETIDIN-1-YL)ETHAN-1-ONE (BMS-816336)
要素Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / 11B-HSD1 / SDR / DEHYDROGENASE (脱水素酵素) / HYDROXYSTEROID / INHIBITOR (酵素阻害剤) / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBI complex / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


11β-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / cortisol dehydrogenase activity / 7β-ヒドロキシステロイドレダクターゼ (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development ...11β-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / cortisol dehydrogenase activity / 7β-ヒドロキシステロイドレダクターゼ (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development / NADP binding / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8KG / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Sheriff, S.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery of Clinical Candidate 2-((2S,6S)-2-Phenyl-6-hydroxyadamantan-2-yl)-1-(3'-hydroxyazetidin-1-yl)ethanone [BMS-816336], an Orally Active Novel Selective 11 beta-Hydroxysteroid ...タイトル: Discovery of Clinical Candidate 2-((2S,6S)-2-Phenyl-6-hydroxyadamantan-2-yl)-1-(3'-hydroxyazetidin-1-yl)ethanone [BMS-816336], an Orally Active Novel Selective 11 beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1 Inhibitor.
著者: Ye, X.Y. / Chen, S.Y. / Wu, S. / Yoon, D.S. / Wang, H. / Hong, Z. / O'Connor, S.P. / Li, J. / Li, J.J. / Kennedy, L.J. / Walker, S.J. / Nayeem, A. / Sheriff, S. / Camac, D.M. / Ramamurthy, V. ...著者: Ye, X.Y. / Chen, S.Y. / Wu, S. / Yoon, D.S. / Wang, H. / Hong, Z. / O'Connor, S.P. / Li, J. / Li, J.J. / Kennedy, L.J. / Walker, S.J. / Nayeem, A. / Sheriff, S. / Camac, D.M. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Zebo, R. / Taylor, J.R. / Morgan, N.N. / Ponticiello, R.P. / Harrity, T. / Apedo, A. / Golla, R. / Seethala, R. / Wang, M. / Harper, T.W. / Sleczka, B.G. / He, B. / Kirby, M. / Leahy, D.K. / Li, J. / Hanson, R.L. / Guo, Z. / Li, Y.X. / DiMarco, J.D. / Scaringe, R. / Maxwell, B. / Moulin, F. / Barrish, J.C. / Gordon, D.A. / Robl, J.A.
履歴
登録2017年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
D: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
E: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,72512
ポリマ－125,3854
非ポリマー4,3398
水4,558253
1
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8626
ポリマ－62,6932
非ポリマー2,1704
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7900 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area21760 Å2
手法PISA
2
D: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
E: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8626
ポリマ－62,6932
非ポリマー2,1704
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7830 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area21560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.500, 92.300, 162.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1 / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1 / 11-beta-HSD1 / Short chain dehydrogenase/reductase family ...11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1 / 11-beta-HSD1 / Short chain dehydrogenase/reductase family 26C member 1


分子量: 31346.348 Da / 分子数: 4 / 変異: L262R, F278E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD11B1, HSD11, HSD11L, SDR26C1 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P28845, 11β-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-8KG / 2-[(5R,7S)-6-HYDROXY-2-PHENYLADAMANTAN-2-YL]-1-(3-HYDROXYAZETIDIN-1-YL)ETHAN-1-ONE


分子量: 341.444 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 200 mM potassium formate, pH 7.3, 22% (W/V) PEG3350, 1.5 mM Zwittergent 3-12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 54263 / % possible obs: 78.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 28.71 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 2.07→2.14 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.25 / Rejects: 0 / % possible all: 48.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IJU

4iju


解像度: 2.07→28.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU R Cruickshank DPI: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.283 / SU Rfree Blow DPI: 0.201 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.203
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1114 2.05 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.187 54218 78.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 154.29 Å2 / Biso mean: 33.11 Å2 / Biso min: 5.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.0308 Å20 Å20 Å2
2---3.4792 Å20 Å2
3----1.5517 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.07→28.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8193 0 292 253 8738
Biso mean--24.62 28.43 -
残基数----1079
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3146SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes160HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1428HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8868HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1153SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10791SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8868HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12223HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.16
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.56
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.12 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2845 54 2.45 %
Rwork0.2177 2148 -
all0.2193 2202 -
obs--43.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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