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- PDB-5p83: Automated refinement of diffraction data obtained from an endothi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5p83
タイトルAutomated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 336
要素endothiapepsin
キーワードHYDROLASE / fragment screening / method development / aspartic protease
機能・相同性
機能・相同性情報


endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Cryphonectria parasitica (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.518 Å
Model detailsAll 364 structures of this series were generated by an automated refinement pipeline and, thus, not ...All 364 structures of this series were generated by an automated refinement pipeline and, thus, not refined to full convergence (e.g. since no manual (re-)building was performed, fragments are missing in the structural model even when present as indicated by the electron density)
データ登録者Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
著者: Schiebel, J. / Krimmer, S.G. / Rower, K. / Knorlein, A. / Wang, X. / Park, A.Y. / Stieler, M. / Ehrmann, F.R. / Fu, K. / Radeva, N. / Krug, M. / Huschmann, F.U. / Glockner, S. / Weiss, M.S. / ...著者: Schiebel, J. / Krimmer, S.G. / Rower, K. / Knorlein, A. / Wang, X. / Park, A.Y. / Stieler, M. / Ehrmann, F.R. / Fu, K. / Radeva, N. / Krug, M. / Huschmann, F.U. / Glockner, S. / Weiss, M.S. / Mueller, U. / Klebe, G. / Heine, A.
履歴
登録2016年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22017年1月11日Group: Database references
改定 1.32018年2月21日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.42021年11月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_deposit_group
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_deposit_group.group_description

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: endothiapepsin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8141
ポリマ－33,8141
非ポリマー00
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.286, 73.031, 52.816
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 endothiapepsin


分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystal obtained by streak-seeding and soaked with 90 mM of fragment 336 with the SMILES code C[C@H](N1C=NC=N1)C(=O)NC1CCCC1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.895 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→42.691 Å / Num. obs: 49352 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.227 % / Biso Wilson estimate: 11.02 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.953 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 208649
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.52-1.610.4873.1932855808478090.8550.55696.6
1.61-1.720.3544.4231711758274430.9150.40398.2
1.72-1.860.2286.8729580705569410.960.2698.4
1.86-2.040.12611.9527331652464280.9860.14498.5
2.04-2.270.07918.3124736590158470.9940.0999.1
2.27-2.630.06122.5321819520051670.9960.0799.4
2.63-3.210.04231.5418461443244010.9980.04999.3
3.21-4.530.02744.6814178344234030.9990.0398.9
4.530.02148.627978193919130.9990.02498.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å36.86 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータスケーリング
PHENIX精密化
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y5L

4y5l


解像度: 1.518→28.104 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.54 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: All 364 structures of this series were generated by an automated refinement pipeline and, thus, not refined to full convergence (e.g. since no manual (re-)building was performed, fragments ...詳細: All 364 structures of this series were generated by an automated refinement pipeline and, thus, not refined to full convergence (e.g. since no manual (re-)building was performed, fragments are missing in the structural model even when present as indicated by the electron density)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1807 2467 5 %RANDOM
Rwork0.1394 46875 --
obs0.1414 49342 98.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 45.61 Å2 / Biso mean: 13.7424 Å2 / Biso min: 5.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.518→28.104 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2369 0 0 187 2556
Biso mean---21.42 -
残基数----330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082426
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1473329
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.93783
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5178-1.5470.24481310.1762483261494
1.547-1.57860.18731340.15452561269598
1.5786-1.61290.18821380.13652603274198
1.6129-1.65040.20711350.13612578271398
1.6504-1.69170.17821360.12792577271398
1.6917-1.73740.20061370.12492610274798
1.7374-1.78850.17121360.12342576271299
1.7885-1.84630.20061360.1252588272499
1.8463-1.91220.1921380.12512619275799
1.9122-1.98880.17111350.12312570270599
1.9888-2.07930.17831380.12482628276699
2.0793-2.18890.14711390.12192631277099
2.1889-2.32590.16051380.1312615275399
2.3259-2.50540.19821390.13692650278999
2.5054-2.75730.17661380.14426172755100
2.7573-3.15590.19631390.15482643278299
3.1559-3.97430.18831390.15772638277799
3.9743-28.10870.15741410.14352688282999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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